| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_36 | = 864 | 0 (0.000) | 70 (0.170) +AGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACC |
25/138 | 0.9 | 100% | intergenic (+2/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Transposase/– |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_7 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+104) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/SAM‑dependent methyltransferase | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AACGAGAAGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_36/791‑864‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGTTTACGAGCGATA > TrimmedAssembly_T66_contig_7/1‑135 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AACGAGAAGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAA < 1:1110425/136‑1AACGAGAAGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAA < 1:608516/136‑1 ACGAGAAGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAAT > 2:385104/1‑136 ACGAGAAGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAAT > 2:2254563/1‑136 ACGAGAAGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAAT > 1:1903466/1‑136 ACGAGAAGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAAT > 1:1850044/1‑136 ttTCTCTGAAGCGGATCCAGCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTAAATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTTACGCTACCAATTAAG < 2:257504/132‑1 AGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAG < 1:67887/134‑1 AGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAG < 2:1049302/134‑1 AGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAG < 2:270043/134‑1 CTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAA < 2:2125996/136‑1 CTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACA < 2:1850044/135‑1 GAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCA > 1:1722654/1‑121 AGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCT < 1:1234765/135‑1 GGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAAT > 2:1216808/1‑136 ATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATA < 1:869790/135‑1 ATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATA < 1:869781/135‑1 ACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGTAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAA < 1:1406781/136‑1 GAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAAT > 1:335920/1‑135 TCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGT > 2:227671/1‑136 TCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAA < 1:2233404/112‑1 AAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAA < 2:2164446/110‑1 AAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAA > 1:2164446/1‑110 AAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTA < 1:1919802/136‑1 ACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAG < 2:335920/134‑1 ACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAG < 1:498864/134‑1 ACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAG < 1:404129/134‑1 ACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATAAATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAG < 2:110661/134‑1 CTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCT < 1:385104/135‑1 AGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAAT > 2:2263612/1‑136 AGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAAT > 1:888412/1‑136 AGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAAT > 1:888344/1‑136 AGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAAT > 1:738059/1‑136 AGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAAT > 1:200056/1‑136 AGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAAT > 2:642598/1‑136 GGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGA > 2:1551300/1‑136 GGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGA > 1:2123492/1‑136 GGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGA > 1:2016088/1‑136 GGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATATACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGA > 1:1216994/1‑136 GGAAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCAGTTAATATACACAAGATTATTTACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACACAAATCAAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGA > 2:1744424/1‑136 AAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAATCTACAATTCATAACCGATT > 1:1898581/1‑136 AAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATT > 2:794812/1‑136 AAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATT > 2:1809032/1‑136 AAGCATCATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATT > 2:794728/1‑136 AAGCATCATTTATATAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACAAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATT > 1:1337623/1‑136 CATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTT < 2:2374354/136‑1 CATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTT < 2:1723554/136‑1 CATTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTT < 2:1608996/136‑1 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGT > 2:1565685/1‑136 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGT > 1:674015/1‑136 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGT > 1:674991/1‑136 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGT > 2:1013657/1‑136 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGT > 1:1428903/1‑136 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGT > 2:2323848/1‑136 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGT > 1:833896/1‑136 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAG > 2:1696982/1‑75 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAG < 1:1095909/75‑1 TTTATTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAG > 2:1095909/1‑75 TTTAAGTTAGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAG < 1:1809032/136‑1 AGATACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATC < 2:447561/136‑1 TACATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCC < 2:2016088/134‑1 CATATTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGATTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTCTTAAGTGACAATCAGATT > 2:662851/1‑136 TTATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATA < 1:358330/136‑1 TATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATAT < 2:833896/136‑1 TATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATAT < 2:1754630/136‑1 TATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATAT < 1:227671/136‑1 ATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATG < 1:1551300/136‑1 ATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATAT > 1:1401548/1‑135 ATATGTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATAT > 2:2239980/1‑135 GTACGAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCC > 1:2447150/1‑135 GAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCGACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTC > 1:2201794/1‑135 GAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTC > 2:27777/1‑135 GAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTC > 2:1703996/1‑135 GAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTC > 1:813814/1‑135 GAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTC > 2:348201/1‑135 GAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTC > 1:1948083/1‑135 GAAGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCACCCTC > 2:877985/1‑135 AGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCA > 2:552689/1‑136 AGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCA > 2:1829024/1‑136 AGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCA > 2:1088309/1‑136 AGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGC < 1:1205132/135‑1 AGGCATTTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGC < 1:427187/135‑1 TTCATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAG < 2:1262191/36‑1 CATTTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAA > 1:2256816/1‑135 CATGTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCAAAACCGATTACGTTTGATAATTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAA > 2:2242537/1‑135 TTACACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCGTAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCAC < 1:2121560/136‑1 ACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCACTCACGACG < 1:412313/136‑1 ACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACG < 1:2254563/136‑1 ACAAGATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACG < 2:674991/136‑1 GATTCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAA > 1:1262191/1‑36 TCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGT > 1:967581/1‑136 TCTTGACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGT > 2:568252/1‑136 ACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACCATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGTTTAC > 1:1092229/1‑135 ACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGTTTACG > 2:2112466/1‑136 ACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATA > 2:1934379/1‑97 ACGCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATA < 1:1934379/97‑1 GCTACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGTTTACGAG < 2:1428903/136‑1 TACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGTTTACGAGC < 2:1903466/135‑1 ACCAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGTTTACGAGCGA < 2:1208980/136‑1 CAATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGTTTACGAGCGATA > 1:860151/1‑136 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AACGAGAAGTCTCTGAAGCGGATCCACCGAGGGTTCAAAGGACTCCAGGACACCTTGGAAGCATCATTTATTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_36/791‑864‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATTAAGTACAAGCTCTGAATACTCAAATCCAACGTTTAAGCTACAATTCATAACCGATTACGTTTGTTAAGTGCCAATCCGATTAATATGCCCCCTCGCAACCTCAATCACGACGAGCCAGTTTACGAGCGATA > TrimmedAssembly_T66_contig_7/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |