| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_27 | 1 = | 0 (0.000) | 224 (0.740) | 73/258 | 0.1 | 100% | intergenic (–/‑57) | –/rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | –/hypothetical protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_34 | = 1203 | 0 (0.000) | intergenic (+58/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Mobile element protein/– | |||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAATAAATTAAACTAAATTTGTTTCAAATAACATCATACAAGGGGGATTATTTATGCTACAGTTTGAGAAATTACAATATTCCAGGTTGCCGCAAAAAAAGCTTGCCAAAATATCTGGTGGTTTTAATCGG > TrimmedAssembly_T66_contig_27/1‑135 | aagataccttaaacaaccggctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgagga < 2:1473625‑M1/1‑1 (MQ=255) taccttaaacaaccggctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggaaaaa < 1:2342700‑M1/5‑1 (MQ=255) aaacaaccggctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggAAAAaaataaa < 1:256694‑M1/11‑1 (MQ=255) aaacaaccggctacggcggtcattgaactatcgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggAAAAaaataaa < 1:111025‑M1/11‑1 (MQ=255) 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2:742313‑M1/96‑136 (MQ=255) cgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggAAAAAAATAAATTAAACTAAATTTGTTTCAAATAACATCATa > 2:2342700‑M1/95‑136 (MQ=255) cgctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggAAAAAAATAAATTAAACTAAATTTGTTTCAAATAACATCATa > 1:1594232‑M1/95‑136 (MQ=255) gctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggAAAAAAATAAATTAAACTAAATTTGTTTCAAATAACATCATAc > 2:2372717‑M1/94‑136 (MQ=255) gctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggAAAAAAATAAATTAAACTAAATTTGTTTCAAATAACATCATAc > 2:327696‑M1/94‑136 (MQ=255) ctgcccagccgatctaatgcctgaactagcttagcaactagaccacttctaagaatagattcttagtgttgcacttgatttgacaattgaggAAAAAAATAAATTAAACTAAATTTGTTTCAAATAACATCATACa < 1:1464773‑M1/44‑1 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAAAAATAAATTAAACTAAATTTGTTTCAAATAACATCATACAAGGGGGATTATTTATGCTACAGTTTGAGAAATTACAATATTCCAGGTTGCCGCAAAAAAAGCTTGCCAAAATATCTGGTGGTTTTAATCGG > TrimmedAssembly_T66_contig_27/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |