| New junction evidence | |||||||||||
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CAAGATACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1068‑1203 | cAAGATACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAgg > 2:1463987/1‑136 (MQ=255)cAAGATACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAgg > 1:1285075/1‑136 (MQ=255)cAAGATACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCACAGCCGATCTAATGCCAGAACTAGCTAAGCAACTAGACAACTTCAAAGAAAATTTTCTTAGTTTTGATCTTTATTTGACAATTGAgg > 1:1035491/1‑136 (MQ=255) aaGATACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGGg < 1:1623686‑M2/136‑2 (MQ=255) 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1:59148‑M2/1‑9 (MQ=255) aaTTGAGGgaaaaattaaaagtcgtgctctcagaatttaatcctgaaagcacgacttttaatttaacgcgtgttcaattatcggaccacatagacgtggtcgtgaatcaggtcgaatggtcgga < 2:517240‑M2/124‑117 (MQ=255) aGGaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcgaaaaaagcttgccaaaatatctggtggttttaatc < 1:205585‑M2/136‑134 (MQ=255) ggaaaaaaataaattaaactacatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatctggtggttttaatc > 1:2120895‑M2/1‑2 (MQ=255) ggaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatctggtggttttaatc > 1:1085241‑M2/1‑2 (MQ=255) gaaaaaaataaattaaactaaatttgtttcaaataacatcatacaagggggattatttatgctacagtttgagaaattacaatattccaggttgccgcaaaaaaagcttgccaaaatatctggtggttttaatcgg < 2:420779‑M2/136‑136 (MQ=255) | CAAGATACCTTAAACAACCGGCTACGGCGGTCATTGAACTATCGCTGCCCAGCCGATCTAATGCCTGAACTAGCTTAGCAACTAGACCACTTCTAAGAATAGATTCTTAGTGTTGCACTTGATTTGACAATTGAGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_34/1068‑1203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |