| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 459 total aligned reads displayed.
TTAATTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177795‑178063 | ttAATTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAgt < 1:1168853/136‑1 (MQ=32) tggtacttaccgaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCg < 2:68485‑M1/3‑1 (MQ=255) ggtacttaccgaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGt > 2:364460‑M1/133‑136 (MQ=255) aTTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAgtcg > 1:2131158/1‑135 (MQ=33) ttaccgaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGag > 2:2434222‑M1/128‑136 (MQ=255) cgaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGagcagc < 1:1996957‑M1/13‑1 (MQ=255) cgaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGagcagc < 2:787004‑M1/13‑1 (MQ=255) gaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtgtgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGAgcagca < 2:819926‑M1/14‑1 (MQ=255) aCCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAgcagca > 1:621501/1‑136 (MQ=255) cGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAgg > 1:1826493/1‑136 (MQ=255) 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tagacgttggagtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAg < 2:1651197‑M1/120‑1 (MQ=255) cTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTg < 1:216331/101‑1 (MQ=255) cTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTg > 2:216331/1‑101 (MQ=255) tAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAgtcg > 1:964570/1‑135 (MQ=255) tAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAgtcg > 1:1193943/1‑135 (MQ=255) ggttgagtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAgtcg < 1:2047152‑M1/123‑1 (MQ=255) gtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTgtgt < 2:1348492‑M1/130‑1 (MQ=255) gtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGtt > 1:787044‑M1/5‑135 (MQ=255) gtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGtt > 2:1083877‑M1/5‑135 (MQ=255) aGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTc > 1:739372/1‑106 (MQ=255) aGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaa < 1:1309200‑M2/136‑6 (MQ=255) | TTAATTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177795‑178063 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |