New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
GTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTATGATCAGCAGCAATGGCAGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177923‑178189 | gTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCAAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCtgtg > 2:1219927/1‑136 (MQ=255) agtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGtt < 2:1163902‑M1/131‑1 (MQ=255) gtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGtt > 1:787044‑M1/5‑135 (MQ=255) aGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgta < 1:650076‑M2/136‑6 (MQ=255) 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gtCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGGTGGATTGCATCAATCGTCgtgt > 2:1386652/1‑136 (MQ=255) cGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgatgatgcagctgagctagtagcacttgatgaagcttgactagtggttgcagcagaacttgaagcttggctagcagctgat < 1:1159392‑M2/136‑111 (MQ=255) cGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTa > 2:2368497/1‑136 (MQ=255) cGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTa > 2:623098/1‑136 (MQ=255) gTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTATGATca > 1:1291631/1‑135 (MQ=255) tgttgAGTCGTCTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgatgatgcagctgagctagtagcacttgatgaagcttgactagtggttgcagcagaacttgaagcttggctagcagctgattgcgttga < 2:1767334‑M2/134‑119 (MQ=255) gttgAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAgttgtt > 1:1442128/1‑57 (MQ=255) ttgAGTCGTCTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgattatgcagctgagctagtatcacttgatgaatcttgactagtggttgcagcagaacttgaatcttggctagcagctgatttcgttgagctt < 1:2072148‑M2/136‑123 (MQ=255) gAGTCGTCTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgatgatgcagctgagctagtagcacttgatgaagcttgactagtggttgcagcagaacttgaagcttggctagcagctgattgcgttgagcttgc > 1:394648‑M2/1‑12 (MQ=255) gtcTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgatgatgcagctgagctagtagcacttgatgaagcttgactagtggttgcagcagaacttgaagcttggctagcagctgagtgcgttgagcttgctgaag > 1:736037‑M2/1‑7 (MQ=255) cTGTGttgaagtcgttgaggttgttgaagctgttgatgatgcagctgagctagtagcacttgatgaagcttgactagtggttgcagcagaacttgaagcttggctagcagctgattgcgttgagcttgctgaagaa < 1:298551‑M2/136‑132 (MQ=255) | GTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAAGTCGTGGTAGTGCTATCACCATTTACTTCAAGTTGTTGACCAACTAAGATCAAGTTAACGTCTTTTAAGTGGTTAGCTTGTTGGATTGCATCAATCGTCGTGTTATGATCAGCAGCAATGGCAGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177923‑178189 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |