| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CTGCCGACCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_6/156642‑156776 | cTGCCGACCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACc > 1:1656923‑M2/1‑135 (MQ=255) aCCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACcgaatta < 2:2015092‑M2/136‑8 (MQ=255) aCCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACcgaatta < 2:2187395‑M2/136‑8 (MQ=255) aCCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACcgaatta < 2:2187396‑M2/136‑8 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |