| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 697 total aligned reads displayed.
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AACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAATCTTCCGTTGGAAATTGT > 1:1995712/1‑136 AACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAATCTTCCGTTGGAAATTGT > 1:2339598/1‑136 AACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAATCTTCCGTTGGAAATTGT > 2:393473/1‑136 AACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAATCTTCCGTTGGAAATTGT > 1:345119/1‑136 AACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAATCTTCCGTTGGAAATTGT < 1:688609/136‑1 AACTTAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACAT < 2:672454/86‑1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AACGCTATGGACGAAAAATGTTGGTAGTAAGATTTTGAACCAGATTCAAGTCATTGACTTTGTCGGTGGCGATACCCAGACACTTGTTGATGAGTTGGATAAGTTAGAACTGAATGATGTGACTAATCGGGAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_2/291839‑291973‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAAATAAATGATGCTTCCAAGGTGTCCTGGAGTCCTTTGAACCCTCGGTGGATCCGCTTCAGAGACTTCTCGTTATAAACATTAAACTGAGAAACCAGGAAGCGATCCAGTGAATCTTCCGTTGGAAATTGTTC < TrimmedAssembly_T66_contig_36/864‑731 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |