| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 1547 total aligned reads displayed.
CTGTGGTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTTAGAAATCTTTTGTGCGTTTACACAAGATATTTTACGCTCTCCACTAAAGGATCGGGTATCATCCGCAACGATAGTGGCGTAGTCTTGTAGATAAATCCAAGCGACTAAATCATACTTATCATGAAAATGATAGTAGAAAGCTTGTGGGGTTGCTCCTGCAGCTTTAGCTAAATGG > TrimmedAssembly_T66_contig_1/88478‑88747 | gtgGTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTCAGAAATCTTTTATGCATTTACACAAGATATTTTACGCTCTCta < 1:2005410‑M1/136‑3 (MQ=255) ggTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTTAGAAATCTTTTGTGCGTTTACACAAGATATTTTACGCTCTCCACt > 2:411650/1‑136 (MQ=255) ggTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTCAGAAATCTTTTATGCATTTACACAAGATATTTTACGCTCTCttcg > 2:505942‑M1/1‑132 (MQ=255) ggTAAGTTCATTCATGGGGAATGCCTCCTGTGATGTTTTCTGTGGTTACTAAATATCATAAGGGAAGGCATTCCCTATTTCTATACAATTCAGAAATCTTTTATGCATTTACACAAGATATTTTACGCTCTCtatt < 2:1865027‑M1/136‑5 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |