| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_1 | 1 = | 0 (0.000) | 169 (0.620) | 58/262 | 0.2 | 100% | intergenic (–/‑2) | –/rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc | –/hypothetical protein |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_35 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/‑99) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Mobile element protein | |||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGAAACCGATAACTCA > TrimmedAssembly_T66_contig_1/1‑134 | cgttcttttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccggggc > 2:1447285‑M1/132‑133 (MQ=255) gttcttttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattctccGGAggg < 2:1884098‑M1/6‑1 (MQ=255) gttcttttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAggg < 2:1397100‑M1/6‑1 (MQ=255) gttcttttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAggg > 1:952349‑M1/131‑136 (MQ=255) gttcttttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAggg < 1:1488432‑M1/6‑1 (MQ=255) ttttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaa < 2:1512907‑M1/10‑1 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaaa < 1:187345‑M1/11‑1 (MQ=255) tttatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacacggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttaaattgtaaattctacGGAGGGaaaaa < 1:1157361‑M1/11‑1 (MQ=255) tttatagtaagatctttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGaaaaa > 1:71980‑M1/126‑136 (MQ=255) tatagtaagatttttatacctcatacaggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:2387272‑M1/124‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:1579089‑M1/124‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:201772‑M1/124‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:201739‑M1/124‑136 (MQ=255) tatagtaagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAAc > 1:1898634‑M1/124‑136 (MQ=255) taagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgtgtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAATCTATGa > 2:121249‑M1/119‑136 (MQ=255) aagatgtttatagctcataccggatacctcgaattgtttgatttggtcgttaaacatattctacccggtatgggtttatttttttactttgtgttgcatttcaattgtaaattcgccGGAGGGAAAAAACTATGa > 1:1397100‑M1/118‑135 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAGGGAAAAAACTATGAGTACACCACTAAAGATGGAATTACTTATTGATGGTAAAAAGCAGACCTTCACGGAATCGTTCATTCCGGCAGGCCGTATCTTGGACGCATTGGACTTAATCGAAACCGATAACTCA > TrimmedAssembly_T66_contig_1/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |