| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_35 | = 1096 | 0 (0.000) | intergenic (+10/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | Mobile element protein/– | |||||
Only 100 of 517 total aligned reads displayed.
ATTGATAATTATACAGAACAGGACGTTGAACACTGCCAAAAGCAGTTAAATCAACGTCCTCGCAAAGTGTTAAACTATGAAACCCCATATGAAGTATTTTTTGACAAACCGTTGCACTTAGTTTGACAATTCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_35/961‑1096 | atTGATAATTATACAGAACAGGACGTTGAACACTGCCAAAAGCAGTTAAATCAACGTCCTCGCAAAGTGTTAAACTATGAAACCCCATATGAAGTATTTTTTGACAAACCGTTGCACTTAGTTTGACAATTCGccc < 1:2497783/136‑1 (MQ=255) taCAGAACAGGACGTTGAACACTGCCAAAAGCAGTTAAATCAACGTCCTCGCAAAGTGTTAAACTATGAAACCCCATATGAAGTATTTTTTGACAAACCGTTGCACTTAGTTTGACAATTCGCCCgtctaaaaaa < 2:1186294‑M2/135‑11 (MQ=255) taCAGAACAGGACGTTGAACACTGCCAAAAGCAGTTAAATCAACGTCCTCGCAAAGTGTTAAACTATGAAACCCCATATGAAGTATTTTTTGACAAACCGTTGCACTTAGTTTGACAATTCGCCCgtctaaaaaa < 2:1819946‑M2/135‑11 (MQ=255) taCAGAACAGGACGTTGAACACTGCCAAAAGCAGTTAAATCAACGTCCTCGCAAAGTGTTAAACTATGAAACCCCATATGAAGTATTTTTTGACAAACCGTTGCACTTAGTTTGACAATTCGCCCgtctaaaaaa < 2:2516026‑M2/135‑11 (MQ=255) 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ATTGATAATTATACAGAACAGGACGTTGAACACTGCCAAAAGCAGTTAAATCAACGTCCTCGCAAAGTGTTAAACTATGAAACCCCATATGAAGTATTTTTTGACAAACCGTTGCACTTAGTTTGACAATTCGCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_35/961‑1096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |