| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CTGCCGACCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_6/156642‑156776 | cTGCCGACCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACc > 2:2132257‑M2/1‑135 (MQ=255) aCCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCTAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACcgaatta < 2:2469971‑M2/136‑8 (MQ=255) aCCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACcgaattc < 2:2353524‑M2/136‑8 (MQ=255) aCCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACcgaatta < 2:2469999‑M2/136‑8 (MQ=255) 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1:1747089‑M2/1‑49 (MQ=255) gTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACcgaattaacgattccttaggttgcatggcaacgtcctaccctcgcagggagcgatcccccaactactctcggcgctaagaagcttaa > 1:575267‑M2/1‑49 (MQ=255) tAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACcgaattaacgattccttaggttgcatggcaacgtcctaccctcgcagggagcgatcccccaactactctcggcgctaagaagcttaact < 1:2432926‑M2/135‑90 (MQ=255) tAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAACcgaattaacgattccttaggttgcatggcaacgtcctaccctcgcagggagcgatcccccaactactctcggcgctaagaagcttaact < 1:452048‑M2/135‑90 (MQ=255) gTAAAAAAAAGGAACcgaattaacgattccttagg < 1:219318‑M2/35‑21 (MQ=255) tAAAAAAAAGGAACcgaattaacgattccttaggttgcat > 1:922799‑M2/1‑14 (MQ=255) tAAAAAAAAGGAACcgaattaacgattccttaggttgcat < 2:922799‑M2/40‑27 (MQ=255) | CTGCCGACCTCTTCCTTACCATGGAAGTGCTCTACCTGCTGAGCTAAAACGGCGTTAATTGACCCTATCCAGTATACCAAAAGCATGTTTAAATTCAAACTGTACTGGTTGACATTCAACGTAAAAAAAAGGAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > TrimmedAssembly_T66_contig_6/156642‑156776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |