| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | TrimmedAssembly_T66_contig_17 | 66638 = | 99 (0.540) | 114 (0.780) +ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACT |
36/204 | 1.5 | 74.6% | intergenic (+352/–) | rasttk_feature_annotation_tool=elepa@bvbrc/– | hypothetical protein/– |
| ? | TrimmedAssembly_T66_contig_20 | 1 = | 0 (0.000) | intergenic (–/+632) | –/rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | –/Lipoteichoic acid synthase LtaS Type IIa | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
‑‑CGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_17/66738‑66638‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC > TrimmedAssembly_T66_contig_20/1‑135 |||||||||||||||||||||||||||| tttGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGCTTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAATGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAA < 1:1285310/133‑1 ttGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAA > 2:466180/3‑136 ttGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAA > 2:1601900/3‑136 TAGCGCATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTCCACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCACAGGTCTAAATCGTTCGTTGAGTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTT < 2:1501338/136‑1 TAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTT < 1:1601900/136‑1 TAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTT < 2:2849960/136‑1 TAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTT < 2:2698352/136‑1 TAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTT < 2:2554208/136‑1 TAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTT < 1:1909824/136‑1 TAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTT < 2:1192951/136‑1 TAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTT < 2:808690/136‑1 GAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTAT < 1:2067299/134‑1 ATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCAT < 2:2323464/135‑1 CTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAG > 2:1428789/1‑136 CGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAAC < 1:983911/136‑1 CGCAAATGTTTGGCGCTTGATTCAACATCAAGAGACCCTACCCATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAAC < 2:1894462/136‑1 AAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCTACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAA < 2:2605696/135‑1 TTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAATCTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAATGTTGATCATCATCAGAACAAGCTGTCA > 2:2424426/1‑136 TCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACA > 2:2765456/1‑134 TCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTAT > 1:2571564/1‑136 AAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATT < 2:1568951/136‑1 AAGAGACCCTACACATTTGAGTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATT < 2:1322349/136‑1 CCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAA < 2:319684/135‑1 CCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAA < 1:1080548/135‑1 ACACTTTTGAGTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATGGTTCGTTGATTACCTCCACGAAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAATTTATTTTGAATAACT < 1:1479866/136‑1 ACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 2:2318605/136‑1 ACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 1:1927715/136‑1 ACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 1:2030753/136‑1 ACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 2:1744014/136‑1 ACAAATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 2:2776433/136‑1 CACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTA > 1:2192565/1‑136 CATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTAT > 2:605010/1‑135 CATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTAT > 1:2297568/1‑135 CATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTAT > 1:999962/1‑135 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTAGCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACAGCGTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCTATGT > 1:2377710/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:1350899/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 2:2088135/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 2:804509/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:1215363/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:2116159/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 2:542735/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 2:2553964/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:331918/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 1:29733/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATT < 2:2598764/117‑1 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATT > 1:2598764/1‑117 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATT > 2:313024/1‑117 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTGTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGT > 2:613012/1‑136 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAA < 1:404923/69‑1 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAA > 2:404923/1‑69 ATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAA > 2:404847/1‑69 TTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTA > 1:950746/1‑136 TTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTA > 1:222799/1‑136 CGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAA > 1:622169/1‑136 CGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAA > 1:919987/1‑136 AAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTC > 2:1010308/1‑136 AAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 1:2153697/119‑1 AAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT > 2:2153697/1‑119 AACTTTGTTCAGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTC < 2:1350899/135‑1 AGTTTTCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTAAATGTAAATGATCACATCAATTTt > 2:2194010/1‑135 TCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATAT < 1:2765456/136‑1 TCAAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATAT < 1:884662/136‑1 AAAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTC < 2:155720/136‑1 AAGGTCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAAATATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCA > 1:795869/1‑136 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 1:1290920/134‑1 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 1:2457905/134‑1 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 1:2106473/134‑1 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 2:2069056/134‑1 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 2:1889484/134‑1 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 2:1757761/134‑1 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 1:1830419/134‑1 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 1:1333647/134‑1 TCTAAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 2:1083508/134‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 2:453167/136‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT > 1:2019480/1‑136 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 1:1197444/136‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 2:29733/136‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 2:1215363/136‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 1:381304/136‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 2:1657/136‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 2:2482043/136‑1 AAATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAAT < 1:804509/136‑1 ataGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAACATTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTATTATAAATAAATTTGAATAAATATTCAATGTAAATGCTAACAACAATTTGAATATTCATAATAAAGA > 1:895850/4‑136 ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGA < 1:1839072/136‑1 ATCGTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATAT < 2:895868/124‑1 GTTCGTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTA < 1:447485/136‑1 GTTCGTAGATTACCTCACCGCAACTATTAAAGTTTATCAACATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACAACAATTTGAATATACATAATAATGAGTA < 1:2432871/136‑1 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 2:2719669/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGT > 2:861758/1‑136 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT > 1:88473/1‑84 GTTGATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACT < 2:88473/84‑1 GATTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGC < 1:2504910/136‑1 TTACCTCAACGCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCA < 1:2553964/135‑1 GCAACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTT > 1:417056/1‑46 AACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAC > 1:2710696/1‑136 AACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAC > 2:557973/1‑136 AACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAC > 1:895130/1‑136 AACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATA < 1:2056481/105‑1 ACTATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAAATTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACG < 2:950746/136‑1 TATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC < 1:1010308/136‑1 |||||||||||||||||||||||||||| ‑‑CGCTAGCGAATTGACTTCGCAAATGTTTTGCTCTTGATTCAAAATCAAGAGACCCTACACATTTGATTCGTCGAAACTTTGTTCAGTTTTCAAAGATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < TrimmedAssembly_T66_contig_17/66738‑66638‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC > TrimmedAssembly_T66_contig_20/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |