| New junction evidence | |||||||||||
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aaatcgttcgttgattacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATaataat < 2:29733‑M2/106‑1 (MQ=255) aaatcgttcgttgattacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATaataat < 1:381304‑M2/106‑1 (MQ=255) aaatcgttcgttgattacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATaataat < 2:1657‑M2/106‑1 (MQ=255) aaatcgttcgttgattacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATaataat < 2:1215363‑M2/106‑1 (MQ=255) aaatcgttcgttgattacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATaataat < 1:1197444‑M2/106‑1 (MQ=255) atcgttcgttgattacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAatat < 2:895868‑M2/96‑1 (MQ=255) 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gttgattacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGt > 2:861758‑M2/22‑136 (MQ=255) gttgattacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGt > 2:2719669‑M2/22‑136 (MQ=255) gattacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGc < 1:2504910‑M2/118‑1 (MQ=255) ttacctcaacgcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCa < 1:2553964‑M2/119‑1 (MQ=255) gcaactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCtt > 1:417056‑M2/7‑46 (MQ=255) aactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCata < 1:2056481‑M2/101‑1 (MQ=255) aactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAc > 2:557973‑M2/5‑136 (MQ=255) aactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAc > 1:2710696‑M2/5‑136 (MQ=255) aactATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAAc > 1:895130‑M2/5‑136 (MQ=255) actATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAAATTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACg < 2:950746‑M2/133‑1 (MQ=255) tATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAc < 1:1010308‑M2/135‑1 (MQ=255) | ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTAAAGTTTATCATCATCAGAACAAGCTGTCAACATCTTTTTATAAATTATTTTGAATAACTATTCAATGTAAATGCTCACATCAATTTGAATATTCATAATAATGAGTAATGTTGCATATCGCTCTTAACGAC > TrimmedAssembly_T66_contig_20/1‑135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |