| New junction evidence | |||||||||||
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Only 100 of 550 total aligned reads displayed.
TTAATTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177795‑178063 | ttAATTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAgt < 1:1420520/136‑1 (MQ=32)attggtacttaccgaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcat > 1:1508161‑M1/136‑136 (MQ=255) aTTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTATACGTTTGAgtcg > 2:1320521/1‑135 (MQ=18) cttaccgaagtattgaccgttacgagcagaatatgaaccaccagattctttaccagcaatccaagccttagcagcactatcagaaccattgttgctatagtttgatgttgaactagacgtttgagtcaTCGTCTGa > 2:1061970‑M1/129‑136 (MQ=255) 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gtcaTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTg < 1:2654961‑M1/132‑1 (MQ=255) gAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttga > 1:1770088‑M2/1‑132 (MQ=255) gAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttga > 2:2793855‑M2/1‑132 (MQ=255) gAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttga > 1:37188‑M2/1‑132 (MQ=255) gAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttga > 1:1015206‑M2/1‑132 (MQ=255) aGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGttgaa < 2:2501049‑M2/136‑6 (MQ=255) | TTAATTGGTACTTACCGATGTATTGACCGTTACGAGCAGAATATGAACCACCAGATTCTTTACCAGCAATCCAAGCCTTAGCAGCACTATCAGAACCATTGTTGCTATAGTTTGATGTTGAACTAGACGTTTGAGTCGTCTGAGCAGCAGGTTTGCTAGTTTGTGTTTGACTTGATTGGGTCTGGCTAGCTTGGCTCGGTTGAGCTTGAGTTTGACTAGTCTGAGCTGATGATTGTGTCGTGGTCGTTTGTTGAGTCGTCTGTGTTGAA > TrimmedAssembly_T66_contig_3/177795‑178063 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |