| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_9 | 1 = | 0 (0.000) | 1965 (0.860) | 151/258 | 0.5 | 100% | coding (1/936 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Plasmid replication initiation protein |
| ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_9 | = 10661 | NA (NA) | intergenic (+719/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | ORF9/– | |||||
Only 100 of 1976 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGAAATGAATCTATTTTTTTCAATTATTTCTCGTATGCGTGATAAGGGAGATCAGACAGTTAGATT > Annotation_U21_Trimmed_contig_9/1‑134 | ttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGc < 2:1916992‑M1/6‑1 (MQ=255)ttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGc < 2:2760182‑M1/6‑1 (MQ=255)ttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGc < 2:1507995‑M1/6‑1 (MQ=255) tgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAAt > 1:1942314‑M1/127‑135 (MQ=255) tctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATg < 1:2165335‑M1/10‑1 (MQ=255) gtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataataggtgtggaggtgtgattATGAGCAATTAACt < 2:2249287‑M1/14‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTtata < 1:1153011‑M1/18‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTtata < 2:1003144‑M1/18‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTtata < 2:682552‑M1/18‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTtata < 1:1810240‑M1/18‑1 (MQ=255) caacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttctcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATaaa > 1:543672‑M1/116‑135 (MQ=255) caacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATaaa > 1:2102418‑M1/116‑135 (MQ=255) caacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATaaa > 2:1072779‑M1/116‑135 (MQ=255) ttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGa < 1:704985‑M1/26‑1 (MQ=255) ttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGa < 2:383726‑M1/26‑1 (MQ=255) ttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGa < 2:1335112‑M1/26‑1 (MQ=255) 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atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAAt < 1:1425720‑M1/39‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAAt < 2:471746‑M1/39‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAAt < 1:1099282‑M1/39‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattAAGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAAt < 2:1786441‑M1/39‑1 (MQ=255) gaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatgttgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCATGAACTTAATACCATTc > 2:329158‑M1/90‑135 (MQ=255) gaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTc > 1:1694308‑M1/90‑135 (MQ=255) gaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTc > 1:279662‑M1/90‑135 (MQ=255) ggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCg < 1:1467242‑M1/48‑1 (MQ=255) ggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCg < 2:2885301‑M1/48‑1 (MQ=255) ttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGt < 1:947256‑M1/49‑1 (MQ=255) ttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGt < 2:429642‑M1/49‑1 (MQ=255) tttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGtt > 1:1506351‑M1/85‑134 (MQ=255) ttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTa > 1:326865‑M1/84‑134 (MQ=255) tgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTaa > 1:901350‑M1/79‑134 (MQ=255) tgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTaa > 1:838660‑M1/79‑134 (MQ=255) tttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAAtt > 1:2844129‑M1/77‑135 (MQ=255) tttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAAtt > 2:2467556‑M1/77‑135 (MQ=255) tttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAAtt > 1:366509‑M1/77‑135 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGAAATGAATCTATTTTTTTCAATTATTTCTCGTATGCGTGATAAGGGAGATCAGACAGTTAGATT > Annotation_U21_Trimmed_contig_9/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |