| New junction evidence | |||||||||||
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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCAGTTCGATTCTGTCCCGCGCCATTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTC > Annotation_U21_Trimmed_contig_13/1‑135 | aaaaatggtcctatggtctagctggttaggacgcctgcctgtcacgcaggagatcacgagttctagtctcgttaggaccgtAAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGATCCATGTGTCgg < 1:1456092‑M1/54‑1 (MQ=255) ttatggtcctatggtctagctggttaggacgcctgcctgtcacgcaggagatcacgagttcgagtctcgttaggaccgtAAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCa > 1:2429848‑M1/80‑135 (MQ=255) ttatggtcctatggtctagctggttaggacgcctgcctgtcacgcaggagatcacgagttcgagtctcgttaggaccgtAAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCa > 1:370534‑M1/80‑135 (MQ=255) ttatggtcctatggtctagctggttaggacgcctgcctgtcacgcaggagatcacgagttcgagtctcgttaggaccgtAAATGGCTCGGTAGCTCAGTCGGTAGAGCAATGGATTGAAGCTCCATGTGTCGGCa > 2:2023068‑M1/80‑135 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |