| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_9 | 1 = | 0 (0.000) | 1412 (0.850) | 135/256 | 0.7 | 100% | coding (1/936 nt) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2 | Plasmid replication initiation protein |
| ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_9 | = 10661 | NA (NA) | intergenic (+719/–) | rasttk_feature_annotation_tool=annotate_proteins_km er_v2/– | ORF9/– | |||||
Only 100 of 1421 total aligned reads displayed.
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGAAATGAATCTATTTTTTTCAATTATTTCTCGTATGCGTGATAAGGGAGATCAGACAGTTAGATT > Annotation_U21_Trimmed_contig_9/1‑134 | ttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGc < 1:1825599‑M1/6‑1 (MQ=255) gtctctttatcaccgaggttgtgtctgttgatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATg > 2:2063201‑M1/126‑135 (MQ=255) tctgtttatcaacgcggttttgtctgtttatcaccgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttactggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGa > 2:296055‑M1/125‑135 (MQ=255) gtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACt < 1:1166624‑M1/14‑1 (MQ=255) tatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTtat < 2:1684076‑M1/17‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatttaatagtggtggaggtgtgattATGAGCAATGACCTtata < 2:2224373‑M1/18‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTtata < 1:1927115‑M1/18‑1 (MQ=255) atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTtata < 1:1506034‑M1/18‑1 (MQ=255) caacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATaaa > 2:1257979‑M1/116‑135 (MQ=255) caacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATaaa > 2:1926741‑M1/116‑135 (MQ=255) caacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATaaa > 1:1258408‑M1/116‑135 (MQ=255) caacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATaaa > 2:546109‑M1/116‑135 (MQ=255) caacgaggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATaaa > 1:2529122‑M1/116‑135 (MQ=255) ggttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATg < 1:930360‑M1/25‑1 (MQ=255) gttttgtctttttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatatcatagttgttgaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGAt > 2:1710560‑M1/109‑135 (MQ=255) ttttgtctgtttatcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGa < 2:1067276‑M1/26‑1 (MQ=255) 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atcaacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgactttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAAt < 1:2223827‑M1/39‑1 (MQ=255) aacgaggttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACtt < 2:1642991‑M1/15‑1 (MQ=255) ttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGt < 1:1719718‑M1/49‑1 (MQ=255) ttttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGt < 1:2162230‑M1/49‑1 (MQ=255) tttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGtt > 1:2058930‑M1/85‑134 (MQ=255) tttgtctgtttatcaacgaggtttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGtt > 1:1614852‑M1/85‑134 (MQ=255) 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tttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGaa < 1:570647‑M1/72‑1 (MQ=255) ttttaatggtgatcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGa > 2:1465677‑M1/63‑133 (MQ=255) tcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGAAATGAATCTAtttt < 1:2496589‑M1/85‑1 (MQ=255) tcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGAAATGAATCTAtttt > 2:2531195‑M1/51‑135 (MQ=255) tcgttgataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGAAATGAATCTAtttt < 1:1129258‑M1/85‑1 (MQ=255) gataaacaatcgttgattttatataatagttgtggaggtgtgattATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGAAATGAATCTATTTTTTTc > 2:1018746‑M1/46‑134 (MQ=255) 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATGAGCAATGAACTTATAAAATATGATCCTGAACTTAATACCATTCCGTTACGTAAATTCACCCCTATTGAAATGAATCTATTTTTTTCAATTATTTCTCGTATGCGTGATAAGGGAGATCAGACAGTTAGATT > Annotation_U21_Trimmed_contig_9/1‑134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |