| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_11 | = 1711 | 0 (0.000) | 356 (0.400) +CTACTCTCAGAGCACGCGTATC |
67/212 | 0.0 | 73.6% | intergenic (+53/–) | rasttk_feature_creation_tool=RNA_reps_SSU_rRNA/– | SSU rRNA ## 16S rRNA, small subunit ribosomal RNA/– |
| ? | Annotation_U21_Trimmed_contig_13 | 191 = | 309 (0.980) | noncoding (1/75 nt) | rasttk_feature_creation_tool=tRNAscan‑SE | tRNA‑Ile‑GAT | |||||
Only 100 of 677 total aligned reads displayed.
TTCGATTCTGTCCCGCGCCATTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCTGCTAAGGGTGTAGGTCGCGC > Annotation_U21_Trimmed_contig_13/58‑322 | ggtgaagtcgtaacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcg > 1:1252188‑M2/134‑134 (MQ=255) tgaagtcgtaacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcgg < 1:1421983‑M2/2‑1 (MQ=255) gaagtcgtaacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGc < 2:1876547‑M2/4‑1 (MQ=255) tcgtaacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCtat > 2:2405625‑M2/127‑134 (MQ=255) tcgtaacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtgtagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCgat > 2:1148788‑M2/127‑134 (MQ=255) tGTCCCGCGCCATTCACAATTTAATACCGTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAg < 2:27353/135‑1 (MQ=255) taacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCt < 1:460318‑M2/12‑1 (MQ=255) taacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCt < 2:1201744‑M2/12‑1 (MQ=255) taacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCt < 2:1403505‑M2/12‑1 (MQ=255) taacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCt < 2:1652784‑M2/12‑1 (MQ=255) taacaaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctccttcctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCt < 1:1089991‑M2/12‑1 (MQ=255) tCCCGCGCCATTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCt < 1:1498000/135‑1 (MQ=255) tCCCGCGCCATTCACAATTTAAGACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCt < 1:968741/135‑1 (MQ=255) cgcgCCATTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTc > 1:2194095/1‑133 (MQ=255) cgcgCCATTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTc > 1:1316536/1‑133 (MQ=255) caaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTc > 1:2378714‑M2/121‑133 (MQ=255) caaggtagccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTc > 1:1464626‑M2/121‑133 (MQ=255) cATTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGt > 2:765245/1‑135 (MQ=255) agccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGt < 1:1755098‑M2/20‑1 (MQ=255) aTTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGt < 2:2300581/134‑1 (MQ=255) gccgtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaaaccacactatgtcaaagttgtgtgtagttttgagaggtcaactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGttt > 2:2479641‑M2/114‑135 (MQ=255) gtaggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTaga < 1:2334114‑M2/25‑1 (MQ=255) acaATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTaga < 1:1021460/135‑1 (MQ=255) acaATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTaga < 1:1967522/135‑1 (MQ=255) taggagaacctgcggctggatcacctcctttctatggaataaacggaaaccctcacgaggtggaagtttggtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCGCGGCTGGTTTagag > 2:1241307‑M2/110‑135 (MQ=255) taggagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTagag > 1:1388876‑M2/110‑135 (MQ=255) aaTTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAgc < 1:2063820/135‑1 (MQ=255) aaTTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAgc < 1:42702/135‑1 (MQ=255) 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gagaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAgcg > 1:2512659‑M2/107‑134 (MQ=255) ttAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCa < 2:983138/135‑1 (MQ=255) gaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAgcgc < 2:585364‑M2/29‑1 (MQ=255) gaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAgcgc < 2:135337‑M2/29‑1 (MQ=255) gaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAgc < 2:705645‑M2/27‑1 (MQ=255) gaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCa > 2:2431976‑M2/105‑134 (MQ=255) gaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCa > 2:1038129‑M2/105‑134 (MQ=255) gaacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCa > 1:2543515‑M2/105‑134 (MQ=255) aacctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCAc > 2:1300498‑M2/104‑134 (MQ=255) ctgcggttggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCt < 1:1226642‑M2/35‑1 (MQ=255) ctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaccggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCt < 2:1949695‑M2/35‑1 (MQ=255) ctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCt < 1:613871‑M2/35‑1 (MQ=255) ctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCt < 2:448732‑M2/35‑1 (MQ=255) ctgcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCt > 2:802290‑M2/101‑135 (MQ=255) gcggctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGa > 2:631275‑M2/99‑135 (MQ=255) ctggatcacctcctttctaaggaataaacggaaacccacactatgtcaaagttttgtttagttttgagaggtctactctcagagcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAg > 1:1568949‑M2/95‑135 (MQ=255) gtgtAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTc > 1:1129693/1‑135 (MQ=255) tAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGAt > 2:1826866/1‑135 (MQ=255) 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cGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGgc < 1:765245/135‑1 (MQ=255) cGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGgc < 2:409920/135‑1 (MQ=255) cGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGgc < 2:1736182/135‑1 (MQ=255) ccGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCt < 1:696939/135‑1 (MQ=255) cGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCTg < 2:1526365/135‑1 (MQ=255) cGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCTg < 2:2469261/135‑1 (MQ=255) cGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCTg < 1:1910325/135‑1 (MQ=255) cGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCTg < 2:1172341/135‑1 (MQ=255) cGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCTg < 2:1104460/135‑1 (MQ=255) cGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCTg < 2:920675/135‑1 (MQ=255) cGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCTg < 2:2181008/135‑1 (MQ=255) gcacgcgtatcGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATg > 2:1573811‑M2/12‑65 (MQ=255) | TTCGATTCTGTCCCGCGCCATTCACAATTTAATACCTTTATTATGCGGGTGTAGTTTAGTGGTAAAACCACAGCCTTCCAAGCTGTTGTCGCGAGTTCGATTCTCGTCACCCGCTTTTGTTATATTTTTATATGGGCCTATAGCTCAGCTGGTTTAGAGCGCACGCCTGATAAGCGTGAGGTCGATGGTTCGAGTCCATTTAGGCCCATTTGGAGAAGTACTCAAGTGGCTGAAGAGGCGCCCCTGCTAAGGGTGTAGGTCGCGC > Annotation_U21_Trimmed_contig_13/58‑322 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |