| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | 3398276 = | 65 (0.760) | 5 (0.060) | 5/338 | NT | 6.7% | coding (757/819 nt) | PP_3002 | shikimate dehydrogenase‑related enzyme |
| ? | AE015451 | 3398411 = | 77 (0.940) | coding (69/438 nt) | aroQ‑III | 3‑dehydroquinate dehydratase 3, type II | |||||
CGAAGCGCTGGAAGGGCAATCGTTCGACATCGTCGTCAACGCCACCTCGGCGAGCCTGACCGCGGACTTGCCGCCCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGACCAGGCGTTACAGGCCCTGGGCGAGGAGCTGGGGGCACAGGTCGA > AE015451/3398041‑3398485 | cacttcaaccaccggcacttcgataatggccaacgcatcacgaatgccgtagctgtaatgggtccaggcaccggcattgatcagcacggcatccacccggtcctcataggcctgatggatgcgctcgcacatggcgccctcgaagctgcgctggaagctctcgacctgtgcccccagctcctcgcccagggcctgtaacgcctggtcgatgtcggccagggtcgctgtgccgtact < 1:799316‑M1/1‑1 (MQ=255) ccaccggcacttcgataatggccaacgcatcacgaatgccgtagctgtaatgggtccaggcaccggcattgatcagcacggcatccacccggtcctcataggcctgatggatgcgctcgcacatggcgccctcgaagttgctctggaagctctcgacctgtgcccccagctcctcgcccagggcctgtaacgcctggtcgatgtcggccagggtcgctgtgccgtacTGgcgc < 2:816504‑M1/6‑1 (MQ=255) aaGGGCAATCGTTCGACATCGTCGTCAACGCCACCTCGGCGAGCCTGACCGCGGACTAGCCGCCCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATCGAGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCggg > 2:799314/1‑233 (MQ=255) gTTCGACATCGTCGTCAACGCCACCTCGGCGAGCCTGACCGCGGACTTGCCGCCCCTGCCGGCTGATGTACTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCTGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGt > 2:802804/1‑225 (MQ=255) ggccaacgcatcacgaatgccgtagctgtaatgggtccaggcaccggcattgatcagcacggcatccacccggtcctcataggcctgatggatgcgctcgcacatggcgccctcgaagttgctctggaagctctcgacctgtgcccccagctcctcgcccagggcctgtaacgcctggtcgatgtcggccagggtcgctgtgccgtacTg > 1:1054019‑M1/209‑210 (MQ=255) tcAACGCCACCTCGGCGAGCCTGACCGCGGACTTGCCGCCCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGat > 1:848641/1‑235 (MQ=255) tcAACGCCACCTCGGCGAGCCTGACCGCGGACTTGCCGCCCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGGGGAGCAGGCCGCCGAGGCGGTTGCCTGGTGGcgcg > 2:285465/1‑207 (MQ=255) cgggCCTGACCGCGGACTTGCCGCCCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGAtt < 1:401586/233‑1 (MQ=255) agctgtaatgggtccaggcaccggcattgatcagcacggcatccacccggtcctcataggcctgatggatgcgctcgcacatggcgccctcgaagttgctctggaagctctcgacctgtgcccccagctcctcgcccagggcctgtaacgcctggtcgatgtcggccagggtcgctgtgccgtacTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGAtt > 1:226710‑M1/186‑236 (MQ=255) ccTGACCGCGGACTTGCCGCCCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGac < 2:796759/202‑1 (MQ=255) aatgggtccaggcaccggcattgatcagcacggcatccacccggtcctcataggcctgatggatgcgctcgcacatggcgccctcgaagttgctctggaagctctcgacctgtgcccccagctcctcgcccagggcctgtaacgcctggtcgatgtcggccagggtcgctgtgccgtacTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTg > 1:163222‑M1/180‑236 (MQ=255) ggcgGACTTGCCGCCCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGTTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCg < 2:686871/188‑1 (MQ=255) gccCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAg > 2:554392/1‑205 (MQ=255) gccCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTACGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCTCGGGGTGCGGCCCGACACACGt > 1:191040/1‑190 (MQ=255) gccCCTGCCGGCGGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCCTGGCCTACGAGCTGGCCTAGGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGAt < 1:412939/232‑1 (MQ=255) cccccTGCCGGCTGATGGGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGcc < 2:879192/179‑1 (MQ=255) cccTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGAt < 1:1286932/230‑1 (MQ=255) gtgCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGt < 1:1362599/219‑1 (MQ=255) tgCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGa < 1:1265414/192‑1 (MQ=255) cgggggGAGGCGGGCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGAt < 2:943658/211‑1 (MQ=255) ggggCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCg < 1:212226/156‑1 (MQ=255) ggcggcCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACg > 1:1255740/1‑162 (MQ=255) ggcCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGacac > 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cTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGt < 2:535446/184‑1 (MQ=255) tATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCg < 2:848639/185‑1 (MQ=255) tGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGc < 1:703456/206‑1 (MQ=255) gcacatggcgccctcgaagttgctctggaagctctcgacctgtgcccccagctcctcgcccagggcctgtaacgcctggtcgatgtcggccagggtcgctgtgccgtacTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGAc > 1:637384‑M1/110‑236 (MQ=255) aaaGGCCTCCCGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCAt < 2:1060001/204‑1 (MQ=255) gCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGatca > 2:1085687/1‑138 (MQ=255) gCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCa > 1:1148553/1‑236 (MQ=255) gCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGAACCGCGCCa > 1:1015650/1‑236 (MQ=255) 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tGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGACCAGGCGTTACAGGCCCt > 1:389609/1‑236 (MQ=255) tGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGAGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGACCAGGCGTTACAGGccc > 1:1488314/1‑235 (MQ=255) accGATGGGGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATGCCCTTGGAGTAGGTCGATCGTCGCCAATCTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGAcc < 1:810171/217‑1 (MQ=255) cTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACGCACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGGCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCcgcg < 1:1396159/165‑1 (MQ=255) ggtggAGCAGGCCACCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGACCAGGCGTTACAGGCCCTGGGCGAGGAGc > 1:797085/1‑225 (MQ=255) gtggAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGACCAGGCGTTACAg > 1:154295/1‑208 (MQ=255) aGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGACCAGGCGTTACAGGCCCTGGGCGAGGAGCTGGGGGCACAGGTCga > 1:1128048/1‑236 (MQ=255) cAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGa < 2:154294/189‑1 (MQ=255) cgccgAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGTGGGCCGACAGACgcgc > 2:493642/1‑48 (MQ=255) cgccgAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTTCGGTGATCACTCAGCTGACGATTCCCTTGGAg > 2:102814/1‑79 (MQ=255) gccgAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTAc > 2:694287/1‑157 (MQ=255) ccgAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGACCAGGCGTTACAGGCCCTGGGCGAGGAGCTggggg < 2:1497076/217‑1 (MQ=255) ctgtgccgtacTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCt > 2:1495788‑M1/12‑55 (MQ=255) ccTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCGGACACAGGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGAc < 2:118450/171‑1 (MQ=255) | CGAAGCGCTGGAAGGGCAATCGTTCGACATCGTCGTCAACGCCACCTCGGCGAGCCTGACCGCGGACTTGCCGCCCCTGCCGGCTGATGTGCTGGGCGAGGCGGCCTTGGCCTACGAGCTGGCCTATGGCAAAGGCCTCACGCCTTTCCTGCGCCTGGCTCGCGAGCAGGGCCAGGCGCGCCTGGCCGATGGCGTCGGCATGCTGGTGGAGCAGGCCGCCGAGGCGTTTGCCTGGTGGCGCGGGGTGCGGCCCGACACACGTGCGGTGATCAATCAGCTGACGATTCCCTTGGAGTAGGTCGATGGTCGCCAATGTACTGATGCTGCATGGCATCAACCACAACATGTTCGGCAAGCGCGACCCGCGCCAGTACGGCACAGCGACCCTGGCCGACATCGACCAGGCGTTACAGGCCCTGGGCGAGGAGCTGGGGGCACAGGTCGA > AE015451/3398041‑3398485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |