New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 682075 = | 36 (0.820) | 3 (0.070) | 3/314 | NT | 8.3% | coding (1198/1944 nt) | PP_0584 | Methyl‑accepting chemotaxis transducer |
? | AE015451 | 682089 = | 33 (0.820) | coding (1184/1944 nt) | PP_0584 | Methyl‑accepting chemotaxis transducer |
TCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATC > AE015451/681855‑682310 | tCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCt > 1:554339/1‑235 (MQ=255) gATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGAGCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGgag < 1:499914/235‑1 (MQ=255) cTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTg > 2:339241/1‑214 (MQ=255) cTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGctgctg < 1:699072/235‑1 (MQ=255) cTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGgag > 2:642194/1‑204 (MQ=255) gtgtACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGctgctg < 1:369383/205‑1 (MQ=255) gtgtACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTg < 1:272602/235‑1 (MQ=255) tACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCt < 1:165606/167‑1 (MQ=255) ctccgcATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTg < 1:71610/206‑1 (MQ=255) gcggccgcgacgaaaccgcgcaactggccaactggttcaaccagttcctcggtgccattcgcagcctgatccagcacatcggcactgctgccagcaagatcctcagcacgtccagcagctcgacccgcgtctccagtgacatggccgaGGCggccggcc > 1:307075‑M1/149‑159 (MQ=255) gccgcATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTCGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTggcgg < 1:449774/153‑1 (MQ=255) cgcATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGa > 1:486701/1‑206 (MQ=255) aTCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGgca > 2:598426/1‑217 (MQ=255) cgacgaaaccgcgcaactggccaactggttcaaccagttcctcggtgccattcgcagcctgatccagcacatcggcactgctgccagcaagatcctcagcacgtccagccgctcgacccgcgtctccagtgacatggccgaGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGAc > 2:559309‑M1/142‑194 (MQ=255) cGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTTGACGTGCTGAgg > 1:31744/1‑203 (MQ=255) cGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATc < 1:373907/236‑1 (MQ=255) tgcCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGaa < 1:598428/235‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTg > 2:581626/1‑155 (MQ=255) cgGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTgg < 1:737117/193‑1 (MQ=255) ctgctgGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCgg < 2:11743/131‑1 (MQ=255) ggCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTGCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCGGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGAcgc < 2:148708/134‑1 (MQ=255) cgccgcCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTgg > 2:298562/1‑181 (MQ=255) ccTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTg < 1:759966/164‑1 (MQ=255) ccTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGa > 2:616017/1‑201 (MQ=255) ctgatccagcacatcggcactgctgccagcaagatcctcagcacgtccagcagcccgacccgcgcctccagtgacatggcccaGGCGGCCGGCCGCCCCAGCCATGTCa < 2:711565‑M1/26‑1 (MQ=255) aCCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCAGTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAg < 1:25770/187‑1 (MQ=255) cactgctgccagcaagatcctcagcacgtccagcagctcgacccgcgtctccagtgacatggccgaggc < 1:727165‑M1/3‑1 (MQ=255) cACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGAt > 1:468357/1‑150 (MQ=255) cACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAg < 2:456821/180‑1 (MQ=255) cACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAg > 1:456823/1‑180 (MQ=255) agcaagagccccagcacgtccagcagctcgacccgcgtctccagtgacatggccgaGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATg > 1:506479‑M1/57‑163 (MQ=255) ggTGGCGACCATGTCGGGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGggtca < 1:122765/236‑1 (MQ=255) gCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGggtcagg > 1:688854/1‑234 (MQ=255) gACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTACACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGCTCGAGCAGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCgcg > 2:761719/1‑160 (MQ=255) aCCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGtt < 1:639098/187‑1 (MQ=255) aCCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGtt > 2:639096/1‑187 (MQ=255) aCCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTtcggc > 2:774741/1‑198 (MQ=255) gTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCggg < 2:122503/77‑1 (MQ=255) gTGGAAGGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTg < 2:88471/97‑1 (MQ=255) tGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCtt < 1:323994/235‑1 (MQ=255) gAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAg < 2:468355/150‑1 (MQ=255) gCGGTGTAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCCTGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTCCTGGACGTGCTGAGGAGCTTGCTGgcagca > 2:560/1‑108 (MQ=255) gcgcTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGAAGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCg < 2:258229/183‑1 (MQ=255) gccgaGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAAATGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTGGcgggtcaggtccc < 1:55852‑M1/189‑3 (MQ=255) gcTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGGGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCg > 1:116160/1‑86 (MQ=255) GGCGGCCGGCCGCCGCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATc > 1:242132‑M1/1‑236 (MQ=255) | TCACGCTCCAGCTGTTGGATCGACTGGGCCGATTGCTCGATTTCGTGGCTAAGGCGATCAACGCTGTGTACCGCCGCATCGATCTGCTGCTGCCCTTCGCGGGCCTGCTGCTGGCCGCTATCGGCCGACTGCGCCGCCTGGCTGCAGGACCGTGCCACTTCATTGGCGGTGGCGACCATTTCGTGGAATGCGGTGGAAACCATGTCCACGGCTTCGCGCTGGCGGCCGGCCGCCTCGGCCATGTCACTGGAGACGCGGGTCGAGCTGCTGGACGTGCTGAGGATCTTGCTGGCAGCAGTGCCGATGTGCTGGATCAGGCTGCGAATGGCACCGAGGAACTGGTTGAACCAGTTGGCCAGTTGCGCGGTTTCGTCGCGGCCGCGGATTTCCAGGTTGCGGGTCAGGTCACCCTCACCTTGGGCAATGTCTTCCAGGCCATTGGTGACGCTGTTGATC > AE015451/681855‑682310 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |