New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 4284707 = | 29 (0.660) | 3 (0.070) | 3/324 | NT | 9.9% | coding (112/849 nt) | hbd | 3‑hydroxybutyryl‑CoA dehydrogenase |
? | AE015451 | 4284752 = | 27 (0.650) | coding (157/849 nt) | hbd | 3‑hydroxybutyryl‑CoA dehydrogenase |
GCCACCAAGGCCATCCATGAGCTGCAGCGCATCCAGGGCCGCTACGCCCTGGCCACGATGTGTATCGGCGGTGGCCAAGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAGGCGGCTACCGAGAACCTGCAGCTCAAGCAGCGCATCCTGCAGCAGGTGGCAGCCAACGTCGCCGCCGACTGCCTGATTGC > AE015451/4284475‑4284939 | tgctggcggccagttgggtcaccgacagcgacgaagtattggtggcaatcaggcagtcggcggcgacgttggctgccacctgctgcaggatgcgctgcttgagctgcaggttctcggtagccgcctcgatcaccagctgtgcagcgctgagctgggtgtagtcggtgctggtacggatgcgggctttggcggctgcggccttgtcggcgtcgagagtgcccttgctgacctggcgc > 1:392016‑M1/233‑236 (MQ=255) ggcggccagttgggtcaccgacagcgacgaagtattggtggcaatcaggcagtcggcggcgacgttggctgccacctgctgcaggatgcgctgcttgagctgcaggttctcggtagccgcctcgatcaccagctgtgcagcgctgagctgggtgtagtcggtgctggtacggatgcgggctttggcggctgcggccttgtcggcgtcgagagtgcccttgctgacctgGCGCTCGa < 1:665242‑M1/8‑1 (MQ=255) atccatGAGCTGCAGCGCATCCAGGGCCGCTACGCCCTGGCCACGATGTGTATCGGCGGTGGCCAAGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGcgcg > 2:698720/1‑233 (MQ=255) cTGCAGCGCATCCAGGGCCGCTACGCCCTGGCCACGATGTGTATCGGCGGTGGCCAAGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGgtgt < 2:558431/228‑1 (MQ=255) gCTACGCCCTGGCCACGATGTGTATCGGCGGTGGCCAAGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAgc < 2:266538/194‑1 (MQ=255) cGCCCTGGCCACGATGTGTATCGGCGGTGGCCAAGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAgcgctg < 1:680019/235‑3 (MQ=255) cGCCCTGGCCACGATGTGTAGCGGCGGTGGCCAAGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAg < 2:113987/197‑1 (MQ=255) tcaggcagtcggcggcgacgttggcggccacctgctgcaggatgcgctgcttgagctgcaggttctcggtagccgcctcgatcaccagctgtgcagcgctgagctgggtgtagtcggtgctggtacggatgcgggctttggcggctgcggccttgtcggcgtcgagagtgcccttgctgacctgGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGa > 1:225883‑M1/185‑225 (MQ=255) gCCACGATGTGTATCGGCGGTGGCCAAGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCa < 2:526253/233‑1 (MQ=255) aCGATGTGTATCGGCGGTGGCCAAGGCGTCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAgg > 1:423061/1‑236 (MQ=255) ggTGGCCAAGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCgg > 2:55236/1‑177 (MQ=255) aGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGgtgt < 2:607080/172‑1 (MQ=255) cGCCGTCGTGTACGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTc < 1:142421/200‑1 (MQ=255) aggatgcgctgcttgagctgcaggttctcggtagccgcctcgatcaccagctgtgcagcgctgagctgggtgtagtcggtgctggtacggatgcgggctttggcggctgcggccttgtcggcgtcgagagtgcccttgctgacctgGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAg > 2:326059‑M1/147‑199 (MQ=255) gtTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGc > 2:665240/1‑220 (MQ=255) gTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAgccg < 1:147950/218‑1 (MQ=255) aTGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCa < 1:704706/236‑1 (MQ=255) aaaaGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAgc < 2:132510/144‑1 (MQ=255) aaaGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCCGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGa < 2:668604/141‑1 (MQ=255) gCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAgg > 2:712179/1‑172 (MQ=255) gCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGc > 1:51252/1‑192 (MQ=255) gCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGc < 2:51252/192‑1 (MQ=255) gATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGCCACGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCACCCGTACCAGCACCGa > 1:244457/1‑204 (MQ=255) agctgggtgtagtcggtgctggtacggatgcgggctttggcggctgcggccttgtcggcgtcgagagtgcccttgctgacctgGCGCt < 2:178081‑M1/5‑1 (MQ=255) ggCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAGGCGGCTACCGAGaa > 1:51664/1‑236 (MQ=255) aaCGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAg < 2:698492/176‑1 (MQ=255) aTTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCg > 2:469805/1‑175 (MQ=255) cggatgcgggctttggcggctgcggccttgtcggcgtcgagagtgcacttgctgacctggcg < 2:758302‑M1/3‑1 (MQ=255) tgtgCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAGGCGGCTACCGAGAACCTGCAGCTCAAGCAgcgc < 1:698722/236‑1 (MQ=255) tgCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAGGCGGCTACCGAGAACCTGCAGCTCAAGCAGCGCAt > 1:354132/1‑236 (MQ=255) gcCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGCTGTTTCCGACGCAGCGCTCGCGCGCGGTGTgg > 2:168173/1‑64 (MQ=255) gcCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAACCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGcac > 2:567377/1‑184 (MQ=255) cATTGCCGGCTTCCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCGCGAGCGCGGTGTCGCCACCTTGAGCAAGAACCTc > 2:499928/1‑82 (MQ=255) cGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAggcggc > 1:244317/1‑195 (MQ=255) gtggATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAGGCGGCTACCGAGAACCTGCAGCTCAAGCAGCGCATCCTGCAGCAGGTGGCAGCCAACGTcgccgc > 1:514671/1‑236 (MQ=255) ccttgctgacctgGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCCAGAACCTCGAGCGcc < 2:226886‑M1/46‑1 (MQ=255) ccGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAGGCGGCTACCGAGAACCTGCAGCTCAAGCAGCGCATCCTGCAGCAGGTGGCAGCCAACGTCGCCGCCGACTGCCTg < 1:468601/236‑1 (MQ=255) aCGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAGGCGGCTACCGAGAACCTGCAGCTCAAGCAGCGCATCCTGCAGCAGGTGGCAGCCAACGTCGCCGCCGACTGCCTGAt < 1:507903/235‑1 (MQ=255) gCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAGGCGGCTACCGAGAACCTGCAGCTCAAGCAGCGCATCCTGCAGCAGGTGGCAGCCAACGTCGCCGCCGACTGCCTGATTGc < 1:173524/236‑1 (MQ=255) | GCCACCAAGGCCATCCATGAGCTGCAGCGCATCCAGGGCCGCTACGCCCTGGCCACGATGTGTATCGGCGGTGGCCAAGGCATCGCCGTCGTGTTCGAGCGCGTCTGAGGGAGGCTGACACATGAGCATTGAAAAGATCGCCGTGATCGGCGCGGGCACCATGGGCAACGGCATTGCCCAGGTGTGCGCCATTGCCGGCTACCAGGTGCTGCTGGTGGATGTTTCCGACGCAGCGCTCGAGCGCGGTGTGGCCACCTTGAGCAAGAACCTCGAGCGCCAGGTCAGCAAGGGCACTCTCGACGCCGACAAGGCCGCAGCCGCCAAAGCCCGCATCCGTACCAGCACCGACTACACCCAGCTCAGCGCTGCACAGCTGGTGATCGAGGCGGCTACCGAGAACCTGCAGCTCAAGCAGCGCATCCTGCAGCAGGTGGCAGCCAACGTCGCCGCCGACTGCCTGATTGC > AE015451/4284475‑4284939 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |