New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 4647493 | 29 (0.660) | 3 (0.070) | 3/324 | NT | 8.4% | coding (2058/2112 nt) | fusB | Elongation factor G 2 |
? | AE015451 | = 4647758 | 38 (0.920) | coding (1381/1461 nt) | PP_4112 | Sulphate transporter |
GGTGATGAAGGTAGAGGTGGTGACGCCGGAGGAATATCAGGGCGACATCCTCGGCGACTTGAGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGGCCGCAGGCCCAAACATTGTGCGCCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGACCGCAACAGTTTTCAATGCTGCTCGCCCGCCCGCTTCAACAGCTTCTTGCACCGCTC > AE015451/4647274‑4647722 | ggTGATGAAGGTAGAGGTGGTGACGCCGGAGGAATATCAGGGCGACATCCTCGGCGACTTGAGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGc > 1:259937/1‑231 (MQ=255) ggaggaATATCAGGGCGACATCCTCGGCGACTTGAGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGcc > 2:721172/1‑199 (MQ=255) ggaggaATATCAGGGCGACATCCTCGGCGACTTGAGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGcc < 1:721174/199‑1 (MQ=255) gaggaATATCAGGGCGACATCCTCGGCGACTTGAGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGcc < 1:318273/235‑1 (MQ=255) gACATCCTCGGCGACTTGAGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCg > 2:343285/1‑234 (MQ=255) tCCTCGGCGACTTGAGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTtctc > 1:746977/1‑236 (MQ=255) gCGACTTGAGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGt > 2:575869/1‑226 (MQ=255) aGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGc > 1:561032/1‑232 (MQ=255) tCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGt < 1:633673/236‑1 (MQ=255) cgGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTaa < 1:311668/235‑1 (MQ=255) tCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCaaggcgggcaagcatttgcgcgtggtgcatttgtcggagcggtgcaagaagctgttgaagcgggcgggcga < 2:310282‑M1/211‑72 (MQ=255) atgaAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGGcc < 1:143702/236‑1 (MQ=255) tgaAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGt > 2:158153/1‑186 (MQ=255) tgaAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTcg > 1:706756/1‑207 (MQ=255) tgaAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCggg > 1:550246/1‑211 (MQ=255) tGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:441049/1‑211 (MQ=255) gTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt < 2:500378/198‑1 (MQ=255) gAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGGTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCtt > 2:523228/1‑174 (MQ=255) cGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGGcc < 2:576779/197‑1 (MQ=255) ttGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAg > 1:503938/1‑90 (MQ=255) ttGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAg < 2:503936/90‑1 (MQ=255) ttGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCCCTTCGCgg > 2:245854/1‑170 (MQ=255) ggTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTca > 1:35616/1‑163 (MQ=255) tccGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGt < 2:715649/125‑1 (MQ=255) gCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGGcc < 1:158155/174‑1 (MQ=255) cACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCaaggcgggcaagcatttgcgcgtggtgcatttgtcg > 1:450058‑M1/1‑64 (MQ=255) cACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCaaggcgggcaagcatttgcgcgtggtgcatttgtcg < 2:450056‑M1/100‑37 (MQ=255) cACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTaa < 2:175064/151‑1 (MQ=255) cACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTaa > 1:175066/1‑151 (MQ=255) agcTCGATGCGCGCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCGTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAg < 2:170952/116‑1 (MQ=255) cGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGGCCGCAGGCCCAAACATtgt < 2:548814/184‑1 (MQ=255) cacGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCGCGATGGAGTTCACCCGCTATGGCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAg < 1:144221/105‑1 (MQ=255) ccAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACAGGCTGGCCGCAGGCCCAAACATTGCGCGCCCCCCTGtc > 2:172497/1‑169 (MQ=255) cAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATACCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCgga > 2:61707/1‑89 (MQ=255) tGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGGCCGCAGGCCCAAACATTGTGCGCCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGACCGCAACAGTTTTCAATGCTGCTCGCCCGCCCGCTTCAACAGCTTCTTGCCCCGCTc > 1:419050/1‑233 (MQ=255) | GGTGATGAAGGTAGAGGTGGTGACGCCGGAGGAATATCAGGGCGACATCCTCGGCGACTTGAGCCGACGTCGCGGCATGATCCAGGACGGTGATGAAACACCGGCTGGCAAGGTGATACGTGCCGAAGTGCCGTTGGGTGAAATGTTCGGCTACGCCACCTCGATGCGCTCGATGACCCAGGGCCGGGCCAGCTTCTCGATGGAGTTCACCCGCTATGCCGAGGCCCCGGCGAGCATTGCCGATGGCATCGTCAAGAAGAGCCGCGGGGAGTAAGCGGTTCTCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGGCCGCAGGCCCAAACATTGTGCGCCCCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGACCGCAACAGTTTTCAATGCTGCTCGCCCGCCCGCTTCAACAGCTTCTTGCACCGCTC > AE015451/4647274‑4647722 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |