New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 5200909 = | 32 (0.730) | 3 (0.070) | 3/332 | NT | 8.9% | coding (94/774 nt) | yafJ | putative amidotransferase |
? | AE015451 | 5200932 = | 30 (0.710) | coding (71/774 nt) | yafJ | putative amidotransferase |
GCGCGAAGCACCAGTTGCGGCCCCACATTTCCCGCACGAACGGGTGGGTGTTGGACAGGCACACCCTGCCGACGTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTCGACCCGGCCTGCGCCACGCGCAGCGGCTGGCGGCAAGTCGTCACGGTAACGGTCGCTGCGCTCGGCAGCCAGCGGCGCCTGGGTGCCGAGCTGGTCATCCTC > AE015451/5200684‑5201133 | gcgcGAAGCACCAGTTGCGGCCCCACATTTCCCGCACGAACGGGTGGGTGTTGGACAGGCACACCCTGCCGACGTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑Gcc > 2:505764/1‑232 (MQ=255) cGAACGGGTGGGTGTTGGACAGGCACACCCTGCCGACGTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCgg < 1:296291/225‑1 (MQ=255) cGGGTGGGTGTTGGACAGGCACACCCTGCCGACGTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAAc < 1:615433/234‑1 (MQ=255) gCACACCCTGCCGACGTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTgg < 1:346067/236‑1 (MQ=255) cGACGTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGcc < 1:790896/235‑1 (MQ=255) gACGTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGcc > 2:790894/1‑234 (MQ=255) aCGTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCggg > 2:590130/1‑163 (MQ=255) gTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCcagca < 1:369299/236‑1 (MQ=255) cccGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCAt < 2:355142/161‑1 (MQ=255) aTCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCa < 2:435492/201‑1 (MQ=255) aTCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCa > 1:435494/1‑201 (MQ=255) accacTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGcccgcccc > 1:458679/1‑148 (MQ=255) cacttcacttTGGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTGGGCCCCTTCCGACGCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTcaca < 1:237716/216‑1 (MQ=255) ttcacttTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTa > 2:747472/1‑233 (MQ=255) cacttTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGGCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGGTGGCACTCATg > 2:362475/1‑197 (MQ=255) tttGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTg > 1:264971/1‑184 (MQ=255) tttGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCCCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGt > 2:18637/1‑153 (MQ=255) tGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACt > 2:472205/1‑187 (MQ=255) aTCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTc > 1:291459/1‑235 (MQ=255) gggTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGaaaa < 2:667167/157‑1 (MQ=255) gggTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATCGGCGTGTCCCCGtt > 2:366470/1‑218 (MQ=255) gggTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCACGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGaac > 2:210464/1‑149 (MQ=255) gTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTc < 1:8020/215‑1 (MQ=255) aCTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCCCGACCCGGCCt > 2:506872/1‑218 (MQ=255) cGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGTCGCAGGCCGCGGCCTTCGTACATGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCg > 2:60081/1‑83 (MQ=255) cTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTCGACCCGGCCTGCGCCACGCGCAGCGGCTGGCGGCa < 1:505766/235‑1 (MQ=255) ctCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTGGGCa > 2:216506/1‑141 (MQ=255) gTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGaa > 1:187279/1‑99 (MQ=255) gcatgagtgccaacgtccctaccgacatcgttttcagcttcaccggcctgatgcaGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGACGGTGAAGCTCAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTCGACCCGGCCTGCGCCACGCGCAGCGGCTGGCGGCACGTCGTCACGGt < 1:435691‑M1/170‑1 (MQ=255) caaCAGCCTCAGGCCGCGCCCTTCCTACAAGCCTTTCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGCTTCGCCCGCCCCGCTGCCTCACGCCGGTg < 2:447771/90‑1 (MQ=255) ccaacgtccctaccgacatcgttttcagcttcaccggcctgatgcaGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACGTAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACgggg < 1:572882‑M1/120‑1 (MQ=255) aGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTCGACCCGGCCTGCGCCACGCGCAGCGGCTGGCGGCAAGTCGTCACGGTAACGGTCGCTGCGCTCGGcagc > 1:3073/1‑235 (MQ=255) cgcgGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTG‑AAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTCGACCCGGCCt > 2:468842/1‑171 (MQ=255) accgacatcgttttcagcttcaccggcctgatgcaGCGGTGCGGGCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTCGACCCGGCCTgc < 2:777425‑M1/140‑1 (MQ=255) ccTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGcc > 2:297528/1‑113 (MQ=255) cTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTCGACCCGGCCTGCGCCACGCGCAGCGGCTGGCGGCAAGTCGTCACGGTAACGGTCGCTGCGCTCGGCAGCCAGCGGCGCCTGGGTGCCGAGCt > 1:355006/1‑236 (MQ=255) atgcagcGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTCGACCCGGCCTGCGCCACGCGCAGCGGCTGGCGGCAAGTCGTCACGGTAACGGTCGCTGCGCTCGGCAGCCAGCGGCGCCTGGGTGCCGAGCTGGTCATCCTc < 1:777427/229‑1 (MQ=255) | GCGCGAAGCACCAGTTGCGGCCCCACATTTCCCGCACGAACGGGTGGGTGTTGGACAGGCACACCCTGCCGACGTTGGCCTGACGGATATGACCGATCACCACTTCACTTTTGATCGGGTAGCGCTGCACGAGGTTGGCCACTTCCGACTCGCTGCTCGCGGCCGGGTCCTGGAACAGGCGCAGGCCGCGGCCTTCGTAAAAGCCTATCCCCCAGCCGTCACGGTGCGG‑‑‑‑‑GCCGGTTCGCCCGCCCCGCTGCATCAGGCCGGTGAAGCTGAAAACGATGTCGGTAGGGACGTTGGCACTCATGCCCAGCAGTTCACACATAGGCGTGTCTCCGTTTACAGACGGGGCTCGACCCGGCCTGCGCCACGCGCAGCGGCTGGCGGCAAGTCGTCACGGTAACGGTCGCTGCGCTCGGCAGCCAGCGGCGCCTGGGTGCCGAGCTGGTCATCCTC > AE015451/5200684‑5201133 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |