New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 3774239 = | 30 (0.690) | 4 (0.100) | 4/326 | NT | 12.2% | coding (942/1008 nt) | PP_5743 | putative TonB‑dependent receptor protein |
? | AE015451 | 3774256 = | 29 (0.700) | coding (959/1008 nt) | PP_5743 | putative TonB‑dependent receptor protein |
GCGGGCAGGTCCAGCAACTGTTGCTGCACTTCGCTCTCGGCCTTTTCTACCAGCTCAAGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCCGCGCCTTTGCCATCGAGCGGGCTCCAGGAGAACTCCCAGGACGGTGGTGGCAAGCCCTCCCCCTCCTGGGGCGTGAACG > AE015451/3774022‑3774486 | gcgGGCAGGTCCAGCAACTGTTGCTGCACTTCGCTCTCGGCCTTTTCTACCAGCTCAAGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAAc > 1:563011/1‑236 (MQ=255) ggCAGGTCCAGCAACTGTTGCTGCACTTCGCTCTCGGCCTTTTCTACCAGCTCAAGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCa > 1:343640/1‑235 (MQ=255) agggcttgccaccaccgtcctgggagttctcctggagcccgctcgatggcaaaggcgcgggtagcttcaggcgctggctgccggtgcccggctaaaccatgatcagttgacggtggccggccgccgtccttgcaccctttgcccaagctccaacatgaggttaccgacgatggatgtacttcaagccatgcgcgcgttcaactgcgtggttcaggctggcagcctgaACCACGCAg < 1:597429‑M2/9‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGCACTGCGCTCTCGGCCTTTTCTACCAGCTGAAGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAAcgcgc < 1:553665/236‑1 (MQ=255) cACTTCGCTCTCGGCCTTTTCTACCAGCTCAAGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAAcgcgc < 2:343638/227‑1 (MQ=255) ccAGCTCAAGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTaa < 1:65103/235‑1 (MQ=255) aaGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGc > 1:605808/1‑204 (MQ=255) aGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAcatc < 1:605298/215‑1 (MQ=255) aGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGtt > 1:675619/1‑236 (MQ=255) tgtagcttcaggcgctggctgccggtgcccggctaaaccatgatcagttgacggtggccggccgccgtccttgcaccctttgcccaagctccaacatgaggttaccgacgatggatgtacttcaagccatgcgcgcgttcaactgcgtggttcaggctggcagcctgaACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTaa < 1:196660‑M2/50‑1 (MQ=255) cGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGa < 1:363216/230‑1 (MQ=255) cGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTgg > 1:484816/1‑236 (MQ=255) ggCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTggg < 1:514961/236‑1 (MQ=255) gCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGGGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGc < 1:509664/236‑1 (MQ=255) gCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGc < 1:632918/236‑1 (MQ=255) gggcACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCaaa < 2:675617/234‑1 (MQ=255) cAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAAc < 1:561778/208‑1 (MQ=255) aaCGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGc < 1:126823/222‑1 (MQ=255) ccGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGAcggcg > 1:15883/1‑233 (MQ=255) aGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCa > 2:414434/1‑154 (MQ=255) gTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCAt > 2:701592/1‑234 (MQ=255) ggTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTa > 1:802614/1‑159 (MQ=255) ggTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGAATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTa < 2:802612/159‑1 (MQ=255) ggTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCG‑‑‑CCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCg > 1:557166/1‑236 (MQ=255) ttGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGAAAGGACGGCGGCCGGCCa > 2:623938/1‑205 (MQ=255) ggCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGca > 2:686827/1‑233 (MQ=255) gcaccctttgcccaagctccaacatgaggttaccggcgatggatgtacttcaagccatgcgcgcgttcaactgcgtggttcaggctggcagcctgaACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTAcat < 1:110126‑M2/37‑1 (MQ=255) cccaagctccaacatgaggttaccgacgatggatgtacttcaagccatgcgcgcgctcaactgcgtggaTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAAcg < 2:542261‑M1/33‑1 (MQ=255) cTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCcg > 1:643051/1‑235 (MQ=255) ggtCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGcag < 1:12097/207‑1 (MQ=255) gCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCCGCGCCTTTGCCATCGa < 1:264019/236‑1 (MQ=255) ttaccgacgatggatgtacttcaagccatgcgcgcgttcaactgcgtggtTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTaca < 1:196660‑M1/168‑2 (MQ=255) ccGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCCGCGCCTTTGCCATCGAGCGGGCTCCAg < 2:484814/235‑1 (MQ=255) atgtacttcaagccatgcgcgcgttcaactgcgtggtTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGCCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGc < 1:110126‑M1/96‑1 (MQ=255) tATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACGGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCCGCGCCTTTGCCATCGAGCGGGCTCCAGGAGAAc < 2:563009/218‑1 (MQ=255) cgttcaactgcgtggttcaggctggcagcctgaTCCACGCAGTTGAGCGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTggg < 2:542261‑M2/69‑1 (MQ=255) ctgcgtggtTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCCGCGCCTTTGCCATCGAGCGGGCTCCAGGAGAACTCCCAGGACGGTGGTGGCAAGccct < 1:597429‑M1/227‑1 (MQ=255) ccGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTg < 2:59815/133‑1 (MQ=255) ccGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGGTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCCGCGCCt > 1:152650/1‑178 (MQ=255) GCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCCGCGCCTTTGCCATCGAGCGGGCTCCAGGAGAACTCCCAGGACGGTGGTGGCAAGccc > 1:382205‑M1/1‑222 (MQ=255) cctgaACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCCGCGCCTTTGCCATCGAGCGGGCTCCAGGAGAACTCCCAGGACGGTGGTGGCAAGCCCTCCCCCTCCTGGGGCGTGAACg < 2:557164‑M2/231‑1 (MQ=255) | GCGGGCAGGTCCAGCAACTGTTGCTGCACTTCGCTCTCGGCCTTTTCTACCAGCTCAAGAATGAGCCGGCAGCGCACCAGATAACGCTTGCCGGCTTCGGTCAGCGCGATGCGTCGGGTGGTGCGGTTGAGCAGGCGAATGTGCAGGTGAGCCTCCAGGTTCGACAGCATCCGGGAAACGCTGGCCGTGGTGGTGTCCAGGTATTCGGCCGCACCCGTCAGGCTGCCAGCCTGAACCACGCAGTTGAACGCGCGCATGGCTTGAAGTACATCCATCGTCGGTAACCTCATGTTGGAGCTTGGGCAAAGGGTGCAAGGACGGCGGCCGGCCACCGTCAACTGATCATGGTTTAGCCGGGCACCGGCAGCCAGCGCCTGAAGCTACCCGCGCCTTTGCCATCGAGCGGGCTCCAGGAGAACTCCCAGGACGGTGGTGGCAAGCCCTCCCCCTCCTGGGGCGTGAACG > AE015451/3774022‑3774486 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |