New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 5435853 | 47 (1.080) | 5 (0.120) | 4/324 | NT | 11.3% | coding (32/873 nt) | fieF | divalent cation efflux transporter |
? | AE015451 | = 5435909 | 34 (0.820) | coding (88/873 nt) | fieF | divalent cation efflux transporter |
GCGAACTGGGCCAGCGCCTGCCGCTGAACGACCCACGGCTGATCCAGCACCGCGGCAGCATCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGA > AE015451/5435699‑5436138 | gCGAACTGGGCCAGCGCCTGCCGCTGAACGACCCACGGCTGATCCAGCACCGCGGCAGCATCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCgg > 1:371700/1‑236 (MQ=255) cTGAACGACCCACGGCTGATCCAGCACCGCGGCAGCATCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAaggcgctggtgttcagccggggtagt > 1:321806‑M2/1‑188 (MQ=255) tGAACGACCCACGGCTGATCCAGCACCGCGGCAGCATCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCt < 1:579427/236‑1 (MQ=255) tGAACGACCCACGGCTGATCCAGCACCGCGGCAGCATCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCt < 1:466710/236‑1 (MQ=255) cAGCACCGCGGCAGCATCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGAc > 1:483699/1‑235 (MQ=255) cAGCACCGCGGCAGCATCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACg > 1:635809/1‑236 (MQ=255) gcagcaTCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCt > 1:416995/1‑235 (MQ=255) cagcaTCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTg > 2:773129/1‑221 (MQ=255) cagcaTCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGGCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCt > 2:610483/1‑205 (MQ=255) aTCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTc < 1:682099/235‑1 (MQ=255) gggcctggTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTc > 1:36978/1‑211 (MQ=255) tggTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGc > 1:740670/1‑236 (MQ=255) ccGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTgc < 1:394694/236‑1 (MQ=255) aGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCCTCCCGGTGCTTGGCAaggcgcgc < 2:152334‑M2/125‑9 (MQ=255) gAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCa > 2:394692/1‑215 (MQ=255) aGCCACAAGGACCCTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAaggcgctggtgttcagccggggtagt > 2:111171‑M2/1‑111 (MQ=255) cacaAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGAc < 2:540497/160‑1 (MQ=255) ccgGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAaggcgctggtgttcagccggggtagtgatcatccgtg > 2:632056‑M2/2‑92 (MQ=255) aCGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGTCTGGTTGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTTGCCTCGtt > 2:413246/1‑174 (MQ=255) aCTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTg > 2:792848/1‑156 (MQ=255) gaCCCCGGCTGACCACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCTGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCg < 1:174421/215‑1 (MQ=255) cGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAgg > 2:647339/1‑234 (MQ=255) gAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCgg > 1:603080/1‑190 (MQ=255) gAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCCGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTggcc > 1:263632/1‑136 (MQ=255) cacCAGCGCCTGCTCCCCCTTGCCTCGCGCGCATCACGGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGGGGCCGAGCGGGTCGGTGa > 2:596064/1‑100 (MQ=255) ccTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGgcgc < 1:647341/227‑1 (MQ=255) cACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCACCCTGGTGCTGAGCAaggcgctggtgttcagccggggtagtgatcacccgtggtcagtgtccttgtggctcaggctgccgggaccaggcccaggctggccagttgttcgatgctgccgcggtgctg > 1:713879‑M2/1‑44 (MQ=255) gcgcgcgcATGACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGTTGCTGTGCAaggcgctggtgttcagccggggtagtgatcatccgtggtcagtgtccttgtggctcaggctgccgggaccaggcccaggct > 2:46521‑M2/2‑43 (MQ=255) gcgcATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCgg < 2:139988/159‑1 (MQ=255) gcATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCcgacga > 2:739942/1‑164 (MQ=255) gcATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCCGgcg > 1:511247/1‑219 (MQ=255) tCACGGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAGGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCgg < 1:152336/227‑1 (MQ=255) gctcTGGCGGTGGCCGGCTTCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCcg < 2:237484/154‑1 (MQ=255) aCTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCg < 1:680064/235‑1 (MQ=255) gCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGgcgc < 1:739944/211‑1 (MQ=255) cGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCggg > 1:541271/1‑235 (MQ=255) ggCATCCTGGTGCTGAGCACGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCgg < 1:316807/212‑1 (MQ=255) ggCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGgcgc > 2:548830/1‑196 (MQ=255) aTCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCtt < 2:483697/179‑1 (MQ=255) tGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGa < 1:68531/235‑1 (MQ=255) ggCAAGGCGCTGGCCTGGGGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACGGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAg < 2:11310/161‑1 (MQ=255) aGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGt < 1:559725/204‑1 (MQ=255) gCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGgcgc < 2:752278/180‑1 (MQ=255) | GCGAACTGGGCCAGCGCCTGCCGCTGAACGACCCACGGCTGATCCAGCACCGCGGCAGCATCGAACAACTGGCCAGCCTGGGCCTGGTCCCGGCAGCCTGAGCCACAAGGACACTGACCACGGATGATCACTACCCCGGCTGAACACCAGCGCCTGCTCCGCCTTGCCACGCGCGCATCACTGGCGGTGGCCGGCATCCTGGTGCTGAGCAAGGCGCTGGCCTGGTGGCTGAGCGGGTCGGTGAGCCTGCTGGCCGGGCTGACCGACTCGGCACTGGACGCCGTGGCCTCGTTCCTCAACCTGCTGGCGGTGCACTACGCCCTGCGCCCGGCCGACGACGATCACCGGTTCGGCCATGGCAAGGCCGAGGCCTTGGCCGGTATGGCGCAGGCGCTGTTCATCGGTGGCAGTGCGGTGCTGATCGGGGTGCAGGCGGTCGA > AE015451/5435699‑5436138 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |