New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 1797362 = | 34 (1.320) | 4 (0.160) | 4/306 | NT | 10.7% | coding (63/777 nt) | lpxA | Acyl‑[acyl‑carrier‑protein]‑‑UDP‑N‑ acetylglucosamine O‑acyltransferase |
? | AE015451 | 1797450 = | 34 (1.370) | coding (151/777 nt) | lpxA | Acyl‑[acyl‑carrier‑protein]‑‑UDP‑N‑ acetylglucosamine O‑acyltransferase |
CGGTTCCGACAAACTGCGTTTCCGTCAGCCGGTTCTGCCGGGTGACCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAGGGTGAGCCGACGCGCCTGGTGATCGGCGATCACAATGTGATTCGCGAAGGGG > AE015451/1797132‑1797573 | cGGTTCCGACAAACTGCGTTTCCGTCAGCCGGTTCTGCCGGGTGACCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCgg > 1:396271/1‑236 (MQ=255) gTTCCGACAAACTGCGTTTCCGTCAGCCGGTTCTGCCGGGTGACCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTc > 2:204967/1‑232 (MQ=255) gTTCCGACAAACTGCGTTTCCGTCAGCCGGTTCTGCCGGGTGACCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGcc > 1:382085/1‑236 (MQ=255) ggCCGGTTCGGCCGGGGGACCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCCCCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTgg < 1:92024/216‑1 (MQ=255) tCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCAtg > 1:93325/1‑227 (MQ=255) gCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTg < 2:462081/179‑1 (MQ=255) cGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCCAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTc < 2:360524/158‑1 (MQ=255) aaaGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGGCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCAtgt > 1:87938/1‑219 (MQ=255) tCTGGAAGTGCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAACTCACCTGCGCGGAACCCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAg < 1:44387/221‑1 (MQ=255) cTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTc > 2:314076/1‑228 (MQ=255) tGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGc < 1:204971/236‑1 (MQ=255) ttCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATc < 1:225763/227‑1 (MQ=255) gCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTg < 2:441585/149‑1 (MQ=255) gCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAAcc > 2:182576/1‑233 (MQ=255) gcgcCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCgggg < 2:382081/167‑1 (MQ=255) acattgtgatcgccgatcaccaggcgcgtcggctcacccttgtacttaaggtccggggtgtcttcaccgatcgaggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcgGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATc > 1:344347‑M1/111‑168 (MQ=255) acattgtgatcgccgatcaccaggcgcgtcggctcacccttgtacttaaggtccggggtgtcttcaccgatcgaggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcgGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATc < 2:344343‑M1/58‑1 (MQ=255) tgtggtcgctggtcaccaggcgcgtcggctcacccttgtacttaaggtccggggtgtctgcgccgatcgaggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcgGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTAt > 2:66875‑M1/107‑163 (MQ=255) aaGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGAt > 1:167878/1‑235 (MQ=255) ggTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCGTGATCTAGACATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCAtggtgag > 2:231026/1‑172 (MQ=255) aaaTCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGAc < 1:446543/235‑1 (MQ=255) cTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAGGGTGAGCCGAc > 1:315331/1‑235 (MQ=255) cTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGCCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATc > 2:113524/1‑83 (MQ=255) gAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCt < 2:167874/185‑1 (MQ=255) cttCGATTGACCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAgg < 2:139082/218‑1 (MQ=255) gtCGATTGACCCGCGGGCCATTATCTATCCGTCGGCCAGGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGa < 2:105836/86‑1 (MQ=255) gggtgtcttcaccgatcgaggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcggg > 1:475137‑M1/56‑57 (MQ=255) gggtgtcttcaccgatcgaggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcggg < 2:475133‑M1/2‑1 (MQ=255) gATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAGGGTGAGCCGACGCGCCTGGTGa > 1:407198/1‑236 (MQ=255) gATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGAcc > 1:308867/1‑199 (MQ=255) aTCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGca < 2:247928/151‑1 (MQ=255) cgaggaaaactgaaagatacggttgtgcttgccgatgcgGGTCGGGCCTTGGTCGATCGTTGGCGCTGATGTAGAAATCg < 1:294602‑M1/41‑1 (MQ=255) aTTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGGAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGcg > 2:92896/1‑139 (MQ=255) aTCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAGGGTGAGCCGACGCGCCTGGTGATCGGCGATcac > 1:514997/1‑228 (MQ=255) tCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAGGGTGAGCCGACGCGCCTg > 2:378678/1‑212 (MQ=255) ctCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGAc < 1:386512/178‑1 (MQ=255) tCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAGGGTGAGCCGACGCGCCTGGTGATCGGCGATCACAATGTGATTCGCGAAgg > 1:324012/1‑236 (MQ=255) gCCAAGCTGGGCGACGGCGTCGAGGCCGGCCCTTGGTCGACCGTTGGCCCTGATGCAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGTCCCCCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGAATCGGCAAGCACAACCGTACCTTTCAGtc > 2:121966/1‑142 (MQ=255) gCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGa > 1:497753/1‑53 (MQ=255) gCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGa < 2:497749/53‑1 (MQ=255) gCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAGGGTGAGCCGACGCGCCTGGTGATCGGCGATCACAATGTGATTCGCGAAgggg < 1:182580/235‑1 (MQ=255) gCGTCGAGGTCGGCCGTTGGTCGATCGTTGGCCCTGGTGTAGAAAGCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAGGGTGAGCCGACGCGCCTGGTGATCGGCGATCACAATGTGATTCGCGAAg < 2:442312/216‑1 (MQ=255) | CGGTTCCGACAAACTGCGTTTCCGTCAGCCGGTTCTGCCGGGTGACCAGCTTGTGCTGGAAGCCAAGTTCCTCAGCCGTAAAAGCATGATCTGGAAGTTCGAGTGCCGCGCCCTTGTCGATGGCAAGCCGGTCTGCTCGGCAGAAATCACCTGCGCGGAACGCTCCCTATGAATTCGATTGATCCTCGGGCCATTATCGATCCGTCGGCCAAGCTGGCCGACGGCGTCGAGGTCGGCCCTTGGTCGATCGTTGGCCCTGATGTAGAAATCGGGGAGGGCACCGTTATCGGCCCGCATGTTGTGCTCAAAGGCCCGACCCGCATCGGCAAGCACAACCGTATCTTTCAGTTTTCCTCGATCGGTGAAGACACCCCGGACCTTAAGTACAAGGGTGAGCCGACGCGCCTGGTGATCGGCGATCACAATGTGATTCGCGAAGGGG > AE015451/1797132‑1797573 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |