New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 1811415 = | 18 (0.700) | 3 (0.140) | 3/272 | NT | 18.0% | intergenic (+22/+106) | ispD/PP_1615 | 2‑C‑methyl‑D‑erythritol 4‑phosphate cytidylyltransferase/Transcriptional regulator, LysR family |
? | AE015451 | 1811495 = | 12 (0.540) | intergenic (+102/+26) | ispD/PP_1615 | 2‑C‑methyl‑D‑erythritol 4‑phosphate cytidylyltransferase/Transcriptional regulator, LysR family |
ATGTTCCGCCTTGGAGCGTTGCATCGGGCGCTGGCTGAGTGCCTGGTGTCGGATGTGGTGGTGACCGACGAAGCCTCGGCCATCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATTCGGCGGTT > AE015451/1811199‑1811645 | aTGTTCCGCCTTGGAGCGTTGCATCGGGCGCTGGCTGAGTGCCTGGTGTCGGATGTGGTGGTGACCGACGAAGCCTCGGCCATCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTc > 2:274544/1‑235 (MQ=255) gAGCGTTGCATCGGGCGCTGGCTGAGTGCCTGGTGTCGGATGTGGTGGTGACCGACGAAGCCTCGGCCATCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGc < 1:193227/236‑1 (MQ=255) gcGGATGTGGTGGTGACCGACGAAGCGGCGGCCATCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAAc < 2:22305/180‑1 (MQ=255) tggtggtgACCGACGAAGCACCGGCCATCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACcgt < 1:77197/217‑1 (MQ=255) gtggtgACCGACGAAGCCTCGGCCATCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTac > 2:260358/1‑169 (MQ=255) cgaAGCCTCGGCCATCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAAcc < 2:178759/162‑1 (MQ=255) cATCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTcg > 1:349910/1‑140 (MQ=255) tCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTcgc < 2:207391/139‑1 (MQ=255) gTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGAtt < 1:362145/158‑1 (MQ=255) tCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACGCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCCGCCGaa > 1:236436/1‑236 (MQ=255) gAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaa > 1:365592/1‑127 (MQ=255) aGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACcgtcgt > 1:3428/1‑152 (MQ=255) gTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc > 1:458123/1‑177 (MQ=255) gTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGaca > 2:211102/1‑126 (MQ=255) gTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGaca < 1:211106/126‑1 (MQ=255) cGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACcagca > 2:483275/1‑168 (MQ=255) ccGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCCGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTa < 2:289511/128‑1 (MQ=255) aggggttggcggggttgccggagtatcgtttcggctgacgggatgtgctgctggtactggcctcTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTa < 2:449610‑M1/60‑1 (MQ=255) aggggttggcggggttgccggagtatcgtttcggctgacgggatgtgctgctggtactggcctcTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTa > 1:449614‑M1/65‑124 (MQ=255) ttggcggggttgccggagtatcgtttcggctgacgggatgtgctgctggtactggcctcTTCGCGGGTaa < 2:119575‑M1/11‑1 (MQ=255) ttggcggggttgccggagtatcgtttcggctgacgggatgtgctgctggtactggcctcTTCGCGGGTaa > 1:119579‑M1/60‑70 (MQ=255) cggggttgccggagtatcgtttcggctgacgggatgtgctgctggtactggcctcTTCGCgg < 2:49567‑M1/7‑1 (MQ=255) tGGTTGCGCCAGCGCCGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCGTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTCGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGACACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATccac < 1:162627/214‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGa > 2:164232/1‑128 (MQ=255) tactggcctcTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGATGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:54844‑M1/75‑1 (MQ=255) ggCTGGCCTTTTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCaa < 1:94640/149‑1 (MQ=255) gcctcTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACa > 2:84735‑M1/6‑29 (MQ=255) gCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATTCGGCGGtt < 1:274548/236‑1 (MQ=255) ctcTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 2:52057‑M1/4‑26 (MQ=255) ttttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCtt > 2:316143/1‑150 (MQ=255) ttttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAAACCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTAcc > 1:91327/1‑175 (MQ=255) | ATGTTCCGCCTTGGAGCGTTGCATCGGGCGCTGGCTGAGTGCCTGGTGTCGGATGTGGTGGTGACCGACGAAGCCTCGGCCATCGAATGGTCCGGTCAGGCGCCGCGGCTGGTGGAAGGGCGCAGTGACAACATAAAGGTGACCCGGCCCGAAGATCTCGAATGGTTGCGCCAGCGCTGGGCGGGTAAACGCTGAGCGTTCTCCTGGGCTGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAATGGATTGCATCGGTGGTTGGACACAGACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCCCATACCGCCGTATTCGGCGGTT > AE015451/1811199‑1811645 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |