New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 769920 = | 13 (0.500) | 3 (0.120) | 3/308 | NT | 18.4% | coding (513/885 nt) | PP_0661 | putative Transcriptional regulator AmpR |
? | AE015451 | 769949 = | 14 (0.560) | coding (542/885 nt) | PP_0661 | putative Transcriptional regulator AmpR |
TTCTGGCTGGCCCCGCGGCTGGCCGACTTTCGGCGTTCGCACCCGCAGGTGGACATTCGCTACATCAGCAACCTGTGGGTCAAGGAGCTGGATGCCGAAGATGATCTGGAAATTCGCTGGGGTAGCGGGCAGTGGGCCGGGGTAGAGGCGCAGCGCCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCTTCCAGTGGCCTGCAGTTCGACACGCTGGTGTCGACCCTGCGCATGGCGGAGCTGGGGCTCGGGGTGGCGCTGGCACG > AE015451/769729‑770126 | tgctggctggCCCCGCGGCTGGCCGACTTTCGGCGTTCGCACCCGCAGGTGGACATTCGCTACATCAGCAACCTGTGGGTCAAGGAGCTGGATGCCGAAGATGATCTGGAAATTCGCTGGGGTAGCGGGCAGTGGGCCGGGGTAGAGGCGCAGCGCCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCt < 1:263386/231‑1 (MQ=255) ccGCGGCTGGCCGACTTTCGGCGTTCGCACCCGCAGGTGGACATTCGCTACATCAGCAACCTGTGGGTCAAGGAGCTGGATGCCGAAGATGATCTGGAAATTCGCTGGGGTAGCGGGCAGTGGGCCGGGGTAGAGGCGCAGCGCCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACcgcg > 2:314927/1‑215 (MQ=255) tGGCCGACTTTCGGCGTTCGCACCCGCAGGTGGACATGCGCTACATCAGCAACCTGTGGGTCAAGGAGCTGGATGCCTAAGATGATCTGGAAATTCGCTGGGGTAGCGGGCAGTGGGCCGGGGCTGAGGCGCAGCGCCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTtgctg < 2:485755/233‑1 (MQ=255) cccGCAGGTGGACATTCGCTACATCAGCAACCTGTGGGTCAAGGAGCTGGATGCCGAAGATGATCTGGAAATTCGCTGGGGTAGCGGGCAGTGGGCCGGGGTAGAGGCGCAGCGCCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCAt < 1:314931/214‑1 (MQ=255) gtcgaactgcaggccactggaagagtcgacctgatcggcgccgacccgctccaaccagtagccccacccctcctcgtaacccagcacatgcagcaacggcacacgggccaggtcgcgcggttcgcgcagcgggcaaccggccagcagcgcgAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGCGGGGCTActggctggagcctgtctctta > 1:241945‑M2/152‑226 (MQ=255) tgtgGGTCAAGGAGCTGGATGCCGAAGATGATCTGGAAATTCGCTGGGGTAGCGGGCAGTGGGCCGGGGTAGAGGCGCAGCGCCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGGGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGc > 1:66935/1‑171 (MQ=255) ctcggcgccgccccgctccagccagtagccccacccctcctcgtaacccagcacacgcagcaacggcacacgggccaggtcgcgcggttcgcgcagcgggcaaccggccagcagcgcgAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACCAGGAGGGGTgggg < 2:241941‑M2/61‑1 (MQ=255) taagagacaggctccagccagtagccccgcccctcctcgtaacccagcacatgcagcaacggcacacgggccaggtcgcgcggttCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGTTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCTTCCAGTGGCCTGCAGTTCGac > 1:241945‑M1/86‑236 (MQ=255) gaggaaTTCGCTGGGGTAGCGGGCAGTGGGCCGGGGTAGAGGCGCAGCGCCTGACCCGCCACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTCGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGCCCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCAt < 2:286437/145‑1 (MQ=255) gccccagccagtagccccacccctcctcgtaacccagcacatgcagcaacggcacacggggcaggtcgcgcggttcgcgcagcgggcaaccggccagcagcgcgAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTgg < 1:422477‑M2/42‑1 (MQ=255) ccccacccctcctggtaacccagcacatgcagcaacggcacacgggccaggtcgcgcggttCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCGTGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGGCGGCGCCgag < 2:241941‑M1/118‑2 (MQ=255) ccagcacatgcagcaacggcacacgggccaggtcgcgcggttCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGCCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGctactggctggggc < 1:422477‑M1/104‑4 (MQ=255) aGCGCCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCtt < 2:193669/171‑1 (MQ=255) cgcCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCTTCCAGTGGCCTGCAGTTCGACACGCTGGTGTCGACCCt < 1:374589/206‑1 (MQ=255) cgcCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCTTCCAGTGGCCTGCAGTTCGACACGCTGGTGTCGACCCt > 2:374585/1‑206 (MQ=255) ccgcgCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTgg < 2:51787/92‑1 (MQ=255) aCATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCTGCGCCGa > 1:93118/1‑142 (MQ=255) tGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCTTCCAGTGGCCTGCAGTTCGACACGCTGGTGTCGACCCTGCGCa < 2:230600/192‑1 (MQ=255) tGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCTTCCAGTGGCCTGCAGTTCGACACGCTGGTGTCGACCCTGCGCa > 1:230604/1‑192 (MQ=255) aCCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCTTCCAGTGGCCTGCAGTTCGac < 1:409903/154‑1 (MQ=255) GCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCTTCCAGTGGCCTGCAGTTCGACACGCTGGTGTCGACCCTGCGCATGGCGGAGCTGGGGCTCGGGGTGGCGCTGGCACg < 1:328013‑M1/204‑1 (MQ=255) | TTCTGGCTGGCCCCGCGGCTGGCCGACTTTCGGCGTTCGCACCCGCAGGTGGACATTCGCTACATCAGCAACCTGTGGGTCAAGGAGCTGGATGCCGAAGATGATCTGGAAATTCGCTGGGGTAGCGGGCAGTGGGCCGGGGTAGAGGCGCAGCGCCTGACCCGCGACATGCTGGTGCCGGTGTGCGCACCCGCGCTGCTGGCCGGTTGCCCGCTGCGCGAACCGCGCGACCTGGCCCGTGTGCCGTTGCTGCATGTGCTGGGTTACGAGGAGGGGTGGGGCTACTGGCTGGAGCGGGTCGGCGCCGATCAGGTCGACTCTTCCAGTGGCCTGCAGTTCGACACGCTGGTGTCGACCCTGCGCATGGCGGAGCTGGGGCTCGGGGTGGCGCTGGCACG > AE015451/769729‑770126 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |