New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 1030530 = | 59 (1.020) | 4 (0.070) | 4/322 | NT | 6.5% | coding (588/1353 nt) | PP_0887 | Sensor histidine kinase |
? | AE015451 | 1030592 = | 60 (1.110) | coding (650/1353 nt) | PP_0887 | Sensor histidine kinase |
TGCTGATCCACAGTGCCTTGCTGTATTACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCGTGCTGATCAACGAAATGCGCCAGGACCACACCGACCCGCTGTTGCAGGAGGACCTGC > AE015451/1030295‑1030765 | tgctgATCCACAGTGCCTTGCTGTATTACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGcc > 1:1082041/1‑236 (MQ=255) accagctgttgcaaagtctctttgcacagctttacctggtcctggaggatttgcaggtcctcctgcaacagcgggtcggtgtggtcctggcgcatttcgttgatcagcacgctcatggtcgccagcggcgtacccagttcatgggcggcaccggcggcctgggtagccacagccagcagttgctcgtcgcgcaggctttcttcacgccgctctgaacgcagctgctCCTggcgg > 2:884361‑M1/227‑234 (MQ=255) tGCTGTATTACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGAt > 1:624175/1‑235 (MQ=255) gCTGTATTACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGAt < 2:602709/234‑1 (MQ=255) tGTATTACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCAc > 1:924526/1‑235 (MQ=255) tACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCtt > 2:776200/1‑233 (MQ=255) cTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCtttt > 1:898272/1‑233 (MQ=255) gcggcTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTggc > 1:803072/1‑208 (MQ=255) cacagctttacctggtcctggaggatttgcaggtcctcctgcaacagcgggtcggtgtggtcctggcgcatttcgttgatcagcacgctcatggtcgccagcggcgtacccagttcatgggcggcaccggcggcctgggtagccacagccagcagttgctcgtcgcgcaggctttcttcacgccgctctgaacgcagctgctACTggcg < 1:472509‑M1/7‑1 (MQ=255) gcTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCggtg > 2:401314/1‑215 (MQ=255) gcTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCcgcgc > 2:543771/1‑234 (MQ=255) cGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGGTCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAaga > 1:1030885/1‑235 (MQ=255) gtCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCtgtg < 2:802754/196‑1 (MQ=255) ttACCTGGTGCCGCTGGCGTTCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCcgcgcg < 1:90610/210‑1 (MQ=255) gcaggtcctcctgcaacagcgggtcggtgtggtcctggcgcatttcgttgatcagcacgctcatggtcgccagcggcgtacccagttcatgggcggcaccggcggcctgggtagccacagccagcagttgctcgtcgcgcaggctttcttcacgccgctctgaacgcagctgctCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCgac < 2:705738‑M1/46‑2 (MQ=255) gtccgcctgcaacggcgggtcggtgtggtcctggcgcatttcgttgatcagccctctcatggtcgccagcggcgtacccagttcatgggcggcaccggcggcctgggtagccacagccagcagttgctcgtcgcgcaggctttcttcacgccgctctgaacgcagctgctcc > 1:155038‑M1/171‑172 (MQ=255) cGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCt > 2:660645/1‑232 (MQ=255) 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gTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAg > 1:649615/1‑235 (MQ=255) cgttgatcagcacgctcatggtcgccagcggcgtacccagttcatgggcggcaccggcggcctgggtagccacagccagcagttgctcgtcgcgcaggctttcttcacgccgctctgaacgcagctgctCCTggcgg > 2:280916‑M1/130‑137 (MQ=255) cgttgatcagcacgctcatggtcgccagcggcgtacccagttcatgggcggcaccggcggcctgggtagccacagccagcagttgctcgtcgcgcaggctttcttcacgccgctctgaacgcagctgctCCTggcgg < 1:280919‑M1/8‑1 (MQ=255) aTCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGcgacga > 1:130278/1‑224 (MQ=255) 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cATGTGGCTGGGCATTGCCCTGGCGGCGGCGGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTAcc < 2:313765/145‑1 (MQ=255) cATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCAtt > 2:990360/1‑166 (MQ=255) tgtgGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCGGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAActgct < 2:730048/130‑1 (MQ=255) gtgGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCGTGCTGATCAACg < 1:372195/206‑1 (MQ=255) ggCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCg > 2:427112/1‑192 (MQ=255) ggCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCGTGCTGATCAACGAAATGCGCCAGGACCACACCGACCCGCTGTTg > 1:382882/1‑236 (MQ=255) ggCTGAGCATTGCCCTGGCGCCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAgg < 2:101007/75‑1 (MQ=255) gaacgcagctgctCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCcgcgcg < 1:371247‑M1/36‑1 (MQ=255) gCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCGTGc > 1:1005618/1‑194 (MQ=255) gCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGGGGc > 1:282916/1‑135 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCGTGCTGATCAACGAAATg > 2:903785/1‑201 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCGTGCTGATCAACGAAATGCGCCAGGACCACACCGAccc > 1:450329/1‑221 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTCCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCGTGCTGATCAACGAAATGCGCCAGGACCACACCGACCCGCTGTTGCaggagg > 1:576816/1‑235 (MQ=255) CCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGGGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCGTGCTGATCAACGAAATGCGCCAGGACCACACCGACCCGCTGTTGCAGGAGGACCTGc > 1:724595‑M1/1‑236 (MQ=255) | TGCTGATCCACAGTGCCTTGCTGTATTACTCCGGCGGCTCGACCAACCCGTTCGTGTCGTATTACCTGGTGCCGCTGGCGATCGCTGCGGTGACCTTGCCGTGGCTGTATTCGCTGATCCTGTCGGGCATTGCGCTGACGGCCTACAGCTTGCTGCTGGTGCAGTTCTACCCGCTCGAAGGGCTGCCGATGGCGCGGGACAAGATGCAGGTCTACGGCATGTGGCTGAGCATTGCCCTGGCGGCGGCTGTGATCACCTTTTTTGCCGCGCGCATGGCCGAAGAGCTGCGCCGCCAGGAGCAGCTGCGTTCAGAGCGGCGTGAAGAAAGCCTGCGCGACGAGCAACTGCTGGCTGTGGCTACCCAGGCCGCCGGTGCCGCCCATGAACTGGGTACGCCGCTGGCGACCATGAGCGTGCTGATCAACGAAATGCGCCAGGACCACACCGACCCGCTGTTGCAGGAGGACCTGC > AE015451/1030295‑1030765 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |