| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | AE015451 | = 1059497 | 69 (1.200) | 5 (0.100) | 5/306 | NT | 7.6% | coding (272/615 nt) | PP_0916 | Amino acid transporter LysE |
| ? | AE015451 | = 1059479 | 59 (1.140) | coding (290/615 nt) | PP_0916 | Amino acid transporter LysE | |||||
CCAGGGTCGAGAACCACAGCAGCGAAGCGCTGGCCGCACCGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGCGAGGACGAAGGCGTTCTGGGCGCCAATGGCCATGATCAGACCGAAGGCCACCA > AE015451/1059270‑1059725 | ccAGGGTCGAGAACCACAGCAGCGAAGCGCTGGCCGCACCGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCg > 1:612987/1‑236 (MQ=255) aGGGTCGAGAACCACAGCAGCGAAGCGCTGGCCGCACCGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCg < 2:861816/234‑1 (MQ=255) ggTCGAGAACCACAGCAGCGAAGCGCTGGCCGCACCGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGt < 2:367309/233‑1 (MQ=255) agaACCACAGCAGCGAAGCGCTGGCCGCACCGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGt < 1:557398/228‑1 (MQ=255) cagcGAAGCGCTGGCCGCACCGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACt > 1:382771/1‑235 (MQ=255) aaGCGCTGGCCGCACCGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGcgccg > 1:956733/1‑236 (MQ=255) gcTGGCCGCACCGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGccc > 1:1007114/1‑235 (MQ=255) cGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTg < 2:933492/191‑1 (MQ=255) gCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCactggc > 1:536086/1‑231 (MQ=255) gCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGc < 1:895066/236‑1 (MQ=255) cGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCa > 2:781275/1‑234 (MQ=255) cGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGc > 1:338944/1‑236 (MQ=255) tAGGCGCCAGGGGCGGACTGCCGAGCGACCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTgctccaagcagagc < 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gCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCg > 2:613027/1‑198 (MQ=255) cAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTTAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCcg < 1:601180/235‑1 (MQ=255) ggTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCCTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTgctccaagcagagcctgc < 1:9467‑M1/149‑19 (MQ=255) gAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAgg < 1:1013183/235‑1 (MQ=255) aGGTACCCGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGt < 2:231678/133‑1 (MQ=255) aGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGc > 2:116319/1‑173 (MQ=255) cGTGCGGGTTTAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGtt < 2:163328/181‑1 (MQ=255) gTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGGGGCCAGt > 1:385711/1‑202 (MQ=255) 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cAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGCGAGGACGAAGGCGTTCTGGgcgc < 2:956730/233‑1 (MQ=255) gCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGCGAGGACGAAGGCGTTCTGGgcgc < 2:502857/230‑1 (MQ=255) cgctgctgGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGCGAGGACGAAGGCGTTCTGGGCGCCAATg < 2:650957/232‑1 (MQ=255) ctGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCGTTGGCGCCGTACCGGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGc < 2:80226/111‑1 (MQ=255) cTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGCGAGGACGAAGGCGtt < 1:157428/216‑1 (MQ=255) ccaaGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGc > 1:273994/4‑196 (MQ=255) cAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTg < 2:440056/191‑1 (MQ=255) aGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGc > 2:526982/1‑193 (MQ=255) aGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGCGAGGACGAAGGCGTTCTGGGCGCCAATGGcc > 2:357392/1‑224 (MQ=255) ggCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGCGAGGACGAAGGCGTTCTGGGCGCCAATGGCCATGATCAGAc < 1:384020/233‑1 (MQ=255) gcgcTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCa < 1:163691/163‑1 (MQ=255) gcTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGc > 1:1038079/1‑189 (MQ=255) tGCGCAGCGCCTgctccaagcagagcctgcagcaccagcaaggccaaggcgttcgctcacgtcgcgccgtactgctcagcgccctggcggtgaccctgctgaacccgcacgtgtacctcgacaccgtgttgctgatcggctcgctgggcgctcagcagtccgcccctggcgcctacgtggccggtgcggcca < 1:323822‑M1/192‑181 (MQ=255) cgcAGCGCCTgctccaagcagagcctgcagcaccagcaaggccaaggcgttcgctcacgtcgcgccgtactgctcagcgccctggcggtgaccctgctgaacccgcacgtgtacctcgacaccgtgttgctgatcggctcgctgggcgctcagcagtccgcccctggcgcctacgtggccggtgcggccagcgcttcgctgctgtggttctc > 2:656808‑M1/1‑10 (MQ=255) cAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTcc > 2:681526/1‑105 (MQ=255) cAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTcc < 1:681529/105‑1 (MQ=255) gcgcCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGCGAGGACGAAGGCGTTCTGGGCGCCAATGGCCATGATCAGACCGAAGGccacca < 1:781278/234‑1 (MQ=255) ccTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACg > 2:686228/1‑110 (MQ=255) | CCAGGGTCGAGAACCACAGCAGCGAAGCGCTGGCCGCACCGGCCACGTAGGCGCCAGGGGCGGACTGCTGAGCGCCCAGCGAGCCGATCAGCAACACGGTGTCGAGGTACACGTGCGGGTTCAGCAGGGTCACCGCCAGGGCGCTGAGCAGTACGGCGCGACGTGAGCGAACGCCTTGGCCTTGCTGGTGCTGCAGGCTCTGCTTGGAGCAGGCGCTGCGCAGCGCCTTGGCGCCGTACCAGATCAGGAACACTGCGCCGCCCCAGCGGGCAATCGCCAGCAAGGTCGGGTTGTGTGCCAGCACGGTGGCCAGTCCGAATACTCCGGCGGCCACGAGGATGGCGTCACAGACGATGCACAGCGCTGCCACCGGCAGGTGATGCTCACGGCGCAGACTCTGGGCGAGGACGAAGGCGTTCTGGGCGCCAATGGCCATGATCAGACCGAAGGCCACCA > AE015451/1059270‑1059725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |