New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 2130405 | 64 (1.110) | 4 (0.080) | 4/310 | NT | 6.6% | coding (1794/2496 nt) | fimD | Type 1 pili subunit FimD |
? | AE015451 | = 2130389 | 56 (1.070) | coding (1810/2496 nt) | fimD | Type 1 pili subunit FimD |
GACTTCGATCAAGGCCGCGGTATCTCCCAGGTATCGGCCGAACTCCAGCCCGTCAGCATGCAGCAGCACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGATGCTGGGTATTGAAGTTGAACTGGTATTGCCGTTGGGTGGCATTGCT > AE015451/2130174‑2130632 | gACTTCGATCAAGGCCGCGGTATCTCCCAGGTATCGGCCGAACTCCAGCCCGTCAGCATGCAGCAGCACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGt < 2:675460/233‑1 (MQ=255) ttCGATCAAGGCCGCGGTATCTCCCAGGTATCGGCCGAACTCCAGCCCGTCAGCATGCAGCAGCACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTg < 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ggCCGAACTCCAGCCCGTCAGCATGCAGCAGCACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACg > 1:299183/1‑220 (MQ=255) ccGAACTCCAGCCCGTCAGCATGCAGCAGCACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACGGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCACGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTACCCGTTGGc > 1:663154/1‑236 (MQ=255) ccGAACTCCAGCCCGTCAGCATGCAGCAGCACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTgg > 2:635768/1‑235 (MQ=255) gAACTCCAGCCCGTCAGCATGCAGCAGCACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGc > 2:421476/1‑203 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aGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAGACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGATGCTGGGTATTGAAGTTGAACTg > 1:574339/1‑236 (MQ=255) ggCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAg < 1:69197/193‑1 (MQ=255) cTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAAc < 1:200106/189‑1 (MQ=255) ggTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGagctacagcaccagcctgagccgtgacgaacacgcccgcaagacagcggcactgtcgctcggccatcaggccccctatgccagcgtgagtgctggctataccgaagccgacaactaccgcagcctgtcattgaatgccagtggtgcggtgctgctgcatgctgacgggctggagttcggccgatacctgggagataccgcggccttga > 1:450936‑M1/1‑28 (MQ=255) tGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCCGGTCGCAGGTCGCCGTGGCCCGGTGCCCGCAATGCac > 2:62910/1‑111 (MQ=255) tGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGATGCTGGGTa < 1:972967/212‑1 (MQ=255) tGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGATGCTGGGTa > 2:972964/1‑212 (MQ=255) aGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCg < 2:412275/176‑1 (MQ=255) cTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCaa < 2:174840/107‑1 (MQ=255) cTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGa > 1:365677/1‑198 (MQ=255) cTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGATGCTGGGTATTGAAGTTGAACTGGTATTGCCGTTtgg > 1:768832/1‑235 (MQ=255) aGCGCGCGCGCGCTGagctacag < 2:181370‑M1/23‑9 (MQ=255) cgcgcgcgcgcTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGATGCTGGGTATTGAAGTTGAACTGGTATTGCCGTTGGGTGGCAt > 1:959502/1‑236 (MQ=255) cgcgcgcTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGATGCTGGGTATTGAAGTTGAACTGGTATTGCCg < 1:232472/221‑1 (MQ=255) gcgcgcTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGATGCTGGGTATTGAAGTTGAACTGGTATTGCCGTTGGGTGGCATtgct > 2:305683/1‑235 (MQ=255) gcgcTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACAcccc > 1:683580/1‑184 (MQ=255) cgcTGagctacagcaccagcctgagccgtgacgaacacgcccgcaagacagcggcactgtcgctcggccatcaggccccctatgccagcgtgagtgctggctataccgaagccgacaactaccgcagcctgtcattgaatgccagtggtgcggtgctgctgcatgctgacgggctggagttcggccgatacctgggagataccgcggccttgatcgaagtccct < 2:450933‑M1/224‑220 (MQ=255) cggagctacagcaccagcctgagccgtgacgaacacgcccgcaagacagcggcactgtcgctcggccatcaggccccctat < 2:12067‑M1/79‑79 (MQ=255) cTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCg < 2:582558/84‑1 (MQ=255) cTGTCGCTGCCGCGGAGCGGGGCACGCTGGCGGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCg < 2:300769/159‑1 (MQ=255) | GACTTCGATCAAGGCCGCGGTATCTCCCAGGTATCGGCCGAACTCCAGCCCGTCAGCATGCAGCAGCACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCATTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGGTTGTAGCCTACACCCCGATGCTGGGTATTGAAGTTGAACTGGTATTGCCGTTGGGTGGCATTGCT > AE015451/2130174‑2130632 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |