New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 2357793 | 48 (0.830) | 4 (0.070) | 3/328 | NT | 8.3% | coding (518/825 nt) | PP_2072 | Transcriptional regulator, AraC family |
? | AE015451 | = 2357821 | 42 (0.760) | coding (490/825 nt) | PP_2072 | Transcriptional regulator, AraC family |
GTCATGAAAGCCTGCGGCAAGGGCGGCGTCGACCAAGGTGAAGCCGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCGGGTCGCTGGACAGCCCGCCAGCGATGAAGGGCAAAGGCTGACCACCCAGCACGTTCTG > AE015451/2357570‑2358010 | gTCATGAAAGCCTGCGGCAAGGGCGGCGTCGACCAAGGTGAAGCCGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGc > 1:568423/1‑234 (MQ=255) aTGAAAGCCTGCGGCAAGGGCGGCGTCGACCAAGGTGAAGCCGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTgg > 1:726136/1‑235 (MQ=255) aGCCTGCGGCAAGGGCGGCGTCGACCAAGGTGAAGCCGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCgg < 2:792293/222‑1 (MQ=255) ccTGCGGCAAGGGCGGCGTCGACCAAGGTGAAGCCGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATc < 2:1044845/233‑1 (MQ=255) gCAAGGGCGGCGTCGACCAAGGTGAAGCCGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCt > 1:869309/1‑235 (MQ=255) cGACCAAGGTGAAGCCGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCgg > 1:847946/1‑235 (MQ=255) aaGGTGAAGCCGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTgc > 1:549447/1‑235 (MQ=255) cGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTc > 1:1024740/1‑184 (MQ=255) gTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGcc > 1:1014302/1‑235 (MQ=255) aGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCg < 1:1078839/180‑1 (MQ=255) aGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCg > 2:1078836/1‑180 (MQ=255) aGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGcc > 1:971473/1‑231 (MQ=255) ggATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGGCGGCCCGCAAg > 1:300241/1‑236 (MQ=255) 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tgtTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCGGGTCGCTGGACAGCCcgccagcgaagcgttcg > 1:923132‑M2/1‑218 (MQ=255) aTGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCATGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGC < 2:451561‑M1/181‑1 (MQ=255) aTGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCGGGTCGCTGGACAGCCCGCCAGCGATGAAGGGCaaa < 2:1014299/234‑1 (MQ=255) gCCCGCATGCAGGTGTGCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCGGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTG < 2:212631‑M1/181‑1 (MQ=255) cccACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCggga > 2:1059338/1‑198 (MQ=255) ccACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCGGGTCGCTGGACAGCCCGCCAGCGATGAAGTGCATAGGCTGa > 1:565566/1‑236 (MQ=255) ccACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCT > 2:331990‑M1/1‑178 (MQ=255) tGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCaagcgcctggattaccaggcagccgaacgcgcccgggccttcatcatggaacaactgcatgcgggcataacactggacatgctggaacaggccagtggccgcg > 2:859363‑M1/1‑31 (MQ=255) cAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATc < 1:492173/97‑1 (MQ=255) cAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATc > 2:492170/1‑97 (MQ=255) gatgaAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCGGGTCGCTGGACAGCCCGCCAGCGATGAAGGGCAAAGGCTGACCACCCAGCACGTTCTg < 2:549444/234‑1 (MQ=255) aGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCGGGTCGCTGGACAGCCcgccagcga > 2:380765‑M2/1‑186 (MQ=255) cTCGGGCGCGGTCGGCAGCCCAGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGTGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAgcg < 2:257421/120‑1 (MQ=255) cGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCa < 2:947535/79‑1 (MQ=255) cGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCa > 1:947538/1‑79 (MQ=255) gcgTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCGGGTCGCTGGACAGCCCGCCAGCGATGAAGGGCAAAGGCTGACCACCCa < 2:1076774/209‑1 (MQ=255) gcgTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCGGGTCGCTGGACAGCCCGCCAGCGATGAAGGGCAAAGGCTGACCACCCa > 1:1076777/1‑209 (MQ=255) gcaagcgcctggattaccaggcagccgaacgcgcccgagccttcatcatggaacacctgcatgtgggcataacactggacatgctggaacaggccagtggccgcgaacgctggagcctgtcgcgggactttcgcacgctgtacggcaccagcccctatcgctttgtcaccctgcgccgcctcgactgcttgcgcc < 2:692151‑M1/195‑194 (MQ=255) | GTCATGAAAGCCTGCGGCAAGGGCGGCGTCGACCAAGGTGAAGCCGTCCAGGATCATTCGGCGCAAGCAGTCGAGGCGGCGCAGGGTGACAAAGCGATAGGGGCTGGTGCCGTACAGCGTGCGAAAGTCCCGCGACAGGCTCCAGCGTTCGCGGCCACTGGCCTGTTCCAGCATGTCCAGTGTTATGCCCACATGCAGGTGTTCCATGATGAAGGCTCGGGCGCGTTCGGCTGCCTGGTAATCCAGGCGCTTGCGCCCGCGCGGCTTGCCGCCGACGGCCCGCAAGGCGATCGCCAGGTCATACAGGGCGTCCTGTTCTTCCAATGGTTCCAGCGCGTGGTCCACTGCCTGTACGAACGCTTCGCTGGCGTGGTACAGACGCGGGTCGCTGGACAGCCCGCCAGCGATGAAGGGCAAAGGCTGACCACCCAGCACGTTCTG > AE015451/2357570‑2358010 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |