New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 503644 = | 47 (0.820) | 4 (0.070) | 4/324 | NT | 9.8% | coding (675/828 nt) | PP_0414 | Polyamine ABC transporter, permease protein |
? | AE015451 | 503701 = | 29 (0.530) | coding (732/828 nt) | PP_0414 | Polyamine ABC transporter, permease protein |
CTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCGGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGA > AE015451/503467‑503928 | cTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCgcggcg > 1:443976/1‑235 (MQ=255) tgcgtgcgGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCt > 1:200891/1‑235 (MQ=255) gtgcgGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGAt > 1:1007897/1‑235 (MQ=255) gcggcgGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGAtt > 1:560572/1‑234 (MQ=255) cggcggCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCg > 2:551149/1‑236 (MQ=255) ccAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGt < 1:165222/231‑1 (MQ=255) ccTGGGCGCTTCACGTCTGCTGGCTGTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGt < 1:165458/227‑1 (MQ=255) aCCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCt > 1:400080/1‑207 (MQ=255) gctgGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCt < 2:1007894/234‑1 (MQ=255) gCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCg > 1:1032482/1‑204 (MQ=255) tGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgc < 2:718856/191‑1 (MQ=255) tCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCg > 1:686250/1‑236 (MQ=255) tctcGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTgg < 2:443973/202‑1 (MQ=255) tcGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCtt < 1:739265/235‑1 (MQ=255) ggAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTgg < 1:109774/197‑1 (MQ=255) ggAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTtg < 2:686247/233‑1 (MQ=255) gCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCgag > 1:171636/1‑204 (MQ=255) gcttctcgctacgcccacgcaaccactccagggtcagtagcaacaacaccgagaccgcaatcagcaaggtcgccgccgcggcaatggtcgggctcaggttctcgcgaataccgctgaacatctgccgcggcGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTgg < 1:847615‑M2/60‑1 (MQ=255) tGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCtt > 1:459727/1‑236 (MQ=255) gTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGAcc < 1:93982/172‑1 (MQ=255) ctcgctacgcccacgcaacccctccagggtcagcagcaacaacaccgagaacgcaatcagcaaggtcgccgccgcggcaatggtcgggcgcaggttctcgcgaataccgctgaacatctgccgcggcGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgctgc < 2:614103‑M2/38‑1 (MQ=255) gctacgcccacgcaaccactccagggtcagcagcaacaacaccgagaacgcaatcagcaaggtcgccgccgcggcaatggtcgggctcaggttctcgcgaataccgctgaacatctgccgcggcGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTa < 2:614572‑M2/65‑1 (MQ=255) gctacgcccacgcaaccactccagggtcagcagcaacaacaccgagaacgcaatcagcaaggtcgccGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGAACCTGGAGTg < 1:421534‑M1/108‑1 (MQ=255) tttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCg > 1:818507/1‑213 (MQ=255) tttgccACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGt > 1:305875/1‑234 (MQ=255) tacgcccacgcaaccactccagggtcagcagcaacaacaccgagaacgcaatcagcaaggtcgccGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGc < 2:614572‑M1/124‑1 (MQ=255) ccacgcaaccactccagggtcagcagcaacaacaccgagaacgcaatcagcaaggtcgccGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGGTCTCGGTGTTGTTGCTACTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGc < 1:847615‑M1/131‑1 (MQ=255) cACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTtc < 2:797032/139‑1 (MQ=255) cactccaggttcagcagcaacaacaccgagaacgcaatcagcaaggtcgccgccgcggcaatggtcgggctcaggttctcgcgaataccgctgaacatctgccgcggcGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGc < 1:421534‑M2/67‑1 (MQ=255) gcagcaacaacaccgagaacgcaatcagcaaggtcgccGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGCGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGGGGTTGCGTGGGCGTAGCgag < 2:614103‑M1/127‑1 (MQ=255) ccTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGgtgt < 2:325611/113‑1 (MQ=255) ccTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGCTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGt > 2:277202/1‑137 (MQ=255) gcGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTtgct < 2:327506/117‑1 (MQ=255) ggccggAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCGGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGt > 1:507916/1‑236 (MQ=255) gAGCAGGCAGCACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAGCCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGAGTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTtgatga < 2:38961/171‑1 (MQ=255) cAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCg < 1:449395/205‑1 (MQ=255) aGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCt > 2:247381/1‑142 (MQ=255) aGGCAACACGGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCACTGCCgcggcgg > 2:247386/1‑69 (MQ=255) CGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAg > 2:1018541‑M1/1‑128 (MQ=255) ttCGGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCTGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCGGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTg < 2:701102/206‑1 (MQ=255) ccATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCGGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCg < 2:948972/179‑1 (MQ=255) ccgcggcGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCGGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGa > 1:823794‑M2/8‑235 (MQ=255) | CTACAATCTGGTGCGTGCGGCGGCCAGCCTGGGCGCTTCACCTCTGCTGGCTTTCCGCCGGGTGACCCTGCCGCTGATTGCGCCCGGTGTCATCTCGGGAGCCCTGTTTGCCTTTGCCACCTCGTTTGACGAGGTGGTGGTGACGCTGTTCCTCGCCGGGCCGGAGCAGGCAACACTGCCGCGGCAGATGTTCAGCGGTATTCGCGAGAACCTGAGCCCGACCATTGCCGCGGCGGCGACCTTGCTGATTGCGTTCTCGGTGTTGTTGCTGCTGACCCTGGAGTGGTTGCGTGGGCGTAGCGAGAAGCTGAGGACTCAACAGCCGGCTTGATGATGGCTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGCTAAAGCCGGAAGAGGCCGGCACAGGTTGCGTTGGTCGACACCAATTGATACCAATCAGCCTTCATCGCTTTCCCTGAGTTACAATGCGCGCCACCGTGA > AE015451/503467‑503928 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |