New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 1109670 = | 42 (1.050) | 3 (0.080) | 3/326 | NT | 7.2% | coding (336/651 nt) | PP_0969 | Transcriptional regulator, GntR family |
? | AE015451 | 1109701 = | 37 (0.950) | coding (367/651 nt) | PP_0969 | Transcriptional regulator, GntR family |
CGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGCGTGCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGTTACTTTTCCGGGGTCGTGGCTGCCGCTCTGCAACACAATATGGCCACCGTTCCGCGCTGCCA > AE015451/1109473‑1109888 | aacgtggcctggcagcgcggaacggtggccatattgtgttgcagagcggcagccacgaccccggaaaagtaacggtacagctcgcttaatgccgggttgtgggcggcatcgaccagccgctggtggaacaccaggtcgcaggccacataggcatcgacatcgccgtgaaaatgcccggccctgccttccagggcatccc < 2:232738‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgAGGCCATGCGCGTGCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCaa > 1:689785/1‑206 (MQ=255) gCCATGCGCGTGCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCa > 1:497816/1‑236 (MQ=255) gcgcGTGCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCAtttt > 1:386404/1‑235 (MQ=255) cgcgTGCTGGCGTTCAGTGGCCGGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCa < 1:508196/236‑1 (MQ=255) tGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGAt > 1:326698/1‑236 (MQ=255) gTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGTTGGCCGTCGGCCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTc < 1:409492/235‑1 (MQ=255) ccTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGcc < 1:658462/205‑1 (MQ=255) cggaaaagtaacggtacagctcgcttaatgccgggttgtgggcggcatcgaccagccgctggtggaacaccaggtcgcaggccacataggcatcgacatcgccgtgaaaatgcccggcactgccttccagggcatcCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGcc > 2:726715‑M1/137‑188 (MQ=255) cgcACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCg < 1:409009/235‑1 (MQ=255) ccAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCt < 2:292857/126‑1 (MQ=255) aGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGaa > 2:265743/1‑149 (MQ=255) cTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAg > 2:738784/1‑207 (MQ=255) gCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCCTTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGAcc > 1:194740/1‑191 (MQ=255) gCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGc > 1:283839/1‑206 (MQ=255) gCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCCTGCGCCGTAcccg > 2:75230/1‑103 (MQ=255) gCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATg < 2:606634/103‑1 (MQ=255) cGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTCTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATgccgc < 1:388931/217‑1 (MQ=255) ggTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGGGCCGGGCATTTTCa > 1:215192/1‑153 (MQ=255) gTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGc > 1:617928/1‑234 (MQ=255) aTGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCca < 1:47952/209‑1 (MQ=255) ccGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTAc < 2:479214/104‑1 (MQ=255) ccGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGACGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGTTACt > 1:563387/1‑236 (MQ=255) gtgtACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGTTACtttt < 1:654288/236‑1 (MQ=255) ccGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCg > 1:194021/1‑183 (MQ=255) aGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGTTACTTTTCCGGGGTCGTGGc > 1:438713/1‑235 (MQ=255) gCCCGTGAACCCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCTGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGc < 2:53854/76‑1 (MQ=255) gCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACg < 2:689784/121‑1 (MQ=255) ccccGTGATCCCCGCCATATTCCCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGt < 2:535936/127‑1 (MQ=255) cGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGt > 1:150756/1‑210 (MQ=255) taaaaCCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTAc < 1:180905/78‑1 (MQ=255) ggAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTgg < 1:101249/136‑1 (MQ=255) gAACCCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTa < 1:210977/192‑1 (MQ=255) cccccGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGa < 2:106361/139‑1 (MQ=255) cccccGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTAc < 1:75230/200‑1 (MQ=255) accccGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCg < 1:82857/99‑1 (MQ=255) gCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGtcc > 1:20392/1‑195 (MQ=255) tatTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGTTACTTTTCCGGGGTCGTGGCTGCCGCTCTGCAACACAata > 1:402719/1‑236 (MQ=255) tctcGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGTTACTTTTCCGGGGTCGTGGCTGCCGCTCTGCAACACAatat < 2:402718/234‑1 (MQ=255) cgtgaaaatgcccggcactgccttccagggcatcCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACaa < 2:590473‑M1/132‑1 (MQ=255) cgtgaaaatgcccggcactgccttccagggcatcCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACaa > 1:590474‑M1/35‑166 (MQ=255) gAGGCGGACGCCGTCTGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCg < 2:128549/124‑1 (MQ=255) gCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGTTACTTTTCCGGGGTCGTGGCTGCCGCTCTGCAACACAATATGGCCACCGt > 1:666220/1‑236 (MQ=255) ggCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGTTACTTTTCCGGGGTCGTGGCTGCCGCTCTGCAACACAATATGGCCACCGTTCCGCGCTGCCa < 1:149097/235‑1 (MQ=255) gCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGGGCTGTACCGTTACTTTTCCGGGGTCGTGGCTGCCGCTCTGCAACACAATATGGCCACCGTTCcgcg > 2:283784/1‑228 (MQ=255) ggcCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTa > 2:207660/1‑162 (MQ=255) | CGCAACACCGTGCGTGAGGCCATGCGCGTGCTGGCGTTCAGTGGCCTGGTGGAAATTCGCCAGGGCGACGGCAGCTACCTGCGCACTGCCCAGGACCCGCTGCAGGCGGTGCACGCGATGTCCCGGTGTACGCCCGAGCAGGCCCGTGAAACCCGCCATATTCTCGAGGCGGAGGCCGTCGGGCTGGCGGCCTTGCGCCGTACCGATGCCGACCTGCAAGCGCTACGGGATGCCCTGGAAGGCAGTGCCGGGCATTTTCACGGCGATGTCGATGCCTATGTGGCCTGCGACCTGGTGTTCCACCAGCGGCTGGTCGATGCCGCCCACAACCCGGCATTAAGCGAGCTGTACCGTTACTTTTCCGGGGTCGTGGCTGCCGCTCTGCAACACAATATGGCCACCGTTCCGCGCTGCCA > AE015451/1109473‑1109888 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |