New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 4744224 = | 62 (1.550) | 3 (0.080) | 3/320 | NT | 5.2% | coding (602/813 nt) | PP_4198 | OmpA family protein |
? | AE015451 | 4744275 = | 50 (1.310) | coding (551/813 nt) | PP_4198 | OmpA family protein |
AAAGCGGCCCATTTCTACAAGACTCAGCGCGCCGGTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGCACAGTCCGGCTGGCCGAGTTCTTCAGGTCGGCACTGCCGGTATCGAACAGCACATCGCCCAAGGTCATCACCAAGCCACGGTCGGCCTGCTCCGAAGCCAACGCGGCAATCTGCGACTCGACCCACTTGCCCTGCTGCTGCACGCTGGCCA > AE015451/4743990‑4744455 | aaaGCGGCCCATTTCTACAAGACTCAGCGCGCCGGTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGc < 2:381655/235‑1 (MQ=255) aaGCGGCCCATTTCTACAAGACTCAGCGCGCCGGTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGccc < 1:475706/236‑1 (MQ=255) ggCCCATTTCTACAAGACTCAGCGCGCCGGTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCcgcg < 1:629847/235‑1 (MQ=255) ggCCCATTTCTACAAGACTCAGCGCGCCGGTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCcgcg < 1:637560/235‑1 (MQ=255) ccATTTCTACAAGACTCAGCGCGCCGGTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAg < 1:516633/236‑1 (MQ=255) aGACTCAGCGCGCCGGTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGt < 1:406859/235‑1 (MQ=255) aCTCAGCGCGCCGGTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCTCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGtat < 1:481083/235‑1 (MQ=255) gcCGGTGCGAGCCGCCCCTCGTCATCGGAGAATACGATCCCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGACGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACCGTCgg > 2:445986/1‑223 (MQ=255) gTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCg > 1:492980/1‑218 (MQ=255) gTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCg < 2:492979/218‑1 (MQ=255) cATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTg > 1:706129/1‑236 (MQ=255) cGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAAc > 1:496206/1‑236 (MQ=255) tctcCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACt < 2:355338/234‑1 (MQ=255) tctcCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGc < 1:641963/236‑1 (MQ=255) ctcCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGc < 1:451947/235‑1 (MQ=255) ccACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGccg < 1:161921/173‑2 (MQ=255) ttCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGc > 2:396664/1‑222 (MQ=255) tGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGcac > 2:512578/1‑233 (MQ=255) gcgcCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGCTCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGt < 2:21643/169‑1 (MQ=255) tGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCTATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCgggcg < 1:68625/196‑3 (MQ=255) tGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGCTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGCACAGTCCGGCTg < 1:525477/236‑1 (MQ=255) cGCTCCCAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGt < 2:540194/158‑1 (MQ=255) cGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGCACAGTCCGGCTGGCCGAGt > 2:411140/1‑233 (MQ=255) gAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGCACAGTCCGGCTGGCCGAGttct > 1:576722/1‑235 (MQ=255) 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1:689529‑M1/59‑1 (MQ=255) cgcgcgACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGCACAGTCCGGCTGGCCGAGTTCTTCAGGTCGGCACTGCCGGTATCGAACAGCACATCGCCCAAGGTCATCACCAAGCCACGGTCGGCCTGCTCCGAAGCCAACGCGGCAATCTGCGACTCGACCCACTTg > 1:472718/1‑236 (MQ=255) gcgcgACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTAAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGCACAGTCCGGCTGGCCGAGTTCTTCAGGTCGGCACTGCCGGTATCGAACAGCACATCGCCCAAGGTCATCACCAAGCCACGGTCGGCCTGCTCCGAAGCCAACGCGGCAATCTGCg < 1:43287/221‑1 (MQ=255) cgcgACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGCACAGTCCGGCTGGCCGAGTTCTTCAGGTCGGCACTGCCGGTATCGAACAGCACATCGCCCAAGGTCATCACCAAGCCACGGTCGGCCTGCTCCGAAGCCAACGCGGCAATCTGCGACTCGACCCACTTGcc < 1:512579/236‑1 (MQ=255) agttcctgcagcgcaaCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATCCGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAgg < 2:64808‑M1/63‑1 (MQ=255) caaCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGCACAGTCCGGCTGGCCGAGTTCTTCAGGTCGGCACTGCCGGTATCGAACAGCACATCGCCCAAGGTCATCACCAAGCCACGGTCGGCCTGCTCCGAAGCCCACGCGGCAATCTGCGACTCGACCCACTTGCCCTGCTCCTGCACGCTGGCCa < 1:178363‑M1/232‑1 (MQ=255) | AAAGCGGCCCATTTCTACAAGACTCAGCGCGCCGGTGCGAGCCGCCCCTTGTCATCGGAGAATACGATCTCCACCCGACGGTTCTGCGCCCTGCCCCGCTCCGAAGCATTGGCCTCGATCGGGTACTGGTCGCCATAGCCTTCAACCTGCAGGCGCTTTTCGTCGATGCCCAGGTCCACAAGCATGTCAGCCACGGACTGCGCCCGGTCGCGCGACAGCTTGAGATTCTCCTCGCCCGCGCCAGTACTGTCGGTATAGCCCTCAATACGCACTACCCGGCGCGGGTTGAGCTGCAGGAACTGCACCAGCTTGAGCACAGTCCGGCTGGCCGAGTTCTTCAGGTCGGCACTGCCGGTATCGAACAGCACATCGCCCAAGGTCATCACCAAGCCACGGTCGGCCTGCTCCGAAGCCAACGCGGCAATCTGCGACTCGACCCACTTGCCCTGCTGCTGCACGCTGGCCA > AE015451/4743990‑4744455 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |