New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 5221246 | 37 (0.930) | 3 (0.080) | 3/320 | NT | 7.8% | coding (372/888 nt) | PP_4601 | Transcriptional regulator, LysR family |
? | AE015451 | = 5221248 | 36 (0.950) | coding (374/888 nt) | PP_4601 | Transcriptional regulator, LysR family |
CCGAGGCCGGCGAGCGCATCCTGGCCTGGGCCCGTACCCTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGCTCGGCGATATTCCGCTGGGGCTGCTGA > AE015451/5221047‑5221457 | ccGAGGCCGGCGAGCGCATCCTGGCCTGGGCCCGTACCCTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATc < 2:549023/224‑1 (MQ=255) cgcATCCTGGCCTGGGCCCGTACCCTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCgctga > 2:313965‑M2/1‑188 (MQ=255) tCCTGGCCTGGGCCCGTACCCTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCAt < 1:228760/205‑1 (MQ=255) ggcctggGCCCGTACCCTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGt > 1:629613/1‑235 (MQ=255) ggCCCGTACCCTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCAGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCCCGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTc < 1:161423/205‑1 (MQ=255) gCCCGTACCCTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTg < 1:554832/225‑1 (MQ=255) cGTACCCTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACGCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTAcc > 1:469088/1‑235 (MQ=255) cccTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCt < 1:62283/217‑1 (MQ=255) ccggCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCa < 2:677557/204‑1 (MQ=255) gCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCg < 1:284466/172‑1 (MQ=255) cTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCgctgagctgaaagtgcagttcggggtatttttcgcgcaggggcagcagcagg < 1:58882‑M2/213‑53 (MQ=255) cTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGACTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCa > 2:690505/1‑233 (MQ=255) cccAGGACGGCCTGCAGGCCGAGGCGGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCgctgagctgaaagtgcagttcggggtatttttcgcgcagg > 2:58882‑M2/1‑154 (MQ=255) cATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAg > 1:322514/1‑236 (MQ=255) ttgACGGCCTGCCGGCCGCGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCgct > 2:186531‑M2/2‑151 (MQ=255) gAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGGATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGt > 1:725918/1‑230 (MQ=255) gCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTg < 2:556544/198‑1 (MQ=255) aGTGGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGcac < 1:192047/236‑1 (MQ=255) gTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGcac > 1:521373/1‑235 (MQ=255) gTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGcac > 1:18133/1‑235 (MQ=255) tGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGcac < 2:322513/233‑1 (MQ=255) ccAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCAccaccacca > 2:360511/1‑233 (MQ=255) ggCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAacac < 2:51952/170‑1 (MQ=255) aGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTg > 2:728847/1‑138 (MQ=255) aGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTg < 1:728848/138‑1 (MQ=255) cccAGGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCCCTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGCCCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGAc < 1:170296/225‑1 (MQ=255) ccATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCCGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTg > 2:642618/1‑230 (MQ=255) cACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATAc > 1:484856/1‑194 (MQ=255) cACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATAc < 2:484855/194‑1 (MQ=255) ctgcCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGCTCGGCGa > 1:586356/1‑236 (MQ=255) cccTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCgctgagctgaaagtgcagttcggggtatttttcgcgcaggggcagcagcaggtgcatggggttgaaactggccagcggcaccgtgccccgg < 2:403865‑M2/134‑92 (MQ=255) gcgAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGCTCGGCGATATTCCGCTg > 1:335989/1‑236 (MQ=255) gAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGCTCGGCGATATTCCGCTggg > 1:44891/1‑236 (MQ=255) aaaaaTACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACAACAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGCTCGGCGATATTCCGCTgg > 2:646526/1‑234 (MQ=255) aaaaTACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGCTCGGCGATATTCCGCTGGGgc < 1:690506/236‑1 (MQ=255) tACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCGCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCGACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGcac < 2:103552/140‑1 (MQ=255) ccccGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCctgct < 1:60067/156‑1 (MQ=255) cccGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGTTCGGCGATATTCCGCTGGGGCTGCTGa < 1:397744/235‑1 (MQ=255) cTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGCTCGGCGATATTCCGCTGGGGCTGCTGa > 1:330636/1‑224 (MQ=255) cTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGCTCGGCGATATTCCGCTGGGGCTGCTGa < 2:330635/224‑1 (MQ=255) tttCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGACCAGGTCAGCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGGCCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCTCCATGGGc < 2:126905/138‑1 (MQ=255) agctcagctcGCGGAGCTCGGTACAGGTCATCGGCGGCCTCAGCCGCGACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGc < 2:231698/119‑1 (MQ=255) tcGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTa < 1:148110/58‑1 (MQ=255) tcGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTa > 2:148110/1‑58 (MQ=255) | CCGAGGCCGGCGAGCGCATCCTGGCCTGGGCCCGTACCCTGCTCGCCGCCCATGACGGCCTGCAGGCCGAGGCTGCCAGTTGCCGTGGCCAGGTGGTCGGCAGCCTGCGCCTGGGCACGGTGCCGCTGGCCAGTTTCAACCCCATGCACCTGCTGCTGCCCCTGCGCGAAAAATACCCCGAACTGCACTTTCAGCTCAGCTCGCTGAGCTCGGAACAGGTCATCGACGGCCTCAGCCGCAACCAGCTCGACCTGGGTATCTGCTACCTGGACCAGGTCAACACCAGCTTTTTCGAAGTGATCGAACTGGGCACCACCACCATGGGCCTGCTGCACGATACGCGGCACTTCCAGTTCACCAGCGACCGGCTGCGCTGGGACGAGCTCGGCGATATTCCGCTGGGGCTGCTGA > AE015451/5221047‑5221457 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |