New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 5783602 = | 42 (1.050) | 4 (0.100) | 4/322 | NT | 10.0% | coding (2077/3309 nt) | kefA | mechanosensitive channel protein, intermediate (smaller, MscS‑like) conductance, K+ efflux |
? | AE015451 | 5783631 = | 32 (0.840) | coding (2106/3309 nt) | kefA | mechanosensitive channel protein, intermediate (smaller, MscS‑like) conductance, K+ efflux |
CGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTGGGCATCGGCGTGGTGCTGACCTGCTATGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCAGCGTGCGTTGACCAAGCGTGCGGCGGCCAAGGAAGGGCTGGATGGCGAAGTCATCACCGAGGAGCCAACGCTG > AE015451/5783411‑5783817 | cggtggcCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTGGGCATCGGCGTGGTGCTGACCTGCTATGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTAcc > 2:480177/1‑233 (MQ=255) cgTGTTGGGCATCGGCGTTGTGCTGACCTGCTATGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGAt < 1:4254/199‑1 (MQ=255) agcccttccttggccgccgcacgcttggtcaacgcacgctggtaggccaggcgccgtgcagccaccgacaggccgcgcacgaaggcggcttcgatcaccaaccagaacagcagcaggtacagggtgtagatgagtcgatcggtaagcttcagtGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCAt < 1:134333‑M1/53‑1 (MQ=255) gtTGGGCATCGGCGTGGTGCTGACCTGCTATGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCtggttgg > 1:631507/1‑236 (MQ=255) ggCGTGGTGCTGACCTGCTATGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAg < 1:344408/235‑1 (MQ=255) aCCTGCTATGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCt < 1:17939/184‑1 (MQ=255) aCCTGCTATGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCt > 2:17939/1‑184 (MQ=255) tGCTATGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGCCACCTCGCTGTGCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTAcc < 1:136853/193‑1 (MQ=255) tGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGAt > 1:365579/1‑210 (MQ=255) tGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTACGCAGGGCGGTGGGGCTAGCGTACACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGc > 2:709653/1‑232 (MQ=255) tAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCAt > 1:223320/1‑169 (MQ=255) tAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCAt < 2:223320/169‑1 (MQ=255) gctggtaggcccggcgccgtgcagccaccgacaggccgcgcacgaaggcggcttcgatcaccaaccagaacagcagcaggtacagggtgtagatgagtcgatcggtaagcttcagtGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTa > 2:134333‑M1/117‑156 (MQ=255) ccTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCAACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTc < 2:385895/226‑1 (MQ=255) ggCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGt < 2:736126/171‑1 (MQ=255) ggCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACg < 1:480178/235‑1 (MQ=255) gctCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCGCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTAcc > 1:486057/1‑170 (MQ=255) gctCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTAcc < 2:486056/170‑1 (MQ=255) gctCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTg > 2:42992/1‑227 (MQ=255) ccGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCg < 2:170777/144‑1 (MQ=255) ctgctgCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCa > 1:431868/1‑236 (MQ=255) agcagcCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGgc < 1:377737/214‑1 (MQ=255) ccGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGAt < 2:507084/123‑1 (MQ=255) cacaCCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGCCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTcgcgcgcgct > 2:223547/1‑183 (MQ=255) acCGGGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCAGCGTGCGTTGACCAAGCGt < 2:270469/233‑1 (MQ=255) gACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGAt > 2:354417/1‑111 (MQ=255) gACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGAt < 1:354418/111‑1 (MQ=255) gTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCCgcgtgcgct > 1:215876/1‑181 (MQ=255) ttCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCAGCGTGCGTTGACCAAGCGTGCGGCGGCCAAGGAAGGGCTGGATGGCGAAGTCATCACCgagg < 1:437648/235‑1 (MQ=255) atgagtcgatcggtaagcttcagtgccgtgtagtagtagccgaagcacacggcACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCAGCGTGCGTTGACCAAGCGTGCGGCGGCCAAGGAAGGGCt < 1:134333‑M2/153‑1 (MQ=255) tGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCAGCGTGCGTTGACCAAGCGTGCGGCGGCCAAGGAAGGGCTGGATGGCGAAGTCATCACCGAGGAGCCAACGCTg > 1:393071/1‑236 (MQ=255) aTCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCAt < 1:545966/68‑1 (MQ=255) cGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGgc < 2:549578/143‑1 (MQ=255) taagcttcagtgccgtgtagtagtagccgaagcacacggcACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCGGGCCTACCAgc > 2:134333‑M2/41‑156 (MQ=255) cgtcgCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCAgcgtgcg < 2:202189/154‑1 (MQ=255) tagccgaagcacacggcACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGt < 2:313936‑M2/75‑1 (MQ=255) tagccgaagcacacggcACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGt > 1:313937‑M2/18‑92 (MQ=255) ctactactaCTCGGCACTGAAGCTTACCGATCGCCTCATCTCCACCCTGTTCCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCGTCGTGCGCGGCCGGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCAGCGTGCGTTGACCAAGCGTGCGGCGGCCAAGGAAGGGCTGGATGGCGAAGTCATCACCGAGGAGCCAAc < 2:201763/198‑1 (MQ=255) tacACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACCCCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCAGCGTGCGTTGACCAAGCGTGCGGCGGCCAAGGAAGGGCTGGAt < 2:284599/165‑1 (MQ=255) | CGGTGGCCGAGCACCAGCCTTCGGCACTGGCAGACGACGTGTTGGGCATCGGCGTGGTGCTGACCTGCTATGCGCTAATGGCCTGGCTGCTCAGCCGTCTGCTGCTCAGCAGCCCGGCACACCGTGACACCTCGCTGTTCCGCAGGGCGGTGGGGGTAGCGTTCACCGCCCTGCCCATCGCCCTGTTCGTCGCCGTGTGCTTCGGCTACTACTACACGGCACTGAAGCTTACCGATCGACTCATCTACACCCTGTACCTGCTGCTGTTCTGGTTGGTGATCGAAGCCGCCTTCGTGCGCGGCCTGTCGGTGGCTGCACGGCGCCTGGCCTACCAGCGTGCGTTGACCAAGCGTGCGGCGGCCAAGGAAGGGCTGGATGGCGAAGTCATCACCGAGGAGCCAACGCTG > AE015451/5783411‑5783817 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |