New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 5684488 = | 53 (0.860) | 3 (0.050) | 3/328 | NT | 5.4% | coding (2405/4941 nt) | PP_4988 | signal transduction histidine kinase CheA/CheY‑like receiver |
? | AE015451 | 5684611 = | 55 (0.930) | coding (2282/4941 nt) | PP_4988 | signal transduction histidine kinase CheA/CheY‑like receiver |
CGGCTCGGCCACCTGCGGCTGCAACGGCGGGCGTGGCAACCCCAAGGTATCGGATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCA > AE015451/5684259‑5684716 | aactgatcgagcaggttggccaggccgtggaccgccgcctggccagcctgcatgaagacccgcaccatgccggccgcagcaagcgtgatccgcagttggtcgccagcttcctggcccatgccatggacatcctgctcgatgcagagacgttgttgtcgcgctggcagcaacagcccggccagcgtgacgctctggataacctgctcgaccagatgaccaccctggggcaCGCTgc < 1:629148‑M1/6‑1 (MQ=255) tCGGCCACCTGCGGCTGCAACGGCGGGCGTGGCAACCCCAAGGTATCGGATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTg > 1:1064603/1‑236 (MQ=255) cTGCGGCTGCAACGGCGGGCGTGGCAACCCCAAGGTATCGGATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTg < 2:444408/222‑1 (MQ=255) cTGCGGCTGCAACGGCGGGCGTGGCAACCCCAAGGTATCGGATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTgaag < 1:459946/235‑1 (MQ=255) ggccaggccgtggaccgccgcctggccagcctgcatgaagacccgcaccatgccggccgcagcaagcgtgatccgcagttggtcgccagcttcctggcccatgccatggacatcctgctcgatgcagagacgttgttgtcgcgctggcagcaacagcccggccagcgtgacgctctggataacctgctcgaccagatgaccaccctggggcaCGCTgc < 1:507667‑M1/6‑1 (MQ=255) ggcgggcgTGGCAACCCCAAGGTATCGGATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGcc > 1:590951/1‑213 (MQ=255) ggcgTGGCAACCCCAAGGTATCGGATAGGTCCATGGCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGcc < 1:483871/209‑1 (MQ=255) cAACCCCAAGGTATCGGATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTg < 2:752166/198‑1 (MQ=255) aCCCCAAGGTATCGGATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGcc > 1:491955/1‑235 (MQ=255) cAAGGTATCGGATAGGTCTATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCTCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCcctcct < 1:614082/236‑1 (MQ=255) cAAGGTATCGGATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCcctcct < 1:984811/236‑1 (MQ=255) gATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGcc < 1:1090607/236‑1 (MQ=255) aGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCg > 2:450123/1‑176 (MQ=255) cATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGTAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCgg > 2:97340/1‑200 (MQ=255) 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caccaGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCCCGcacc > 1:53495/1‑217 (MQ=255) accaGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAg > 1:1021415/1‑236 (MQ=255) aGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCt > 1:580465/1‑208 (MQ=255) cGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGcc > 1:1030990/1‑225 (MQ=255) 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ggCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGGCCAGCAACGCCTCGCACACGTCCTCCATCTGCCACAGGGCGGCCAGGGgcg > 2:237474/1‑131 (MQ=255) cATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCcctcct > 1:937443/1‑57 (MQ=255) cATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCcctcct < 2:937442/57‑1 (MQ=255) cATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTtg > 1:268338/1‑193 (MQ=255) gggCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTg < 2:1021414/216‑1 (MQ=255) ggcaCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCca < 2:1061770‑M1/229‑1 (MQ=255) ggCCCGCTGCGCCTGGCGGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACg < 1:338514/209‑1 (MQ=255) gCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGcc < 2:161464/179‑1 (MQ=255) aCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAgcg < 1:24188‑M1/194‑1 (MQ=255) | CGGCTCGGCCACCTGCGGCTGCAACGGCGGGCGTGGCAACCCCAAGGTATCGGATAGGTCCATGTCCGGGTGCAGTGGTGTGACCGTATCGATGCCCACCAGGCCGGTGGCATCTGGCGCCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCA > AE015451/5684259‑5684716 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |