| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | 5684488 = | 53 (0.860) | 3 (0.050) | 3/328 | NT | 5.4% | coding (2405/4941 nt) | PP_4988 | signal transduction histidine kinase CheA/CheY‑like receiver |
| ? | AE015451 | 5684611 = | 55 (0.930) | coding (2282/4941 nt) | PP_4988 | signal transduction histidine kinase CheA/CheY‑like receiver | |||||
CCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGCGACCAACTGCGGATCACGCTTGCTGCGGCCGGCATGGTGCGGGTCTTCATGCAGGCTGGCCAGGCGGCGGTCCACGGCCTGGCCAACCTGCTCGATCAGTT > AE015451/5684378‑5684839 | ccAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTg < 1:731600/235‑1 (MQ=255) tggacatcctgctcgatgcagagacgttgttgtcgcgctggcagcaacagcccggccagcgtgacgctctggataacctgctcgaccagatgaccaccctggggcacgctgcgcacctggccgacctgtggcagatggatgacgtgtgcgaggcgttgctggacctgtatggcgctgtggaggagggcagcctgcctgccgatgcccgcttcttcagccaggcgcagcgTGcc < 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cGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTACGCCTGTCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGggtggt > 2:687935/1‑214 (MQ=255) cgctggcagcaacagcccggccagcgtgacgctctggataacctgctcgaccagatgaccaccctggggcacgctgcgcacctggccgacctgtggcagatggatgacgtgtgcgaggcgttgctggacctgtatggcgctgtggaggagggcagcctgcctgccgatgcccgcttcttcagccaggcgcagcgt < 1:24188‑M2/1‑1 (MQ=255) gAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCggg > 1:602270/1‑235 (MQ=255) atatCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCg < 1:105147/201‑1 (MQ=255) cccGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAgg < 1:328448/178‑1 (MQ=255) ccGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTc > 2:1090493/1‑191 (MQ=255) ggCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGACTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCCGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTgg > 1:248169/1‑187 (MQ=255) cgccACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCCGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTtg > 1:189554/1‑225 (MQ=255) 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ggcaCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCca < 2:1061770‑M1/229‑1 (MQ=255) ggCCCGCTGCGCCTGGCGGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACg < 1:338514/209‑1 (MQ=255) gCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGcc < 2:161464/179‑1 (MQ=255) aCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAgcg < 1:24188‑M1/194‑1 (MQ=255) GCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGGCCAGCAACGCCCCGCACACGGCATCCATCTGCCAAAGGTCGGCCAGGCGCGCAGCGTGCCCCCGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGtt < 2:122037‑M1/154‑1 (MQ=255) CTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGCGCAGGATGTCcatggcatgg < 1:318074‑M1/235‑1 (MQ=255) ggCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAg > 1:983822/1‑236 (MQ=255) ccgacctgtggcagatggatgacgtgtgcgaggcgttgctggacctgtatggcgctgtggaggagggcagcctgcctgccgattcccgcttcttcagccaggcgcagcgTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGctt > 1:250435‑M2/110‑158 (MQ=255) gaagCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGt < 1:228003/128‑1 (MQ=255) gggCATCGGCATGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGTCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGTTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGacaa < 1:101268/178‑1 (MQ=255) ggCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCagag > 2:645575/1‑140 (MQ=255) gCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGggtggt > 2:742360/1‑113 (MQ=255) agcGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGGGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCa < 2:1031250/192‑1 (MQ=255) 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ggCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGc > 2:352655/1‑144 (MQ=255) ggCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGCGACCaa > 1:402800/1‑150 (MQ=255) ggCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGCGACCAACTGCGGATCACGCTTGCTGCGGCCGGCATGGTGCGGGTCTTCATGCAGGCTGGCCAGGCGGCGGTCCACGGCCTGGCCAACCt > 2:749525/1‑233 (MQ=255) ggCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGGGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGCGACCAACTGCGGATCACGCTTGCTGCGGCCGGCATGGTGCGGGTCTTCATGCAGGCTGGCCAgg < 1:735944/208‑1 (MQ=255) aGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGCGACCAACTGCGGATCACGCTTGCTGCGGCCGGCATGGTGCGGGTCtt > 2:1021840/1‑187 (MQ=255) aGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGCGACCAACTGCGGATCACGCTTGCTGCGGCCGGCATGGTGCGGGTCTTCATg > 2:211529/1‑191 (MQ=255) gcagcgTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGCGACCAACTGCGGATCACGCTTGCTGCGGCCGGCATGGTGCGGGTCTTCATGCAGGCTGGCCAGGCGGCGGTCCACGGCCTGGcc < 1:507667‑M2/212‑1 (MQ=255) gcagcgTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGCGACCAACTGCGGATCACGCTTGCTGCGGCCGGCATGGTGCGGGTCTTCATGCAGGCTGGCCAGGCGGCGGTCCACGGCCTGGCCAACCTGCTCGATCAGtt < 1:629148‑M2/229‑1 (MQ=255) | CCAGGGCCTGGTCCAGCAGGTTGCGCAGACGGTCGACCAGCTCCGGGCGCGGTGGAATATCCTGCCCGGCCGCCACTTCGTCCAGCATGTCCAGCAAGGCTTCATGGGCCCGCTGCGCCTGGCTGAAGAAGCGGGCATCGGCAGGCAGGCTGCCCTCCTCCACAGCGCCATACAGGTCCAGCAACGCCTCGCACACGTCATCCATCTGCCACAGGTCGGCCAGGTGCGCAGCGTGCCCCAGGGTGGTCATCTGGTCGAGCAGGTTATCCAGAGCGTCACGCTGGCCGGGCTGTTGCTGCCAGCGCGACAACAACGTCTCTGCATCGAGCAGGATGTCCATGGCATGGGCCAGGAAGCTGGCGACCAACTGCGGATCACGCTTGCTGCGGCCGGCATGGTGCGGGTCTTCATGCAGGCTGGCCAGGCGGCGGTCCACGGCCTGGCCAACCTGCTCGATCAGTT > AE015451/5684378‑5684839 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |