| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | 5744108 = | 92 (1.490) | 3 (0.050) | 3/332 | NT | 3.3% | coding (1757/2451 nt) | glgP | glycogen phosphorylase |
| ? | AE015451 | 5744125 = | 88 (1.470) | coding (1740/2451 nt) | glgP | glycogen phosphorylase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAACGGTGTGCATCAGGTTGAGCAACTGGCGCTTGTATTCGTGAATACGTTTAACCTGAACGTCGAATAGCGCCTCGGGGTTGACCGTGACGCCGATGCGATCCTGAATGATGCTGGCCAGGGCGCGCTTGCTGTGCAGCCGCTGGGCAGCGAACTGTTTGCGGAACCCG > AE015451/5743889‑5744323 | gCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTgg < 2:1006758/232‑1 (MQ=255) aaCCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTc > 1:182072/1‑235 (MQ=255) cgcgGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGc < 1:378864/236‑1 (MQ=255) cgcgGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGc < 1:925289/236‑1 (MQ=255) cgGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGAGGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGc < 2:1051291/234‑1 (MQ=255) ggTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCg > 2:1026929/1‑234 (MQ=255) atatCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCGCCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGcc < 1:309132/236‑1 (MQ=255) atCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTg < 1:1011116/236‑1 (MQ=255) atCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTg < 1:532870/236‑1 (MQ=255) atCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTg < 1:221720/236‑1 (MQ=255) atCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTg < 1:106414/236‑1 (MQ=255) 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cGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAACGGTGTGCATCAGGTTGAGCAACTGGCGCTTGTATTCGTGAATACGTTTAACCTGAACGTCGAATAGCGCCTCGGGGTTGACCg > 2:478855/1‑213 (MQ=255) cGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAACGGTGTGCATCAGGTTGAGCAACTGGCGCTTGTATTCGTGAATACGTTTAACCTGAACGTCGAATAGCGCCTCGGGGTTGACCGTGACGCCGATGCGATCCTGAat > 1:771045/1‑235 (MQ=255) aTGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGc > 2:516587/1‑106 (MQ=255) aTGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGc < 1:516588/106‑1 (MQ=255) ggCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAACGGTGTGCATCAGGTTGAGCAACTGGCGCTTGTATTCGTGAATACGTTTAACCTGAACGTCGAATAgcgc < 2:394469/189‑1 (MQ=255) ggCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGCCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAACGGTGTGCATCAGGTTGAGCAACTGGCGCTTGTATTCGTGAATACGTTTAACCTGAACGTCGAATAGCGCCTCGGGGTTGACCGTGACGCCGATGCGATCCTGAatga > 1:743651/1‑227 (MQ=255) gCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGTTGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAACGGTGTGCATCAGGTTGAGCAACTGGCGCTTGTATTCGTGAATACGTTTAACCTGAACGTCGAATAGCGCCTCGGGGTTGACCGTGACGCCGATGCGATCCTGAat < 2:595142/224‑1 (MQ=255) cAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAACGGTGTGCATCAGGTTGAGCAACTGGCGCTTGTATTCGTGAATACGTTTAACCTGAACGTCGAATAGCGCCTCGGGGTTGACCGTGACGCCGATGCGATCCTGAATGATGCTGGCCa < 2:580237/234‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAACGGTGTGCATCAGGTTGAGCAACTGGCGCTTGTATTCGTGAATACGTTTAACCTGAACGTCGAATAGCGCCTCGGGGTTGACCGTGACGCCGATGCGATCCTGAatg < 2:137743/172‑1 (MQ=255) aTCTTCAGCCGCGGCACCCAGTTGGGGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACa < 2:208563/55‑1 (MQ=255) tcccGCGGCGCGCTGTTGGGGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAAc < 2:109427/55‑1 (MQ=255) | GCTTCGTAACCCGCGGTGGATATCTGCTCGGAAAGGTCCGCCGCCGGGATGATGCTCTCGGCCAGGCTGACGTTGTAGTTGGGCAGGAACACCACCTTCAGCAGGCCGCGCACTGTCGGGTCGTTGTTCACCACCCGGGCGATGTCGTTGGCAAGTTTGATGATCAGTTTGGCCTGATGGTAACTGGCCGCAGCCTTGCCAGCGAAGATCTTCACCCGCGGCACCCAGTTGGTGCCAGGTTCGTTGCGTATGGCCTGGTACAGTGCAACGGTGTGCATCAGGTTGAGCAACTGGCGCTTGTATTCGTGAATACGTTTAACCTGAACGTCGAATAGCGCCTCGGGGTTGACCGTGACGCCGATGCGATCCTGAATGATGCTGGCCAGGGCGCGCTTGCTGTGCAGCCGCTGGGCAGCGAACTGTTTGCGGAACCCG > AE015451/5743889‑5744323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |