| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | = 5986679 | 66 (1.070) | 3 (0.050) | 3/328 | NT | 4.4% | coding (946/987 nt) | PP_5245 | Transcriptional regulator, AraC family |
| ? | AE015451 | = 5986783 | 69 (1.170) | intergenic (+63/‑136) | PP_5245/kefB‑III | Transcriptional regulator, AraC family/glutathione‑regulated potassium/H+ antiporter | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAATGGCCGAACTGGTGGCCATGAGCGGGCGTAACTTTGCCCGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAATTGTCCGTCAAACTGTTCGAACGCTGCCCCGGCAGCTCATGGAGTACG > AE015451/5986452‑5986913 | aaaTGGCCGAACTGGTGGCCATGAGCGGGCGTAACTTTGCCCGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCgg < 1:1004342/236‑1 (MQ=255) gAACTGGTGGCCATGAGCGGGCGTAACTTTGCCCGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGtt < 1:695431/236‑1 (MQ=255) tggtggCCATGAGCGGGCGTAACTTTGCCCGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTtg > 2:463600/1‑234 (MQ=255) ccATGAGCGGGCGTAACTTTGCCCGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGt < 1:936792/236‑1 (MQ=255) ttGCCCGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCggg > 2:547283/1‑201 (MQ=255) ttGCCCGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCggg < 1:547284/201‑1 (MQ=255) cccGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCt < 2:863985/234‑1 (MQ=255) ccGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGTGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAg < 1:793984/229‑1 (MQ=255) aCGGTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCACGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAAc < 1:846399/214‑1 (MQ=255) tCTGCGCGAGGTGGGCAGTACGCCGCTGAAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGGTCGGACGAGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTtggt < 1:70127/199‑1 (MQ=255) cgAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGTATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGgcgc < 1:577001/235‑1 (MQ=255) gCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTcc < 1:389595/236‑1 (MQ=255) cgccgcTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTcc < 2:749128/230‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAg < 1:784081/236‑1 (MQ=255) tGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATa > 2:903222/1‑234 (MQ=255) gCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGc < 1:463601/235‑1 (MQ=255) cAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCAGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTcgc > 2:1112874/1‑207 (MQ=255) aCCTGCAGAATGCGCGCATCGTTCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGgcgcgc < 1:264527/211‑1 (MQ=255) tGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGccc < 1:15502/210‑1 (MQ=255) tGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGc < 1:272614/233‑1 (MQ=255) 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cgcAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGa < 1:903223/235‑1 (MQ=255) gcAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACCCATGCGCAAGGTATCCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAg > 2:354207/1‑119 (MQ=255) cAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTcc < 2:534180/187‑1 (MQ=255) ttGCGCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGGTAGCACAGGCCTTGAGCCACGGTAAGCGCCGGCACCg > 2:623672/1‑228 (MQ=255) 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ggTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTaa > 2:1023444/1‑139 (MQ=255) ggTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAAt < 2:625410/222‑1 (MQ=255) gTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCATAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACt < 2:602590/209‑1 (MQ=255) aTTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCttacctgggctcaaggcctgtgctatctctgtgggagcgggcg > 2:1097891‑M1/1‑32 (MQ=255) aTTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGt > 2:600759/1‑35 (MQ=255) aTTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGt < 1:600760/35‑1 (MQ=255) tttGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTggacaggacca > 2:116126/1‑164 (MQ=255) tttGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAATTGTCCGTCAAACTGTTCGaa > 1:874000/1‑235 (MQ=255) tGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAATTGTCCGTCAAACTGTTCGAACGc < 1:732452/236‑1 (MQ=255) cGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAATTGTCCGTCAAACTGTTCGAACGCTGcc > 1:1128552/1‑236 (MQ=255) tGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAATTGTCCGTCAAACTGTTCGAACGCTGCCCCGGc < 1:1052497/236‑1 (MQ=255) tGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAATTGTCCGTCAAACTGTTCGAACGCTGCCCCGGCAGCTc < 1:932796/236‑1 (MQ=255) tGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAATTGTCCGTCAAACTGTTCGAACGCTGCCCCGGCAGCTc < 1:886713/236‑1 (MQ=255) cGGCGCttacctgggctcaaggcctgtgctatctctgtgggagcgggcgcgcccgcgaagaaggcagcgctaatcggactgttcaccgccaccaaactgtgcccgatactgcgccggcgtcatgccaattcgctcaaagaataccttgcgcatgtgtcggtcactgccaaacccgcactgcgccgccaccaccttcatcggcaggtcaccgcatt > 2:779678‑M1/1‑6 (MQ=255) cGGCGCttacctgggctcaaggcctgtgctatctctgtgggagcgggcgcgcccgcgaagaaggcagcgctaatcggactgttcaccgccaccaaactgtgcccgatactgcgccggcgtcatgccaattcgctcaaagaataccttgcgcatgtgtcg < 1:1089131‑M1/159‑154 (MQ=255) cGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTAccc > 1:815316/1‑185 (MQ=255) gcgcAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCGCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGa < 2:895744/121‑1 (MQ=255) gcAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAATTGTCCGTCAAACTGTTCGAACGCTGCCCCGGCAGCTCATGGAGTACg > 1:428075/1‑236 (MQ=255) | AAATGGCCGAACTGGTGGCCATGAGCGGGCGTAACTTTGCCCGGACGTTTCTGCGCGAGGTGGGCATTACGCCGCTGCAGTACCTGCAGAATGCGCGCATCGATCGTACGCGCAAGTTGCTCGAATGCGGTGACCTGCCGATGAAGGTGGTGGCGGCGCAGTGCGGGTTTGGCAGTGACCGACACATGCGCAAGGTATTCTTTGAGCGAATTGGCATGACGCCGGCGCAGTATCGGGCACAGTTTGGTGGCGGTGAACAGTCCGATTAGCGCTGCCTTCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGAGATAGCACAGGCCTTGAGCCCAGGTAAGCGCCGGCACCGATTGTCACTCTGGACAGGACAATTTTTCTTCCCGTCAGATGATTGTCTGACGCCACACTACCCCTCAGAATTGTCCGTCAAACTGTTCGAACGCTGCCCCGGCAGCTCATGGAGTACG > AE015451/5986452‑5986913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |