Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC | AE015451 | 303,121 | +GCT | 89.4% | coding (1286/1314 nt) | envZ → | Osmolarity sensor protein EnvZ |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 303121 | 5 (0.090) | 43 (0.710) +GCT |
33/316 | NT | 89.4% | coding (1286/1314 nt) | envZ | Osmolarity sensor protein EnvZ |
? | AE015451 | 303122 = | 5 (0.080) | coding (1287/1314 nt) | envZ | Osmolarity sensor protein EnvZ |
TCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCTGATTGGGCCCGCCATTCTTCTCCAGGTGCTCGATGATCATCCCG > AE015451/302911‑303316 | gtgtgctggaccggggcaccggtattgacgagtcggagctggaaaccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcggggcaggttgccgctggggctgctgct > 1:66249‑M2/212‑217 (MQ=255) gtgctggaccggggcaccggtattgacgagtcggagctggaaaccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCtgtgt > 1:518163‑M2/210‑235 (MQ=255) caccggtattgacgagtcggagctggaaaccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGcc > 1:972324‑M2/196‑235 (MQ=255) caccggtattgacgagtcggagctggaaaccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGcc > 1:740413‑M2/196‑235 (MQ=255) tattgacgagtcggagctggaaaccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtccggttgccgctggggctg > 2:8965‑M2/190‑190 (MQ=255) gacgagtcggagctggaaaccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctgctgctg < 2:607815‑M2/7‑1 (MQ=255) tcggagctggaaaccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGc < 1:721465‑M2/56‑1 (MQ=255) gcggggctggaaaccatcttcaccccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTaa < 2:560116‑M2/53‑1 (MQ=255) gagctggaaaccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaacgggctggcggcgggatcgaggcgcgggtcagggtgccgctggggctgc > 1:292600‑M2/177‑178 (MQ=255) gaatccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctgctgctgctgc < 1:679386‑M2/11‑1 (MQ=255) ccatcttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAg < 2:972323‑M2/67‑1 (MQ=255) cttcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCtgt > 2:896033‑M2/163‑186 (MQ=255) tcaacccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGAtt < 2:679991‑M2/72‑1 (MQ=255) gcgttcagtcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctgctgctg < 2:34921‑M2/7‑1 (MQ=255) ccgttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggaaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGcc < 1:5245‑M2/12‑1 (MQ=255) gttcattcgcggtgatcgggcacggggcggcaagggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTaa < 1:362892‑M2/53‑1 (MQ=255) tGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCTGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGc < 1:277835/169‑1 (MQ=255) gggcaccgggctggggctggtgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAg < 1:495338‑M2/67‑1 (MQ=255) gggcaccgggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCggg < 2:740412‑M2/113‑1 (MQ=255) gggctggggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTaa < 2:170216‑M2/53‑1 (MQ=255) ccGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTgc > 1:62614/1‑186 (MQ=255) ggggatggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGcggcgg < 1:368759‑M2/112‑1 (MQ=255) ggctggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgtgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGcc < 2:1110690‑M2/57‑1 (MQ=255) tggcgatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGc < 2:643709‑M2/130‑1 (MQ=255) gatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAg < 1:1124170‑M2/67‑1 (MQ=255) gatcgtcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAg > 2:1124169‑M2/100‑166 (MQ=255) tcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACgg < 2:959086‑M2/49‑1 (MQ=255) tcaagcggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACgg > 1:959087‑M2/95‑143 (MQ=255) aaGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCAcc < 2:62614/151‑1 (MQ=255) ggattgctgcgcaacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAg < 2:853005‑M2/55‑1 (MQ=255) ctgcgcaacatggcgggaacggggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGa < 2:298846‑M2/70‑1 (MQ=255) aacatggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCTGATTGGGcc > 1:1101146‑M2/77‑236 (MQ=255) ggcgggaacgtggagttgcgtatccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAg < 2:305208‑M2/55‑1 (MQ=255) ggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtccggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTcc > 1:1047428‑M2/72‑216 (MQ=255) ggcgggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCTGATTGGGCCCGc < 2:1101145‑M2/163‑1 (MQ=255) gggaacgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCCAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCa > 2:760996‑M2/69‑145 (MQ=255) ccgtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTg < 2:123648‑M2/73‑1 (MQ=255) gtggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCTGATTGGGCCCGCCAttc < 1:622035‑M2/168‑1 (MQ=255) tggagttgcgtaaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTCCAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGc > 2:1096813‑M2/62‑152 (MQ=255) gcgtaaccgttcgggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCctc < 2:134991‑M2/42‑1 (MQ=255) aaccggtctggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCTGATTGGGCCCGCCATTCTTCTCCAGGTGCTCgat > 1:1102419‑M2/51‑235 (MQ=255) ggcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCcg > 1:378346‑M2/42‑142 (MQ=255) gcggggggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGCGGCGCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGcc < 2:513990‑M2/100‑1 (MQ=255) gcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGGTTGAATCAGCCTTTGccc > 1:27242‑M2/41‑178 (MQ=255) gcggcgggatcgaggcgcgggtcaggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCCGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCTGATTGGGCCCGCCATTCTTCTCCAGGt > 1:1126411‑M2/41‑218 (MQ=255) cTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCTGATTGGGCCCGCCATTCTTCTCCAGGTGCTCGATGATCATCCCg < 1:1086056/235‑1 (MQ=255) gggcgcgggtccggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCGCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGa < 2:313638‑M2/124‑1 (MQ=255) cgcgGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCgggc > 1:60440/1‑170 (MQ=255) caggttgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCAGTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCa > 2:924774‑M2/19‑107 (MQ=255) tgccgctggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCTGATTGGGCCCGCCATTCTTCTCCAGGTGCTCGATGATCATCCCg < 1:725943‑M2/195‑1 (MQ=255) tggggctGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCt > 2:1106435‑M2/8‑158 (MQ=255) | TCAGTGTGCTGGACCGGGGCACCGGTATTGACGAGTCGGAGCTGGAAACCATCTTCAACCCGTTCATTCGCGGTGATCGGGCACGGGGCGGCAAGGGCACCGGGCTGGGGCTGGCGATCGTCAAGCGGATTGCTGCGCAACATGGCGGGAACGTGGAGTTGCGTAACCGGTCTGGCGGCGGGATCGAGGCGCGGGTCAGGTTGCCGCTGGGGCTGCTGCTGCCGCGTAATGCTGTGTGAGGCTCACTGGCCTCTTCACGGCTAAAGCCGCACCTACAGGGATTGCGCAGTACCTGTGGCAGCGGCTTGGCCGCGAAGCGGCGGGTAGAGGCTTGAATCAGCCTTTGCCCTTGGTCCGGGTCTGATTGGGCCCGCCATTCTTCTCCAGGTGCTCGATGATCATCCCG > AE015451/302911‑303316 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |