| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AE015451 | 5020424 = | 92 (1.490) | 5 (0.080) | 5/328 | NT | 5.7% | coding (111/468 nt) | PP_4424 | Uncharacterized HTH‑type transcriptional regulator y4tD |
| ? | AE015451 | 5020446 = | 79 (1.340) | coding (133/468 nt) | PP_4424 | Uncharacterized HTH‑type transcriptional regulator y4tD | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TAGCATTGGCATTTAGCTTTGTTGGCTGACGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTTACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGATGCTGACTTTGTACTCCTCGTAACCTCAAAGGATATGGAGGACTACGAGAACTTCACCC > AE015451/5020215‑5020680 | taGCATTGGCATTTAGCTTTGTTGGCTGACGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTTACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTg < 2:504399/235‑1 (MQ=255) aTTGGCATTTAGCTTTGTTGGCTGACGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTTACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTg < 2:302740/231‑1 (MQ=255) aTTTAGCTTTGTTGGCTGACGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTTACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGTGGTCATc > 1:432236/1‑236 (MQ=255) aTTTAGCTTTGTTGGCTGACGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTTACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATc > 1:103177/1‑236 (MQ=255) aTTTAGCTTTGTTGGCTGACGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTTACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATc > 1:525248/1‑236 (MQ=255) tgGCTGACGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTTACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCga > 1:1109899/1‑226 (MQ=255) gACGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTAACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCcat < 1:1069903/236‑1 (MQ=255) cGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTTACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCg < 1:1022542/224‑1 (MQ=255) 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cTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGa < 1:267745/236‑1 (MQ=255) ttGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGCGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTa > 2:1000211/1‑192 (MQ=255) ttGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGGCACCAtgctggtg > 2:193245/1‑134 (MQ=255) ggTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACAt > 1:170406/1‑164 (MQ=255) 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ttATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGATGCTGACTTTGTActcct < 2:103177/236‑1 (MQ=255) ttCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATcc > 1:201247/1‑199 (MQ=255) ggCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGATGCTGACTTTGTACTCCTCGTAACCTCaa > 2:328425/1‑236 (MQ=255) ggCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGATGCTGACTTTGTACTCCTCGTAACCTCaa > 1:1021466/1‑236 (MQ=255) gCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCAc > 1:1098301/1‑200 (MQ=255) tGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGCGAAGGGGTCATCGAGATCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTAt < 2:1111347/137‑1 (MQ=255) cactGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCAtgct < 2:13270‑M1/93‑1 (MQ=255) ccAGCTCAGGCTTAAGCGCCTGCTAAGTGAAGCGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTTGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCAt < 1:609185/177‑1 (MQ=255) aGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACAGCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGa < 1:71268/199‑1 (MQ=255) 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cAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGATGCTGACTTTGTACTCCTCGTAACCTCAAAGGCTATGGAGGACTACGAGAACTTCAc > 1:905792‑M2/2‑234 (MQ=255) cAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGATGCTGACTTTGTACTCCTCGTAACCTCAAAGGATATGGAGGACTACGAGAACTTCAccc > 1:1056237‑M2/2‑236 (MQ=255) aGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGATGCTGACTTTGTACTCCTCGTAACCTCAAAGGATATgg < 1:1039743/214‑1 (MQ=255) | TAGCATTGGCATTTAGCTTTGTTGGCTGACGTATCTGATGTACACTCAGCTAACGCAACTGACACATTTTCATCAAGTATTAGTAGGGGTGAGAAACTCATGGAGCTTGATAGGATTGACTTACGAATTTTAAGTGCCTTGCAAGTCAACAATAGGCTCACCTCTGAAGAGCTTGGTGATTTGGTCGGTTTATCTTCCACGGCCTGCCAGCGCAGGCTTAAGCGCCTGCGCAGTGAAGGGGTCATCGAGAGCGACATCTCCATCATCAACCCTAAAGCGGTTGGAAGGCATGTCACCATGCTGGTGCTGGTCACTTTGGAACGAGAGCGCTCAGACATTATCGATAAGTTCAAGCAGGCCATTAAAAATACTCCTGAGGTCATGAGCGGATCCTATGTCACGGGTGATGCTGACTTTGTACTCCTCGTAACCTCAAAGGATATGGAGGACTACGAGAACTTCACCC > AE015451/5020215‑5020680 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |