New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 5363484 | 71 (1.150) | 5 (0.080) | 5/328 | NT | 7.8% | coding (282/1341 nt) | glmM | Phosphoglucosamine mutase |
? | AE015451 | = 5363528 | 51 (0.860) | coding (238/1341 nt) | glmM | Phosphoglucosamine mutase |
AGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGCCGGCTTCGAGTGCGGACTCGAACATGTAGCCGGAGATACGCGTGTCCTTGCCCACCAGCACGCGGCAATGGCCTTGCTTGCGGAAGGCCATGCCGGCCGCCCAGCCAAGCTTCAGCATGAAGTCAGGCGTGATCGGGTATTCGCCGACGCGGCCACGAATGCCGTCGGTACCAAAGTATTTT > AE015451/5363297‑5363757 | aGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTc < 2:682846‑M2/233‑2 (MQ=255) gCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTcg > 2:683258‑M2/1‑231 (MQ=255) ggcggcATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGcc > 1:295601/1‑236 (MQ=255) cATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCg > 2:691093/1‑233 (MQ=255) gATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGagcagc < 2:616365/232‑1 (MQ=255) gCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTcggcatcgtca > 1:41849‑M2/1‑198 (MQ=255) cccAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGccc < 2:810113/209‑1 (MQ=255) ccAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTcggcatcgtcatcag > 2:706027‑M2/1‑196 (MQ=255) ccAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGccc < 1:9550/208‑1 (MQ=255) gACAACGTTCATCGGTTGGTCGGTCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGTCCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCgg < 1:5836/209‑1 (MQ=255) tCGGTCATCAGCTCGGCCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGCCGGCTTCGAGTGCGGACTCGAACATGTAGCCGGAGATAc < 1:193070/235‑1 (MQ=255) cGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGGCGGCATCGGCCCgg > 2:765805/1‑161 (MQ=255) atcaGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGCCGGCTTCGAGTGCGGACTCGAACATGTAGCCGGAGATACGCGTGTc > 1:813952/1‑236 (MQ=255) 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cTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGCCGGCTTCGGGGGCGGACTCGAACATGGAGCCGgaga > 1:368394/1‑215 (MQ=255) cGTCCGGCGGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTcggcatcgtcatcagtgcctcgcacaacccgcacgatgacaacgg > 1:796124‑M2/1‑130 (MQ=255) ccGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGGGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGcc > 2:300871/1‑164 (MQ=255) ccGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGcc > 2:315045/1‑175 (MQ=255) 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tGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGCGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGCCGGCTTCGAGTGCGGACTCGAACATGTAGCCGGAGATACGCGTGTCCTTGCCCACCAGCACGCGGCAATg < 1:1072272/235‑1 (MQ=255) ggTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGCCGATTCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCgg < 2:556026/146‑1 (MQ=255) ggTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGGAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGagcagc > 1:357285/1‑136 (MQ=255) tGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGCCGGCTTCGAGTGCGGACTCGAACATGTAGCCGGAGATACGCGTGTCCTTGCCCACCAGCACGCGGCAATGGCct > 1:502764/1‑236 (MQ=255) 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cGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGCCGGCTTCGAGTGCGGACTCGAACATGTAGCCGGAGATACGCGTGTCCTTGCCCACCAGCACGCGGCAATGGCCTTGCTTGCGGAAGGCCATGCCGGACGCCCAGCCAAGCTTCAGCATGAAGTCa > 1:85254/1‑178 (MQ=255) tCGGCACCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGCCGGCTTCGAGTGCGGACTCGAACATGTAGCCGGAGATACGCGTGTCCTTGCCCACCAGCACGCGGCAATGGCCTTGCTTGCGGAAGGCCATGCCGGCCGCCCAGCCAAGCTTCAGCATGAAGTCAGGCGTGATCGGGTATTCGCCGACGCGGCCACGAATGCCGTCGGt < 1:331938/217‑1 (MQ=255) | AGCGGCCGGCGGCATCGTTGATACGCGAAACCTTGCCCAGCTTGCCCGACTCGACAACGGTCATCGGTTGGTCGAGCAGCTCTTCGATCATCAGCTCGACCTCGTCCGGCAGCTTGGTGCCCTGGCCCGAGAAGAACTTGATGCCGTTGTCATCGTGCGGGTTGTGCGAGGCACTGATGACGATGCCGGCTTCGGCGTGGAAGGTACGCGTGAGGTAAGCGATGGCCGGTGTCGGCATCGGCCCGAGCAGCATCACATCGGCACCTGCCGCGGACAGGCCGGCTTCGAGTGCGGACTCGAACATGTAGCCGGAGATACGCGTGTCCTTGCCCACCAGCACGCGGCAATGGCCTTGCTTGCGGAAGGCCATGCCGGCCGCCCAGCCAAGCTTCAGCATGAAGTCAGGCGTGATCGGGTATTCGCCGACGCGGCCACGAATGCCGTCGGTACCAAAGTATTTT > AE015451/5363297‑5363757 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |