New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 5334991 = | 61 (0.850) | 7 (0.100) | 7/332 | NT | 11.2% | coding (1421/2976 nt) | PP_4695 | Sensory box histidine kinase |
? | AE015451 | 5335018 = | 53 (0.780) | coding (1448/2976 nt) | PP_4695 | Sensory box histidine kinase |
CAGAGCCTGGCCAACCTGGGCATCGTCGCCTTCGTCGCCACCTTGCAGTTCCTGCCCGGAGTGCTGTCGGTACTCTACTGGCCAACCGCCAACCGCCGCGGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGAAGTCGAGCAAGCACTGCGCGACCT > AE015451/5334756‑5335225 | gggcggcgttcgtcgaacggcaggtagaggtcgcgcagtgcttgctcgacttccttttgcgcggccttggcgcccagcggcttggccagctgggtggcgaattcctgcggcgaggcggcgtgcagctcgcggcgctgtgggcggcgcacgttatccacggcacaggcttcggccgcactgacctcttcggtgctggcgttggtgaacagtgagatcagggtgaacagcagcacgtt > 1:1170039‑M1/236‑236 (MQ=255) cggcgttcgtcgaacggcaggtagaggtcgcgcagtgcttgctcgacttccttttgcgcggccttggcgcccagcggcttggccagctgggtggcgaattcctgcggcgaggcggcgtgcagctcgcggcgctgtgggcggcgcacgttatccacggcacaggcttcggccgcactgacctcttcggtgctggcgttggtgaacagtgagatcagggtgaacagcagcacgtt > 2:1102319‑M1/233‑233 (MQ=255) cgttcgtcgaacggcaggtagaggtcgcgcagtgcttgctcgacttccttttgcgcggccttggcgcccagcggcttggccagctgggtggcgaattcctgcggcgaggcggcgtgcagctcgcggcgctgtgggcggcgcacgttatccacggcacaggcttcggccgcactgacctcttcggtgctggcgttggtgaacagtgagatcagggtgaacagcagcacgtTgg < 1:937265‑M1/3‑1 (MQ=255) ttcgtcgaacggcaggtagaggtcgcgcagtgcttgctcgacttccttttgcgcggccttggcgcccagcggcttggccagctgggtggcgaattcctgcggcgaggcggcgtgcagctcgcggcgctgtgggcggcgcacgttatccacggcacaggcttcggccgcactgacctcttcggtgctggcgttggtgaacagtgagatcagggtgaacagcagcacgtTGgccg < 2:824097‑M1/6‑1 (MQ=255) ttcgtcgaacggcaggtagaggtcgcgcagtgcttgctcgacttccttttgcgcggccttggcgcccagcggcttggccagctgggtggcgaattcctgcggcgaggcggcgtgcagctcgcggcgctgtgggcggcgcacgttatccacggcacaggcttcggccgcactgacctcttcggtgctggcgttggtgaacagtgagatcagggtgaacagcagcacgtTGGCCGCCa < 1:1057795‑M1/9‑1 (MQ=255) ggCATCGTCGCCTTCGTCGCCACCTTGCAGTTCCTGCCCGGAGTGCTGTCGGTACTCTACTGGCCAACCGCCAACCGCCGCGGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGtt < 1:737219/236‑1 (MQ=255) cATCGTCGCCTTCGTCGCCACCTTGCAGTTCCTGCCCGGAGTGCTGTCGGTACTCTACTGGCCAACCGCCAACCGCCGCGGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGt < 2:605374/233‑1 (MQ=255) cgtcgCCTTCGTCGCCACCTTGCAGTTCCTGCCCGGAGTGCTGTCGGTACTCTACTGGCCAACCGCCAACCGCCGCGGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTggcg < 1:625375/235‑1 (MQ=255) gtcgCCTTCGTCGCCACCTTGCAGTTCCTGCCCGGAGTGCTGTCGGTACTCTACTGGCCAACCGCCAGCCGCCGCGGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTggcgg < 1:718144/235‑1 (MQ=255) gCCACCTTGCAGTTCCTGCCCGGAGTGCTGTCGGTACTCTACTGGCCAACCGCCAACCGCCGCGGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGtgctgc < 1:633696/235‑1 (MQ=255) 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< 2:234791/150‑1 (MQ=255) aCCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGccc < 2:453205/233‑1 (MQ=255) gtgtGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTgc < 1:534941/220‑1 (MQ=255) tgtgGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAgcgc > 2:813304/1‑233 (MQ=255) 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gctgtgCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCGACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAg < 1:85261/122‑1 (MQ=255) gtgCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGa < 1:576194/236‑1 (MQ=255) tgCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGa < 1:1031394/235‑1 (MQ=255) tGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGa < 2:1268329/232‑1 (MQ=255) acgacACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCAGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGc > 1:37381/1‑201 (MQ=255) acgacACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCAGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGc < 2:37380/201‑1 (MQ=255) cgacACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCACGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGAAGTc > 1:267240/1‑232 (MQ=255) gacACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTggtgtc < 1:403055/197‑5 (MQ=255) gacACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCaa > 1:593388/1‑212 (MQ=255) tgaacagcagcacgtTGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGCGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGa < 1:1160607‑M1/160‑1 (MQ=255) acacCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGa > 1:957602/1‑226 (MQ=255) acCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCt > 1:845753/1‑200 (MQ=255) cAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGAAGTCGagcaagca > 1:1234236/1‑235 (MQ=255) tGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGAAGTCGAGCAAGCACt < 2:769595/233‑1 (MQ=255) ggCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGa < 1:1075594/217‑1 (MQ=255) ggCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGa > 2:1075589/1‑217 (MQ=255) aTGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGAAGTCGAGCAAGCACTGCGCGACct > 1:917274/1‑236 (MQ=255) TGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAACCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCCAAAGGAAgta < 1:90588‑M1/215‑2 (MQ=255) TGGCCGCCATCGCCTCGTTCGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGcc > 1:17091‑M1/1‑200 (MQ=255) | CAGAGCCTGGCCAACCTGGGCATCGTCGCCTTCGTCGCCACCTTGCAGTTCCTGCCCGGAGTGCTGTCGGTACTCTACTGGCCAACCGCCAACCGCCGCGGTTTCATCGCCGGGCTGCTGGCCGGCACCCTGGTGTGGATGGTGACCATGCTGCTGCCGCTTCTCGGCAACTTGCAGGGTTTCTACATCCCGCTGCTGGACATGATCTATGTGCTGGACGACACCAGCTGGCACATGGCCGCCATCGCCTCGTTGGCGGCCAACGTGCTGCTGTTCACCCTGATCTCACTGTTCACCAACGCCAGCACCGAAGAGGTCAGTGCGGCCGAAGCCTGTGCCGTGGATAACGTGCGCCGCCCACAGCGCCGCGAGCTGCACGCCGCCTCGCCGCAGGAATTCGCCACCCAGCTGGCCAAGCCGCTGGGCGCCAAGGCCGCGCAAAAGGAAGTCGAGCAAGCACTGCGCGACCT > AE015451/5334756‑5335225 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |