New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 1190971 = | 32 (0.780) | 4 (0.100) | 4/316 | NT | 11.7% | coding (493/966 nt) | xcpX | Type II secretion system protein K |
? | AE015451 | 1191043 = | 30 (0.780) | coding (565/966 nt) | xcpX | Type II secretion system protein K |
CAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGACCAGCACACCTGCTTCAACGTCAATGCATTGCTCGGCGCCGACGGCGAACGCGCCGAGCGCCAGTTGCGTTACTTACTGGGCAATGACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCC > AE015451/1190749‑1191194 | cAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGACCAGCACACCTGCTTCAACGTCAATGCATTGCTCGGCGCCGACGGCGAACGCGCCGAGCGCCAGTTGCGTTACTTACTGGGCAATGACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGGCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGAcc > 1:147386/1‑235 (MQ=255) aGGCGCAGTTGCGGGTACGCGACCAGCACACCTGCTTCAACGTCAATGCATTGCTCGGCGCCGACGGCGAACGCGCCGAGCGCCAGTTGCGTTACTTACTGGGCAATGACATGGCGGCCGAACGCCTGGTAGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGAGCCGAGAACGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGAc > 2:403599/1‑233 (MQ=255) gaacgtttcgtcatccaccgccccaagcgcctgacgcagtgcagccgcgtccacaaaccccgacgccggcctgccgctgacaatgcgactgagcaacgaacgcgagtaacgcccttcatacagcgcctccagcaggggcagatgctccaaccccagcgcattggcgttgagccgccaacccgtggtctggggcaaggcgcacagcatcgggtaacgcgcCt < 2:613231‑M1/2‑1 (MQ=255) tCAATGCATTGCTCGGCGCCGACGGCGAACGCGCCGAGCGCCAGTTGCGTTACTTACTGGGCAATGACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGcc > 2:566435/1‑235 (MQ=255) gCATTGCTCGGCGCCGACGGCGAACGCGCCGAGCGCCAGTTGCGTTACTTACTGGGCAATGACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCCCGGCTGGCGGCGGACCAGCCGa > 1:229353/1‑193 (MQ=255) cgcCGACGGCGAACGCGCCGAGCGCCAGTTGCGTTACTTACTGGGCAATGACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAgccgc < 2:428923/232‑1 (MQ=255) cgcCGACGGCGAACGCGCCGAGCGCCAGTTGCGTTACTTACTGGGCAATGACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAgccgc > 1:428924/1‑232 (MQ=255) cGACGGCGAACGCGCCGAGCGCCAGTTGCGTTACTTACTGGGCAATGACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGAc > 2:475637/1‑220 (MQ=255) aCATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCt < 1:3292/235‑1 (MQ=255) cATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTTGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAgccgcc > 1:77689/1‑182 (MQ=255) cATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCCCGGGTTggcg > 1:213560/1‑231 (MQ=255) aTGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGcccc > 1:756676/1‑214 (MQ=255) cggcCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGGTGCt > 2:587611/1‑196 (MQ=255) cctccagcaggggcagatgctccaaccccagcgcattggcgttgagccgccaacccgtggtctggggcaaggcgcacagcatcgggtaacgcgcCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCggacgccagccgtggcggct < 1:226906‑M1/76‑9 (MQ=255) tGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCATGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCGCGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAg < 1:403600/235‑1 (MQ=255) tGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGt < 2:616744/129‑1 (MQ=255) cGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGGTGGCGGCt > 1:178958/1‑201 (MQ=255) tGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGCGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCCCGGCTGGCGGCTGACCAGcccg > 2:24056/1‑92 (MQ=255) gCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCGGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCAGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACg < 2:251597/200‑1 (MQ=255) cTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGa < 1:566436/236‑1 (MQ=255) ccGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATg < 1:759366/198‑1 (MQ=255) ccGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATg > 2:759365/1‑198 (MQ=255) cTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCt < 2:3321/137‑1 (MQ=255) agagCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCAt < 2:370074/185‑1 (MQ=255) agagCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCAt > 1:370075/1‑185 (MQ=255) gcgcCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCGGGGGTTGGAGc > 2:544819/1‑180 (MQ=255) cgcacagcatcgggtaacgcgcCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCg < 2:481900‑M1/84‑1 (MQ=255) gcacagcatcgggtaacgcgcCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAgg > 1:555217‑M1/22‑187 (MQ=255) gcacagcatcgggtaacgcgcCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAgg < 2:555216‑M1/166‑1 (MQ=255) cAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCt > 1:204790/1‑215 (MQ=255) aGCACCCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTg < 2:78221/53‑1 (MQ=255) aaCCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTg > 2:501493/1‑164 (MQ=255) aaCCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTg < 1:501494/164‑1 (MQ=255) aaCCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGcc > 1:319651/1‑235 (MQ=255) aaCCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTCTCTAGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTCGccc > 2:366460/1‑113 (MQ=255) cccGCCACGGCTGGCGGCTGCCCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAgccgc < 1:219561/78‑1 (MQ=255) ccGCCACGGCGGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTgc < 2:72643/102‑1 (MQ=255) ggCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGtt < 2:71372/145‑1 (MQ=255) gcCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCCGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTgg < 2:10155‑M1/117‑1 (MQ=255) | CAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGACCAGCACACCTGCTTCAACGTCAATGCATTGCTCGGCGCCGACGGCGAACGCGCCGAGCGCCAGTTGCGTTACTTACTGGGCAATGACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCC > AE015451/1190749‑1191194 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |