New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 1190971 = | 32 (0.780) | 4 (0.100) | 4/316 | NT | 11.7% | coding (493/966 nt) | xcpX | Type II secretion system protein K |
? | AE015451 | 1191043 = | 30 (0.780) | coding (565/966 nt) | xcpX | Type II secretion system protein K |
ACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCCGGCGTCGGGGTTTGTGGACGCGGCTGCACTGCGTCAGGCGCTTGGGGCGGTGGATGACGAAACGTTC > AE015451/1190858‑1191261 | aCATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCt < 1:3292/235‑1 (MQ=255) cATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCCCGGGTTggcg > 1:213560/1‑231 (MQ=255) aTGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGcccc > 1:756676/1‑214 (MQ=255) cggcCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGGTGCt > 2:587611/1‑196 (MQ=255) cctccagcaggggcagatgctccaaccccagcgcattggcgttgagccgccaacccgtggtctggggcaaggcgcacagcatcgggtaacgcgcctggcggctggcgtccggctccagcaacaggttcagctcgctggtgtcgagcatcggctggtcagccgccagGCGCGTTACCCGATGCTGTgc < 2:555216‑M2/21‑1 (MQ=255) cctccagcaggggcagatgctccaaccccagcgcattggcgttgagccgccaacccgtggtctggggcaaggcgcacagcatcgggtaacgcgcctggcggctggcgtccggctccagcaacaggttcagctcgctggtgtcgagcatcggctggtcagccgccagGCGCGTTACCCGATGCTGTgc > 1:555217‑M2/167‑187 (MQ=255) tGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCATGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCGCGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAg < 1:403600/235‑1 (MQ=255) cGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGGTGGCGGCt > 1:178958/1‑201 (MQ=255) gCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCGGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCAGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACg < 2:251597/200‑1 (MQ=255) cTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGa < 1:566436/236‑1 (MQ=255) ccGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATg > 2:759365/1‑198 (MQ=255) ccGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATg < 1:759366/198‑1 (MQ=255) cTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCt < 2:3321/137‑1 (MQ=255) ccaacccgtggtctggggcaaggcgcacagcatcgggtaacgcgccgggcggctggcgtccggctccagcaacaggttcagctcgctggtgtcgagcatcggctggtcagccgccaggc < 2:10155‑M2/2‑1 (MQ=255) agagCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCAt > 1:370075/1‑185 (MQ=255) agagCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCAt < 2:370074/185‑1 (MQ=255) gcgcCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCGGGGGTTGGAGc > 2:544819/1‑180 (MQ=255) cgcacagcatcgggtaacgcgcCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCg < 2:481900‑M1/84‑1 (MQ=255) gcacagcatcgggtaacgcgcCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAgg < 2:555216‑M1/166‑1 (MQ=255) gcacagcatcgggtaacgcgcCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAgg > 1:555217‑M1/22‑187 (MQ=255) cAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCt > 1:204790/1‑215 (MQ=255) cgggtaacgcgcctggcggctggcgtccggctccagcaacaggttcagctcgctggtgtcgagcatcggctggtcagccgccagGCGCGTTACCCGATGCTGTgcg < 2:481900‑M2/22‑1 (MQ=255) aaCCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTg > 2:501493/1‑164 (MQ=255) aaCCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTg < 1:501494/164‑1 (MQ=255) aaCCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGcc > 1:319651/1‑235 (MQ=255) aaCCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTCTCTAGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTCGccc > 2:366460/1‑113 (MQ=255) ccGCCACGGCGGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTgc < 2:72643/102‑1 (MQ=255) agccgccacggctggcgtccggctccagcaacaggttcagctcgctggtgtcgagcatcggctggtcagccgccagGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAgg < 1:226906‑M2/94‑1 (MQ=255) ggCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGtt < 2:71372/145‑1 (MQ=255) gcCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCCGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTgg < 2:10155‑M1/117‑1 (MQ=255) TGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACt > 2:204789‑M1/1‑179 (MQ=255) aGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCa > 2:484779/1‑189 (MQ=255) ccGATGCGCGACGCCAGCGAGCTGAAGCTGTGGCGGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACg < 2:178448/112‑1 (MQ=255) cGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCCGGCGTCGGGGTTtgt > 1:273734/1‑223 (MQ=255) cGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCCGGCGTCGGGGTTtgt < 2:273733/223‑1 (MQ=255) cacCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGcgttcgtt < 2:303058/171‑1 (MQ=255) aGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCCGGCGTCGGGGTTtgt < 1:484780/209‑1 (MQ=255) gCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCCGGCGTCGGGGTTTGTGGACGCGGCTGCACTGCGTCAGGCGCTTGGGGCGGTAGATGAc > 1:493953/1‑235 (MQ=255) ccGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAgg < 2:343726/112‑1 (MQ=255) cGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCCGGCGTCGGGGTTtgt < 2:229352/184‑1 (MQ=255) agGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCCGGCGTCGGGGTTTGTGGACGCGGCTGCACTGCGTCAGGCGCTTGGGGCGGTGGATGACGAAACGTTc < 2:613231‑M2/219‑1 (MQ=255) | ACATGGCGGCCGAACGCCTGGTCGATGCCCTGGCCGACTGGCTTGATGCCGACAGTGATGCCCGCCTGCAGGGCGCCGAGAGCGCCCAGTACCTGCGTCAGCAACCGCCACGGCTGGCGGCTGACCAGCCGATGCTCGACACCAGCGAGCTGAACCTGTTGCTGGAGCCGGACGCCAGCCGCCAGGCGCGTTACCCGATGCTGTGCGCCTTGCCCCAGACCACGGGTTGGCGGCTCAACGCCAATGCGCTGGGGTTGGAGCATCTGCCCCTGCTGGAGGCGCTGTATGAAGGGCGTTACTCGCGTTCGTTGCTCAGTCGCATTGTCAGCGGCAGGCCGGCGTCGGGGTTTGTGGACGCGGCTGCACTGCGTCAGGCGCTTGGGGCGGTGGATGACGAAACGTTC > AE015451/1190858‑1191261 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |