New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | 1682699 = | 32 (0.780) | 4 (0.100) | 4/318 | NT | 11.2% | coding (1218/1710 nt) | recJ | ssDNA‑specific exonuclease RecJ |
? | AE015451 | 1682746 = | 33 (0.850) | coding (1265/1710 nt) | recJ | ssDNA‑specific exonuclease RecJ |
GCCCTGGCCCAACTCAAGGACCTGCCGGTCGAGTCGATGCCGTATGGGTTGTGCCTGTTCGATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGACCTGGCCAAGGCCCTGCGCCATGCCGGCCCATGGGGCC > AE015451/1682481‑1682934 | gCCCTGGCCCAACTCAAGGACCTGCCGGTCGAGTCGATGCCGTATGGGTTGTGCCTGTTCGATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCcg > 1:592247/1‑226 (MQ=255) ccTGGCCCAACTCAAGGACCTGCCGGTCGAGTCGATGCCGTATGGGTTGTGCCTGTTCGATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCAcc > 2:651944/1‑233 (MQ=255) ggaacagcggctcagggaagtgctggccccatgggccggcatggcgcagggccttggccaggtcgaggtggaactcctctaccgccaggctgccgtcggacaacaggcggccagtcaggtcttcttcgcgcagctgacgccgcacctcttcgtcgaacgcctcggcaaacgccgagaaattagcctctggcaacgacaacccggcagccatggCGTGGCCGCGCGCCAcc < 2:619439‑M1/17‑1 (MQ=255) cTGCCGGTCGAGTCGATGCCGTATGGGTTGTGCCTGTTCGATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTcgg < 1:390786/236‑1 (MQ=255) gagtcgaTGCCGTATGGGTTGTGCCTGTTCGATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGc < 1:663329/236‑1 (MQ=255) cGTATGGGTTGTGCCTGTTCGATGCCGACTGGCCCCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGcc < 1:206591/236‑1 (MQ=255) tttGTGCCTGTTCGATGCCGAGTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGGTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTcggc < 2:58820/210‑1 (MQ=255) ccTGTTCGATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTgg > 2:666978/1‑170 (MQ=255) ccTGTTCGATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGc > 1:485307/1‑236 (MQ=255) gATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATgg > 2:370821/1‑211 (MQ=255) gATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAgg > 1:495956/1‑235 (MQ=255) ttctctaccgccaggctgccgtcggacaacaggcggccagtcaggtcttcttcgcgcagctgacgccgcacctcttcgtcgaacacctcggcaaacgccgagaaattagcctctggcaacgacaacccggcagccatggCGTGGccgcgg < 2:468643‑M1/11‑2 (MQ=255) gCGTGGTCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCCCCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTcgg < 2:8758/178‑1 (MQ=255) gAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCAGGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAAttt < 1:17100/191‑1 (MQ=255) gAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGAGGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCt < 1:72170/236‑1 (MQ=255) tACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTgcgc > 1:706574/1‑234 (MQ=255) cggccggcCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGAGGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGcc < 2:156403/153‑1 (MQ=255) cGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAg > 1:30063/1‑191 (MQ=255) cGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTg > 1:755286/1‑236 (MQ=255) aTCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAAGTtct > 2:528375/1‑172 (MQ=255) cGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGc < 2:70623/132‑1 (MQ=255) cGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGtt < 2:196236/147‑1 (MQ=255) cGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCtgttgt > 1:253916/1‑236 (MQ=255) cGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCtgttg > 1:271693/1‑235 (MQ=255) aTGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTg < 1:442355/143‑1 (MQ=255) cgaacgcctcggcaaacgccgagaaattagcctctggcaacgacaacccgccagccatggCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGCACCGCAAGATCGGCGGCCa < 2:214038‑M1/45‑1 (MQ=255) gcctcggcaaacgccgagaaattagcctctggcaacggcaacccggcagccatggCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCtgg < 2:628916‑M1/26‑2 (MQ=255) caaacgccgagaaattagcctctggcaacgacaacccggcagccatggCGTGGCCGCGCGCAACCCGCAGCTGCTCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTgccagcgg < 2:416132‑M1/77‑4 (MQ=255) gTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTTGTTGCCGGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCt < 2:611660/169‑1 (MQ=255) ggTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGAc > 1:257183/1‑235 (MQ=255) cGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTagag > 1:581122/1‑215 (MQ=255) cATATGCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGACCTGGCCAAGGCCCt < 1:185106/236‑1 (MQ=255) tCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCt < 2:348969/147‑1 (MQ=255) gcgATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACt < 2:391964/164‑1 (MQ=255) cgcTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGACCTGGCCAAGGCCCTGCGCCATGCCGGc > 1:547718/1‑236 (MQ=255) cgcTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGGGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCGGGCGGTAGAGGAGTTc > 1:176113/1‑200 (MQ=255) gcTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAg < 2:337461/180‑1 (MQ=255) cTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGACCTGGCCAAGGCCCTGCGCCATGCCGGcc < 1:651945/235‑1 (MQ=255) aTGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGACCTGGCCAAGGCCCTGCGCCATGCCGGCCCATgg < 1:710112/236‑1 (MQ=255) tGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGGCCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGACCTGGCCAAGGCCCTGCGCCAt < 2:706573/223‑1 (MQ=255) ccGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGACCTGGCCAAGGCCCTGCGCCATGCCGGCCCAGGGGGc > 1:115309/1‑236 (MQ=255) CGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTT‑TCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGACCTGGCCAAGGCCCTGCGCCATGCCGGCCCATGGGGcc > 1:370822‑M1/1‑235 (MQ=255) | GCCCTGGCCCAACTCAAGGACCTGCCGGTCGAGTCGATGCCGTATGGGTTGTGCCTGTTCGATGCCGACTGGCACCAGGGCGTGATCGGTATTCTGGCTTCGCGCTTGAAGGAGCGTTACCACCGGCCGACCATCGCCTTCGCCGATGCTGGTGATGGCATGCTCAAAGGCTCGGCGCGTTCGGTGCCGGGCTTCCATATTCGCGATGCGCTGGATGCCGTGGCCGCGCGCCACCCGCAGCTGATCAGCAAGTTCGGCGGCCACGCCATGGCTGCCGGGTTGTCGTTGCCAGAGGCTAATTTCTCGGCGTTTGCCGAGGCGTTCGACGAAGAGGTGCGGCGTCAGCTGCGCGAAGAAGACCTGACTGGCCGCCTGTTGTCCGACGGCAGCCTGGCGGTAGAGGAGTTCCACCTCGACCTGGCCAAGGCCCTGCGCCATGCCGGCCCATGGGGCC > AE015451/1682481‑1682934 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |