New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | AE015451 | = 1842345 | 23 (0.560) | 4 (0.110) | 4/312 | NT | 15.6% | coding (2449/2754 nt) | gacS | Sensor protein GacS |
? | AE015451 | = 1842393 | 22 (0.580) | coding (2401/2754 nt) | gacS | Sensor protein GacS |
ACACGCTGCCCGTAACTGCGGCACGCCGCAATAGCGTGAGGCACCGTTCAGACGGTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTT > AE015451/1842151‑1842567 | acacGCTGCCCGTAACTGCGGCACGCCGCAATAGCGTGAGGCACCGTTCAGACGGTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGt > 1:330176/1‑234 (MQ=255) cACGCCGCAATAGCGTGAGGCACCGTTCAGACGGTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCggcctgcgcctg < 1:618233‑M2/234‑13 (MQ=255) ggCACCGTTCAGACGGTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTtcgtcg < 2:657250/187‑1 (MQ=255) ggCACCGTTCAGACGGTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTtcgtcg > 1:657251/1‑187 (MQ=255) ggCACCGTTCAGACGGTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGGTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTc > 1:615524/1‑235 (MQ=255) cGTTCAGACGGTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCggcctgcgcctggccgctggcaaggcagat < 1:763635‑M2/229‑31 (MQ=255) cGTTCAGACGGTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCggcct < 1:86304‑M2/204‑6 (MQ=255) aCGTTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGtgtg < 2:634056/214‑1 (MQ=255) gtgtACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGtgtg > 1:590018/1‑211 (MQ=255) tACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCATGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCGCggc < 1:179774‑M2/189‑4 (MQ=255) tACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTtcgtcg > 1:417587/1‑169 (MQ=255) tACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTtcgtcg < 2:417586/169‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCAc > 1:590667/1‑229 (MQ=255) tCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCgagctgctgaccaacggcgacgacctgaaggtactcgc > 2:35557‑M1/1‑127 (MQ=255) tCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTtcgtc > 2:482261/1‑157 (MQ=255) gTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGc < 1:209276/236‑1 (MQ=255) cGGCTGGGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCggcctgcgcctggccgctggcaaggcagatctggccgct > 1:41701‑M2/1‑157 (MQ=255) cgcgTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTgg < 2:618232/228‑1 (MQ=255) gcgGTCCGTCTCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTg < 2:409976/214‑1 (MQ=255) gcgGTCCGGATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGgtg < 2:86304/149‑1 (MQ=255) tATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCt > 1:727025/1‑177 (MQ=255) aTGCTCAGCATGTCAGCGTCCCGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTg < 1:156585/234‑1 (MQ=255) aTGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGCGTCGAGTACCTTCCGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCCGCCTGCCCctgctg > 2:52681/1‑116 (MQ=255) gCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCgagccgctgaccaacggcgacgaactgaaggtactcgaccccgaagagggcctgcgcctggccg > 2:763634‑M1/1‑51 (MQ=255) aGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCgagctgctgaccaacggcgacgaactgaaggtactcgaccccgaagagggcctgcgcctggccgctggcaaggcagatctggccgctgacatgctgagcatgctgctggcctccctggatacggaccgcgaagccatacgcgccgcccgcccagccg > 1:41701‑M1/1‑39 (MQ=255) cGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTg < 2:619532/170‑1 (MQ=255) aTCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCgagctgctgaccaacggcgacgaactgaaggtactcgaccccgaagagggcctgcgcctggccgctggcaaggcagatctggccgctgacatgctgagcatgctgctggcctccctggatacggaccgcgaagccatacgcgccgcccgcgcagccgatgaccgaaatggcctgatcgagcaggtacaccgtctgaacg < 1:763635‑M1/229‑200 (MQ=255) gCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAgg > 2:576440/1‑156 (MQ=255) gCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAgg < 1:576441/156‑1 (MQ=255) cgcagcAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAAcgcgc > 2:740074/6‑187 (MQ=255) cGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCGGCTCggcctgcgcctggccgctggcaaggcagatctggccgctgacatgctgagc > 2:763634‑M2/1‑64 (MQ=255) gCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCtg > 2:506477/1‑171 (MQ=255) cAGGCGCAGGCCgagctgctgaccaacggcgacgaactgaaggtactcgaccccgaagagggcctgcgcctggccgctggcaaggcagatctggccgctgacatgctgagcatgctgctggcctccctggatacggaccgcgaagccatacgcgccgcccgcgcagccgatgaccgaaatggcctgatcgagcaggtacaccgtctgaacggtgcctcacgctattgcggcgtg < 1:618233‑M1/234‑223 (MQ=255) cgcAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGcaa > 2:481053/1‑170 (MQ=255) aGGCCgagctgctgaccaacggcgacgaactgaaggtactcgaccccgaagagggcctgcgcctggccgctggcaaggcagatctggccgctgacatgctgagcatgctgctggcctccctggatacggaccgcgaagccatacgcgccgcccgcgcagccgatgaccgaaatggcctgatcgagcaggtacaccgtctgaacg < 1:86304‑M1/204‑200 (MQ=255) gCCgcgctgctgaccaacggcgacgaactgaaggtactcgaccccgaagagggcatgcgcctggccgctggcaaggcagatctggccgctgacatgctgagcatgctgctggcctccctggatacggaccgcgaagccatacgcgccgcccgcgcagccgatgaccgaaatggcctgatcgagcaggta < 1:179774‑M1/189‑187 (MQ=255) ccTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCcatggcatgg > 1:230838/1‑194 (MQ=255) | ACACGCTGCCCGTAACTGCGGCACGCCGCAATAGCGTGAGGCACCGTTCAGACGGTGTACCTGCTCGATCAGGCCATTTCGGTCATCGGCTGCGCGGGCGGCGCGTATGGCTTCGCGGTCCGTATCCAGGGAGGCCAGCAGCATGCTCAGCATGTCAGCGGCCAGATCTGCCTTGCCAGCGGCCAGGCGCAGGCCCTCTTCGGGGTCGAGTACCTTCAGTTCGTCGCCGTTGGTCAGCAGCTCGGCCTGCGCCTGCTGCGGTGTGCCCAGGCTCAGGCCGGTCCACTTCATCACCACCTGGGCCAGTTGCCGTTCGCTGATCGGTTTGGTCAGGTAGTCGTCCATGCCGCTGTGCAACAACGCGCGTTTTTCGTTGGCCATGGCATGGGCAGTGAGGGCGACGATCGGCAGCGGGTT > AE015451/1842151‑1842567 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |