| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1891006 | 154 (1.110) | 3 (0.020) | 3/290 | 23.1 | 2.0% | intergenic (+1/‑183) | nudL/sdaA | putative CoA pyrophosphohydrolase, weak 3‑phosphohydroxypyruvate phosphatase/L‑serine dehydratase 1 |
| ? | CP009273 | = 3633344 | 145 (1.070) | intergenic (‑264/‑127) | uspB/uspA | universal stress (ethanol tolerance) protein B/universal stress global response regulator | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
CGAGCGGCTCTATAGATAGTGTAGGAGATCAGGTTGTTTTTTTTCCAGAAGGTTAACCACTATCAATATATTCATGTCGAAAATTTGTTTATCTAACGAGTAAGCAAGGCGGATTGACGGATCATCCGGGTCGCTATAAGGTAAGGATGGTCTTAACACTGAATCTTTACGGCTGGGTTAGCCCCGCGCACGTAGTTCGCAGGACGCGGGTGACGTAACGGCACAAGAAACGCTAGCTGGCCAGTCATCGACAACTTTATGGAAGGAGTAACACTATGGCTTATAAACACATTCTCA > CP009273/3633196‑3633492 | cGAGCGGCTCTATAGATAGTGTAGGAGATCAGGTTGTTTTTTTTCCAGAAGGTTAACCACTATCAATATATTCATGTCGAAAATTTGTTTATCTAACGAGTAAGCAAGGCGGATTGACGGATCATCCGGGTCGCTATAAGGTAAGGATgg < 1:400560/150‑1 (MQ=255) aGCGGCTCTATAGATAGTGTAGGAGATCAGGTTGTTTTTTTTCCAGAAGGTTAACCACTATCAATATATTCATGTCGAAAATTTGTTTATCTAACGAGTAAGCAAGGCGGATTGACGGATCATCCGGGTCGCTATAAGGTAAGGATGGTc < 1:1105152/150‑1 (MQ=255) gCGGCTCTATAGATAGTGTAGGAGATCAGGTTGTTTTTTTTCCAGAAGGTTAACCACTATCAATATATTCATGTCGAAAATTTGTTTATCTAACGAGTAAGCAAGGCGGATTGACGGATCATCCGGGTCGCTATAAGGTAAGGATGGTCt < 2:1320422/150‑1 (MQ=255) 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aaggATGGTCTTAACACTGAATCTTTACGGCTGGGTTAGCCCCGCGCACGTAGTTCGCAGGACGCGGGTGACGTAACGGCACAAGAAACGCTAGCTGGCCAGTCATCGACAACTTTATGGAAGGAGTAACACTATGGCTTATAAACACAt > 2:1706572/1‑150 (MQ=255) aaggATGGTCTTAACACTGAATCTTTACGGCTGGGTTAGCCCCGCGCACGTAGTTCGCAGGACGCGGGTGACGTAACGGCACAAGAAACGCTAGCTGGCCAGTCATCGACAACTTTATGGAAGGAGTAACACTATGGCTTATAAACACAt > 1:2095450/1‑150 (MQ=255) aggATGGTCTTAACACTGAATCTTTACGGCTGGGTTAGCCCCGCGCACGTAGTTCGCAGGACGCGGGTGACGTAACGGCACAAGAAACGCTAGCTGGCCAGTCATCGACAACTTTATGGAAGGAGTAACACTATGGCTTATAAACACAtt > 2:501808/1‑150 (MQ=255) aggATGGTCTTAACACTGAATCTTTACGGCTGGGTTAGCCCCGCGCACGTAGTTCGCAGGACGCGGGTGACGTAACGGCACAAGAAACGCTAGCTGGCCAGTCATCGACAACTTTATGGAAGGAGTAACACTATGGCTTATAAACACAt < 1:561325/149‑1 (MQ=255) gATGGTCTTAACACTGAATCTTTACGGCTGGGTTAGCCCCGCGCACGTAGTTCGCAGGACGCGGGTGACGTAACGGCACAAGAAACGCTAGCTGGCCAGTCATCGACAACTTTATGGAAGGAGTAACACTATGGCTTATAAACACATtct < 2:116622/150‑1 (MQ=255) aTGGTCTTAACACTGAATCTTTACGGCTGGGTTAGCCCCGCGCACGTAGTTCGCAGGACGCGGGTGACGTAACGGCACAAGAAACGCTAGCTGGCCAGTCATCGACAACTTTATGGAAGGAGTAACACTATGGCTTATAAACACATtctc < 1:1399540/150‑1 (MQ=255) tGGTCTTAACACTGAATCTTTACGGCTGGGTTAGCCCCGCGCACGTAGTTCGCAGGACGCGGGTGACGTAACGGCACAAGAAACGCTAGCTGGCCAGTCATCGACAACTTTATGGAAGGAGTAACACTATGGCTTATAAACACATTCTCa > 1:765006/1‑150 (MQ=255) | CGAGCGGCTCTATAGATAGTGTAGGAGATCAGGTTGTTTTTTTTCCAGAAGGTTAACCACTATCAATATATTCATGTCGAAAATTTGTTTATCTAACGAGTAAGCAAGGCGGATTGACGGATCATCCGGGTCGCTATAAGGTAAGGATGGTCTTAACACTGAATCTTTACGGCTGGGTTAGCCCCGCGCACGTAGTTCGCAGGACGCGGGTGACGTAACGGCACAAGAAACGCTAGCTGGCCAGTCATCGACAACTTTATGGAAGGAGTAACACTATGGCTTATAAACACATTCTCA > CP009273/3633196‑3633492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |